顺治十六年，设立经略，然后改设总督。 康熙元年，分别设立
云南总督，
总督府驻
曲靖；
贵州总督，总督府驻
安顺。 康熙三年，取消云南总督，由贵州总督兼任，总督府迁
贵阳。 康熙十二年，又恢复云南总督，总督府仍驻曲靖。 康熙二十六年，云贵总督府迁
云南府。
雍正十年，云贵总督兼辖
广西。
雍正十二年，云贵总督恢复掌管两省。
光绪三十一年，云贵总督兼任云南巡抚。
总督衙门是云贵两省的最高机关，经历代
总督不断修葺建设，越加气度不凡。“东临文庙街
海天阁巷，西接沙朗巷，南面
光华街，北抵民生街”。为如今的文明新街片区的基本格局奠定了基础。因总督有统治军队之权，故也称为“制军”或“制台”，总督府亦被称为“制台衙门”。
头门前柱础下砌有几级石阶，台阶前两旁雕砌有一对威猛的大
石狮，彩得五色斑斓，突显森严凛凛。头门对面为一照壁（紧贴即今
云瑞公园南侧），高3米多，宽近20来米。壁上绘一大麒麟，与总督
官服补子图案相符。头向着一轮高升的红日，拟红日为皇恩浩荡的天子，尾下有五虎六豹，以喻统属着五个总兵、六个副将。
石阶两侧的
平坝中间，竖有两根大桅杆，各高近10米。桅上有一木斗，斗上悬一长旗，上书：“云贵总督部堂”六字。平坝周围，筑有一些签子墙，以别内外。
在东西两面，各有一道大栅门（大约即今胜利堂铁大门
坡下的光华街上），栅门上有
横额，标有“辕门”两字。进得仪门，则有大堂、二堂、三堂和眷属寓居的四堂。
总督府大堂，堂面阔五间，进深七架（
正脊前四架，正脊后三架），单檐
挑山造，明间面阔约六米半，内部梁柱，比例粗壮雄巨，且皆楠木缔构。且有供等候召见的各级官员休息的文
官厅、武官厅和
办事人员及
卫队居住的地方。
此外有鼓楼、花厅、亭榭楼台、花圃等。府后建有旗蠧庙。
嘉庆年间，总督
阮元又造
石亭，其西侧有
演武场、碧鸡台。清废
土司子弟值班制度，而甬道、辕门仍旧。
总督衙门既设，周围的道路便应运而生。首先是正对大门“甬道”。清代衙门
讲排场，到清代后期最突出。当时住昆明的各级衙门不仅总督出入督府皆有仪仗和卫队，而且还有官一到任，须“拜阙”谢皇恩，“拜仪门”认
衙署，“拜印”领印信，“
坐堂、
排衙”庆高升，以及逢日、
月蚀念经乞佑等，礼仪活动较多。