清光绪二十六年(1900)7月，衢州人民在北方义和团运动的影响下，发生了震惊中外的反教会斗争，史称“衢州教案”。它与宁海、海门、诸暨等地的反教会斗争一起；在浙江近代反帝斗争史上谱写了光辉的一页。

清朝末年，天主教依仗帝国主义势力，从福建、江西传入衢州。同治十一年(1872)，基督教又趁机而入。外国传教士在衢州耀武扬威，当地政府不但不加干预，反而处处忍让，从而加深了群众与教会之间的矛盾。

光绪二十六年春夏，义和团运动席卷京津一带，浙江各地亦纷纷响应，江山终南会的头领刘家福在福建九牧起义。衢州还有不少人举办团练。当时慈禧太后利用义和团的声势，发布密旨，命令各省“诛灭教会中西首领”。而洋务大臣盛宣怀、两江总督刘坤一、湖广总督张之洞等则在惧外媚洋的思想指导下，以保全东南治安为名，发起订立“东南中外互保条约”，抗拒慈禧的命令。浙江巡抚刘树棠也应邀参加，刘曾一度犹豫不决，后在6月29日同意签字。但慈禧的密旨早已由浙江臬司转令各府执行，衢州镇守司、都司也已转知团练遵办。

7月，浙闽边境的民军起义，连续攻陷江山、常山等地，进逼衢州。衢州群众亦纷纷举事。7月21日，反教会群众大批涌入城内，拆毁教堂。“向与西人联络，此次更遵命保护”教会的知县吴德潇，当场被群众逮获，连其亲兵一道，执往道台衙门前杀死。随即，群众冲入道台衙门，吴德潚的儿子、孙子、幕友和家丁共30余人，也先后被杀。

7月21日，反教会群众冲入城内四眼井“内地会”教堂，纵火焚烧。当时衢州的中西教士慌成一团，东逃西躲犹如丧家之犬。英籍传教士汤明心及其妻、子共4人，于慌乱中逃至道署衙门请求保护，道台鲍祖龄恐累及自己，拒不接纳。汤明心全家终于被击毙于门外。据天主教遗使会1901年年鉴记载：尚有英籍石传教士和美籍马传教士等3名女教士被杀。另外还有4名外国传教士由常山路经衢州城外时被杀。华籍牧师陈天福及其他一些教友，闻风隐匿，后又逃往杭州、上海，均未被杀，直到省军赶到，混乱情况才渐告平息。

位于衢城西北10公里处的石梁麻蓬村有天主教堂。《衢州地名志》记载：“麻蓬天主堂，堂址原名后洋，道光十年（1830）建。初为中式房屋，民国元年（1912）改建西式。教堂宏伟宽敞，有西洋建筑之风。麻蓬傅姓其族兄弟二人在乾隆年间从江西南丰到衢州石梁租地搭茅棚种苎麻，故称“麻棚”，又称“茅棚”。麻蓬是石梁镇一个说江西赣方言的村落，周围其他村落则说衢州本地吴方言，两语互不相通，难以交谈。

光绪19年（1893年），西安县(原衢县)大旱，教堂恃势擅自截断溪流。此举引起了下游石梁、静岩等村村民的强烈不满，他们准备联合起来到麻蓬教堂讨要说法。

得知消息后，衢州天主教会总铎法国神父和安当即率领全体教民全副武装前去应对，同时派出教堂司事王蔼堂入城报官“刁民反教”，要官府派兵镇压。

那是一个软弱无助的年代。自称“天朝”的清帝国，在列强蚕食下苟延残喘。可以想象，当得知教会受攻时，衢州官府是如何的心惊胆战。

大批官兵火速前往麻蓬保护教堂、教民，当场逮捕了静岩村的地保，训斥了两位举人出身的士绅，然后在静岩、石梁村张贴布告，禁止村民反对教会。

石梁乡民的斗争虽然失败，但怨恨的种子就此深深埋藏在所有人的心底，“千家坟头萤乱舞，万户萧疏鬼唱歌”，不仅是石梁一带，在洋人和朝廷双重压迫下，整个衢州地区的穷苦百姓们，从来不知道明天的希望是什么。

直到清光绪26年（1900年），江山人刘家福等在福建边境九牧起义。衢州塾师祝耀南任军师。起义军头包红布，故称九牧红巾军。红巾军攻打衢城时，石梁乡民与城内百姓里外呼应，开展诛官杀教的斗争，史称“衢州教案”。英、美、法等国的部分传教士依仗本国侵略势力，拉拢一些教徒充当爪牙，勾结官府，作恶多端，深为衢城百姓和乡民所痛恨，结果衢城有十一名传教士被杀，常山逃来的美籍传教士黄道明夫妇及其子，慌乱中逃来西安门码头，本想雇船去杭州避难，船民怕殃及自己而遭拒绝。结果落入衢城百姓手中,一家三口被杀于西安门外。城内天主教堂、基督教堂以及麻蓬村的天主教堂相继均被焚毁。

衢州教案发生后，浙江布政使恽祖翼当即致电盛宣怀，请他转请两江总督刘坤一“速派晓事大员，并带一营赴衢查办，将起意及下手各‘匪’悉数擒斩，以谢洋人，并为吴故令雪憾”。刘坤一随即致电江西巡抚松寿，令他派袁树勋带一、二营清兵由江西广信奔赴衢州，与浙江清兵一同会剿。

衢州教案也震惊了英、美帝国主义。英国驻沪总领事霍必澜，通过浙江耶稣教内地会，派杭州耶稣教华籍牧师任芝卿调查衢州教案的经过，尤其要他们注意搜集地方官绅中镇压不力者的情况，准备以此向清政府要挟。

清政府为取悦各国，于1900年11月以保护教会不力为名将浙江巡抚刘树棠、金衢严道台鲍祖龄等人革职查办。

霍必澜还以从上海“带兵赴浙”相恫吓，意欲“首须办有罪之官，次抵偿，次抚恤”。英国驻华公使也向清政府施加压力，要求惩办与教案有关的官绅。“以为当日滋事由其主使，必欲骈诛；并拟将众绅斥革，责令认摊赔款。”

在英帝国主义的压力下，清政府着着让步，将金衢严道台鲍祖龄充军新疆，都司周之德处斩，浙江巡抚刘树棠革职永不叙用，当地士绅郑永禧、郑锷、罗道樊等也遭斥革，肇事群众被杀40多人，其中14人枭首示众。赔款白银5万两，割地10亩给教案中被杀的教士筑墓和修建被毁教堂。