豫皖苏军区成立后，决定将
冀鲁豫军区第六军分区改为豫皖苏军区第一军分区（地委、行署同时改），辖杞县、克威县、睢县、扶太西、淮太西、通许、宁柘商、柘城等县。将鹿邑、淮阳划为第二分区，以豫东纵队为基干武装开辟工作。将华中军区第八军分区改为第三军分区，以下余武装为基础回原地恢复根据地。组建豫皖苏军区独立旅，下辖3个团。
1948年5月9日
中原军区成立，
刘伯承任司令员，
邓小平任政治委员，
陈毅任第一副司令员(仍兼华东野战军司令员和政治委员)，李先念任副司令员，邓子恢任副政治委员，张际春任副政治委员兼政治部主任。豫皖苏军区下辖8个军分区，1个独立旅，张国华任司令员，吴芝圃任政治委员。
1948年6月24日，撤销豫皖苏区党委，成立豫皖苏中央分局。6月，
粟裕兼任豫皖苏军区司令员，
张国华任副司令员，
宋任穷任政治委员。
1949年2月，
淮海战役结束后，豫皖苏军区部队等为基础组建
中国人民解放军第十八军，隶属
第二野战军第五兵团。不久，第十八军渡江南下，参加解放江南的行列。3月1日，成立河南省委，撤销豫皖苏中央分局。3月7日，成立
中原临时人民政府，领导豫皖苏解放区的工作，撤销
豫皖苏边区行政公署。