蒙藏院，官署名。
辛亥革命后，废清朝
理藩部，民国三年（1914），升格为蒙藏院，直属
大总统。仍设总裁、副总裁，分总务、秘书二厅，及第一第二两司。第一司辖民治、劝业、边卫三科，第二司辖封叙、宗教、典礼三科。十七年，国民党政府改设
蒙藏委员会。
清崇德元年（1636年），
皇太极创立“
蒙古衙门”（
满语：ᠮᠣᠩᡤᠣ ᠵᡠᡵᡤᠠᠨ，转写：Monggo jurgan），崇德3年（1639年），扩编为“
理藩院”；随着帝国疆土日渐扩张，理藩院成为管理
蒙古、
西藏、
青海、
新疆以及西南少数民族事务的行政机关，并兼理对
俄罗斯帝国的事务。
顺治16年（1659年），
礼部尚书（今外交部长）兼管理藩院事务，两年后理藩院官制又与
六部同位阶。光绪32年（1906年），因
清末新政的改革官制，理藩院改为理藩部。