康熙二十二年（1683），巡视
两浙盐课。康熙三十年（1691）八月，授山西
按察使。康熙三十六年（1697）闰三月，擢
陕西巡抚。七月，疏言：沿边卫堡奉旨照州县例，收贮
捐纳米谷。
榆林卫已贮三千石，其三十一堡分大、中、小三等，四堡各贮一千二百石，九堡各贮八百石，十七堡各贮四百石，分派商州、
镇安、
武功、
商南、
三原收捐。各官自备
脚价运。交部议如所请。上曰：此沿边卫堡积贮米谷，若令商州等处官员自备转运之费，路远而险势，必科派小民。巴锡所奏，户部所议，皆非其俟秋成后酌动正项，各就近地采买收贮。曾经在三月时，驾幸
宁夏，过榆林，有延绥东路黄甫堡民
叩阍，诉言：自顺治年间，部颁
茶引一百三十四道，招商纳税每年五百二十余两。未及数年口，
外蒙古不复
通市，商逃民赔。诏下所司察奏，至是巴锡奏：外蒙古就近在
杀虎口买茶，不至黄甫堡，请部停颁茶引，从之。
康熙三十七年（1698）十二月，擢
云贵总督。康熙四十年（1701）十二月，疏劾
游击高监
徇隐守备何公珽为
把总张文贵讦告
劣迹，请并革职逮问。又劾
提督李芳述庇护高监、何公珽，牒咨弗实。李芳述亦劾巴锡，买咨弗覆，未会稿据题，有违成例。上览巴锡二疏，皆下
巡抚王燕察审，及李芳述疏入，谕
大学士等曰：李芳述在
西宁时，甚有声名，此事似曲在总督。命
侍郎温达往鞫，还奏下部核议。张文贵诬讦何公珽，何公珽以部
劄填写寃词，俱应革职拟杖；高监代何公珽捏称部劄遭火烧毁，应革职拟徒；李芳述不据实纠劾，应罚俸一年；巴锡不确查实情，又不会同具题，应降一级留任，罚俸一年。得旨，宽免巴锡与李芳述降罚。
康熙四十四年（1705）五月，内迁户部
右侍郎。康熙四十五年（1706）三月，
云南巡抚佟毓秀以不称职罢任。上诘问巴锡前次何以奏荐为贤。巴锡奏曰：臣昔在云南与佟毓秀同事七月，见其办事甚勤，是以奏称其效力。上曰：尔前奏称佟毓秀贤，今云但奏称效力，岂效力不谓之贤，将不效力者谓之为贤乎？十一月，以不谙部务解侍郎，任命分修
通州等处河工。越四年，以续派工料银无力完缴，革职。