袁瑰祖父及父亲都早死，袁瑰与弟弟
袁猷在
八王之乱时为求带着母亲避乱，于是请求在江淮一带的县任官，终拜
吕令，后又迁任
江都令。袁瑰后南渡长江，并受命为丹杨令。
建武元年（317年）
晋元帝称帝，建立东晋，以袁瑰为
奉朝请，后又迁为治书御史。袁瑰后出任
庐江太守。 永昌元年（322年），大将军
王敦以讨
刘隗、
刁协为名起兵进攻
建康（今
江苏南京），引袁坏为自己的咨议参军。后来，袁瑰又出任临川太守。
太宁二年（324年）
王敦之乱平定后，袁瑰又任镇南将军
卞敦的军司，但不久就自行辞职，并寓游于
会稽。
咸和三年（328年）时苏峻起兵攻陷建康，袁瑰就与会稽太守王舒等人起兵讨伐苏峻。次年讨伐军成功平定苏峻部众，袁瑰亦以功封长合乡侯，并受征为
散骑常侍。后来曾迁任
大司农，接着又转任国子祭酒，加散骑常侍。
袁瑰见东晋朝廷经历过王敦及苏峻两次叛乱，礼教不兴，于是上秦建议朝廷提供儒者土地和屋舍，让其收取学生，并赐博士僚属官位，以图推广儒学。朝廷终应允他所求，并重新开始了儒学在江南的发展。