669年（天智天皇八年），藤原不比等11岁时，父亲藤原镰足去世。虽然藤原镰足生前的政治立场倾向于近江朝，但
壬申之乱之时，藤原不比等才只有13岁，与交战的两方都没有关系。在战后，藤原不比等既没有作为近江朝的一方受到处罚，也没有作为天武朝的一方受到奖励。但是，以中臣金为首的藤原镰足的同族（
中臣氏）中的实力派都作为近江朝廷的要人，受到了处罚，在天武朝的时代，中臣（藤原）氏被从朝廷中枢扫了出去。没有强力后台的藤原不比等只能从下级官僚做起。到了持统朝，藤原不比等任直广肆（从五位下）判事。
因为藤原不比等在697年（文武天皇元年）有拥立
草壁皇子之子轻皇子（文武天皇）即位之功，并作为文武天皇的保护人而登上了政治的前台。由于县犬养三千代的丈夫美努王前往九州担任太宰师，让县犬养三千代独守空闺，得以相近长期把持天皇的宠臣藤原不比等。藤原不比等的正室也过世，因此二人有了亲密发展，并进而共同谋策政治行动。而且藤原不比等在后宫的县犬养三千代（文武天皇的乳母）的帮助下，加深了和皇室的关系，将女儿藤原宫子嫁给了文武天皇。之后藤原不比等与县犬养三千代生的女儿藤原光明子又进一步嫁给了圣武天皇。另外藤原不比等在尚未与橘三千代往来前即有四个儿子，也都因县犬养三千代的关系及影响力而能担任朝廷高官。虽然县犬养三千代生前深获
持统天皇、文武天皇、
元明天皇等三朝天皇之宠，然而最重要的还是她通过与藤原不比等所生的女儿藤原光明子将自己的血统流入了皇室。藤原光明子在藤原不比等死后，借助藤原不比等的儿子们藤原四兄弟之力，成为光明皇后，开了日本历史上人臣皇后的先例（以前的皇后，必须出身皇族）。
700年（文武天皇四年）藤原不比等参与撰修《大宝律令》。701年（
大宝元年），藤原宫子生下首皇子（
圣武天皇）。藤原不比等由
中纳言升为正三位
大纳言。同年，藤原不比等的外孙首皇子（圣武天皇）诞生。704年（庆云元年），藤原不比等的官位升为从二位，增封八百户。705年（庆云二年），藤原不比等患病，受赐度者二十人，布四百端，米八十石，在京师的各寺祈祷病愈。707年（庆云四年），文武天皇下诏：“藤原不比等勤劳奉公，并追褒藤原镰足，乃赐封五千户，传子孙。”藤原不比等固辞，最终受二千户，将一千户传给子孙。708年（
和铜元年），藤原不比等升为正二位右大臣。
711年（和铜三年），迁都
平城京之际，藤原不比等把藤原氏的家寺由山阶寺转移到奈良的
兴福寺。
718年（养老二年）藤原不比等被推为
太政大臣，固辞未就，尽力于律令政治的实施。之后，当藤原不比等正要进行养老律令的编纂之时，于720年（养老四年）病笃，养老律令的编纂暂时中止。
元正天皇下赐藤原不比等度者三十人，并下诏：“右大臣藤原不比等病笃，朕寝食不安，希望他康复，却无有效的方法。此时应大赦天下，今日午时以前，无论罪行轻重，都加以赦免。残废之人，生活不能自理者，根据情况加以抚恤。所在地的地方长官，要亲自慰问，根据情况提供医药。”之后，元正天皇又下令京师四十八寺一齐诵读《
药师经》，免官户十人为良民、奴婢十人为官户。但是，过了几天，藤原不比等仍然去世了，享年62岁。
元正天皇对藤原不比等的去世深感哀悼、痛惜，到了荒废朝议的程度。元正天皇派遣大纳言
长屋王、中纳言
大伴旅人，到藤原府宣读诏书：“追赠藤原不比等为正一位太政大臣，赠谥文忠公。”
天平年间，
圣武天皇将渤海国的贡物的一部分祭祀藤原不比等之墓。
天平宝字初期，
孝谦天皇敕令天下，不得取名为“镰足”、“不比等”。760年（天平宝字四年），孝谦天皇下诏：“子以祖尊，祖以子贵。先朝太政大臣藤原不比等，功高于天下，又为皇家之外戚，所以先朝追赠其为正一位太政大臣。虽然正一位太政大臣已经官至极品，但于
周礼仍有不足。藤原不比等的功绩盖于宇宙，应该依照
齐国姜太公的例子，追封
近江国十二郡，为淡海公。继室从一位县犬养三千代赐正一位太夫人。”
如概述中所述，《公卿补任》等认为藤原不比等实际上并不是藤原镰足之子，而是天智天皇的私生子。《公卿补任》关于藤原不比等的部分，记载有“有传言说实际上是天智天皇的皇子，内大臣大职冠镰足的次子一名史，母亲是车持国子君之女、与志古娘也、车持夫人”。《
大镜》中记载了天智天皇在怀孕的女御发还给中臣镰足之际，说：“生下的孩子如果是男孩，就给他作儿子，如果是女孩，就是朕的。”当男孩出生后，即是藤原不比等的出生。《
尊卑分脉》等有同样的记载。到了平安时代，这个传说被认为有相当的可信性，《
竹取物语》中，向辉夜姬求婚的5个贵公子中，有一个车持皇子的原型就是藤原不比等。车持皇子的名字意味着母亲是车持氏出身的皇子。在历史学者之间，认为藤原不比等是皇子的很少。但如果藤原不比等是皇子的话，其后藤原不比等出人头地的特例也就说得通了，可以作为
天武天皇、
持统天皇两朝皇亲政治（由天智、天武系皇子就任朝廷的要职，掌管政治中枢的政治形态）的延伸，也有从这个角度出发，认同藤原不比等是皇子的学者。
四男：
藤原麻吕（695-737，中臣五百重娘之子，藤原京家之祖）
三女：
藤原光明子（701-760）（又名安宿媛、藤三娘，圣武天皇之皇后，
孝谦天皇之母，县犬养三千代之女）