近藤氏源于
藤原氏，是
日本平安时代的名将
藤原秀乡的后裔，也有说源于同时代的另一名将藤原利仁之家系。流传着这样两张家系图：
秀郷流说
藤原秀郷━千常━文脩━文行━脩行(近藤)━行景━景亲━景頼━能成（近藤太）
可以看出，近藤这个姓氏最早发端于
藤原秀乡的玄孙藤原修行一代，但根据持藤原利仁家系说观点的第二张图来看，近藤姓氏的发源是从藤原利仁的八世孙藤原贞成开始的。但毫无疑问，近藤姓氏真正成为日本显赫的望族，是从藤原能成（近藤能成）这一代开始的。
丰后国大名大友能直是近藤能成之子，因为其父当过古庄乡司（官职名），故一度以“古庄”作为自己的苗字（姓氏），后来恢复了本姓近藤。由于这位近藤能直的母亲是
丹波国大名波多野经家之女，他继承了外祖父波多野经家的领地--相模国大友乡，从此以地名为姓，改姓大友。说来也比较富有戏剧性，大友能直终其一生，改姓几乎成了家常便饭，后来他被镰仓时期执权之一
中原亲能收为养子，又改名为
中原能直。一生之中四度改姓，也算是空前绝后了。不得不说的是，这位四易其姓的大友能直，后来在建久七年（宋庆元三年，1196）被
镰仓幕府封为丰前、丰后两国守护，从此将丰后国作为自己世世代代赖以生存的大本营，他就是丰后大友氏的初代家督，也就是后来的战国名将大友宗麟的远祖。
除了近藤能直（大友能直）这一脉后来发展成极富实力的大名直到战国时代之外，作为四国藤原氏当中大家的近藤氏，后来在近藤京帝的主持下，于
阿波国西部筑白地城，并改姓大西氏，以三好郡为中心，其势力不断膨胀，直到战国时代，才在
长宗我部元亲的不断攻击下日渐衰落下去。但近藤氏的后人反而在幕末时代的土佐藩大放异彩，相信很多人都听过近藤长次郎这个名字，他便是这其中最知名的人物之一。到了当代，著名的歌手兼声优
水树奈奈（本姓近藤）和她的妹妹Daisy×Daisy主唱
近藤美香，也是四国近藤氏后人当中较为知名者。
远江近藤家本据在
远江国引佐郡，是
战国时代骏河大名今川氏麾下的国人众之一。
永禄11年（明嘉靖四十七年，1568）
德川家康进攻远江时投向
德川方，其家督近藤秀用因立功颇多，受到家康的赏识，因此把他派到“
德川四天王”之一的
井伊直政手下担任副将。近藤秀用晚年受封为大名，成为远江国井伊谷藩藩主，但是，为了将其位于滨名湖北岸的土地分配给其子孙，宗家仅仅保留了1万石领地，因此实际上近藤家已经被降为德川家的旗本身份。近藤秀用不仅是井伊谷藩的初代藩主，也是唯一的一代藩主。
近藤这个姓氏是幕末时代
天然理心流的通用苗字。天然理心流创始人为远州（远江）人近藤内藏助裕长。据说近藤内藏助本是古流武术--
天真正传香取神道流的传人，后来将此流派武术加以自己的理解，于宽政元年（清乾隆五十四年，1789）创立了天然理心流。所以也有说法把天真正传香取神道流当作是天然理心流的远祖。
近藤勇毫无疑问是天然理心流当中最具有影响力的人物。如果把
新选组称为“壬生之狼”，那么，天然理心流剑术无疑就是锐利的狼牙了。他和
冲田总司,
土方岁三这三位新选组核心人物皆为天然理心流门人。历史上的近藤氏出过很多名人，但是无论是谁，其影响力都不能和近藤勇相提并论。