永嘉三年(
309年),
前赵刘聪与
王弥等人率五万精锐骑兵进逼
洛阳,卞敦与
胡毋辅之共劝时任
太傅的
司马越抗击王弥,但遭到
太尉王衍和河南尹潘滔坚决反对。卞敦于是竭力争论,众人都支持卞敦,最终
司马越都领兵抵抗并成功击退前赵军。及后卞敦便出补汝南
太守,当时
司马睿曾边请他出任镇东军咨祭酒,但卞敦不应命。征南将军
山简则请得他任其
司马。次年,
山简应朝廷诏命将流落于
南阳地区的
雍州流民迁回本乡,并派兵催促流民出发,但这挑起流民
王如叛乱;
荆州和
湘州流民又推
杜弢为主于永嘉五年(
311年)举兵叛乱。面对这两场叛变,
山简任命卞敦监
沔北七郡军事、任振威将军兼领江夏相,屯
夏口。卞敦后讨伐沔中的叛乱,都一概平定。
建兴三年(
315年)
杜弢降而再叛,卞敦加征讨大都督参与讨伐。
杜弢被平定后卞敦因功而封安陵亭侯。后
镇东大将军王敦请得卞敦为
军司。
东晋建立后,卞敦任太子右卫率。镇北将军
祖逖死后,原本
祖逖收复的大片北方土地被
石勒再度攻陷,并且进逼
淮河和泗水流域,晋元帝于是想找良将镇守边境,阻止石勒继续南侵。当时众人都推举卞敦,卞敦于是获任命为征虏将军、
徐州刺史,镇守
泗口。
太宁元年(
323年),石勒进攻
彭城和
下邳,卞敦认为自己不能抵御,于是与
征北将军王邃退守
盱眙。石勒因此将淮北地区大部分城池都攻陷。卞敦因此而被指畏懦,降职三级至
鹰扬将军,徴为
大司农。
王敦后表卞敦为征虏将军、
都督石头诸军事。
咸和二年(327年),苏峻联合
祖约起兵叛乱,平南将军
温峤等领兵救援
建康,但卞敦则拥兵不下,而且不给军粮,仅仅派
督护荀璲领数百人跟随大军。当时朝野对这没有人不责怪和叹息,征西大将军
陶侃更十分忿恨。
咸和四年(
329年),苏峻之乱平定,陶侃便上奏卞敦“阻军观望,不赴国难,无大臣之节”,并请卞敦收付廷尉。太傅
王导以祸乱之后应该多宽赦为由,让卞敦转任安南将军、
广州刺史,但卞敦因病不上任。后来被征任
光禄大夫,领
少府。因为没有出兵讨伐苏峻,卞敦经常感到惭愧羞耻,对他的评论价亦下降,不久便忧死。追赠本官,加
散骑常侍,谥号敬侯。