贝琼性
坦率，不事边幅，专心好学，博通经史百家。四十八岁时，始领
乡荐。
张士诚屡次征召不到。洪武二年（1369），聘修《
元史》。书成，受赐归。洪武六年（1373），以
儒士得到举荐，任
国子助教。贝琼曾感慨
古乐不作，作《大韶赋》以表明志向。时任
国子司业的
宋濂建议立
四学，并祀
舜、
禹、
汤、文（
周文王）为先圣。
明太祖没有采纳他们的说法，贝琼又作《释奠解》反驳，识者大多赞同贝琼的建议。与美和、铉齐名，时称“成均三助”。洪武九年（1376），改任
中都国子助教，教导
勋臣子弟。洪武十一年（1378），
致仕。洪武十二年（1379），去世。
贝琼从
杨维桢学诗，取其长而去其短；其诗论推崇盛唐而不取法宋代熙宁、元丰诸家。文章冲融和雅，诗风温厚之中自然高秀，朱彝尊说他“足以领袖一时”。
著有《中星考》、《清江贝先生集》、《清江稿》、《云间集》等，后人整理为《
贝琼集》。