两江总督，是清朝九位最高级的封疆大臣之一，驻江宁（今南京），总管江苏（含上海）、安徽和江西三省的军民政务，正二品，加兵部尚书或都察院右都御史衔者为从一品。

清朝的地方行政制度实行的是督抚制。当时全国划分为23个省，每个省设一名巡抚，为主管一省民政的最高长官。总督权力比巡抚大得多，但与巡抚之间没有直接的隶属关系，总督和巡抚都是对上直接听命于皇帝。不同的是总督可以管数省，侧重军事，巡抚只管一省，侧重民政。当时全国设八大总督，分别为直隶、两江、闽浙、湖广、陕甘、四川、两广、云贵总督。

正式官衔为总督两江等处地方、提督军务、兼理粮饷、操江、统辖南河事务，是清朝九位最高级的封疆大臣之一。

清顺治二年（公元1645年），于明南直隶辖地设立江南省，省府位于江宁（今南京）。康熙六年（公元1667年）拆江南省为江苏、安徽两省。

江南省（今江苏、安徽两省及上海市）和江西省，是清王朝的财赋重地，也是人文荟萃之区。

两江总督前身为顺治四年所设置的江南江西河南三省总督，总督府驻江宁（今南京）。 顺治九年，总督府一度迁往南昌，改名江西总督，不过很快恢复旧制。康熙元年，操江事务划归江南总督管理。康熙二十一年仍合，正式定名为两江总督。雍正元年，授与历任两江总督兵部尚书兼都察院右都御史之官衔。道光十一年起，两江总督兼管两淮盐政。自同治五年起，两江总督兼管五口通商事务，授为南洋通商大臣。

该职的前身为顺治四年所设置的江南江西河南三省总督，总督府驻江宁。

顺治九年，总督府一度迁往南昌，改名江西总督，不过很快恢复旧制。

顺治十八年和康熙十三年，江南、江西两度分置总督，不过在康熙四年和二十一年两省同归两江总督管辖。

康熙元年，操江事务划归江南总督管理。

康熙二十一年仍合，正式定名为两江总督。

雍正元年，授与历任两江总督兵部尚书兼都察院右都御史之官衔。

道光十一年起，两江总督兼管两淮盐政。

咸丰时期，太平天国占领江宁，两江总督府先后在扬州、常州、上海、苏州、安庆等地驻节。

自同治五年起，两江总督兼管五口通商事务，授为南洋通商大臣。

同治九年七月二十六日（1870年8月22日），两江总督马新贻在江宁（今南京）赴署右箭道，校阅操练。校阅结束返回署衙时遭刺客行刺，重创胁肋，第二天死去。

总督府设在江宁城中部汉府街明代的汉王（成祖次子朱高煦）府内。

1853年－1864年洪秀全将这里扩建成金碧辉煌的天王府。1864年天王府被毁后，曾国藩在此按照礼制要求重建了两江总督府。

1909年南京城内穿城而过的宁垣铁路在此设车站。

1912年，这里成为中华民国的临时大总统府。

1927年－1949年，这里成为国民政府和总统府的所在地。

2003年3月，正式命名为总统府 - 南京中国近代史遗址博物馆并对外开放。