1578年，占据菲律宾吕宋岛的西班牙殖民者因为文莱苏丹国对于菲律宾东部的渗透，而对文莱苏丹国所在的婆罗洲发起远征，一度攻陷其都城科塔巴图，但由于文莱人的游击战被迫撤退。这场战争打击了文莱苏丹国的威权。

西班牙人远征婆罗洲之前，西班牙与文莱的冲突主要集中在菲律宾水域。在1571年的马尼拉陷落前，文莱始终是支持南岛穆斯林势力发展的重要推手。尽管对于深入内陆没有什么兴趣，却不断以商业手段吞并周围港口。时间一长，就形成了类似威尼斯共和国在地中海沿岸的区域霸权。兵少将寡的新来者们，也时刻容易受到他们排挤。

期间，葡萄牙人通过马六甲和宾坦（民丹岛）南下，抢先一步到香料群岛建立堡垒。他们同时选择结好文莱苏丹，并与后来的西班牙人大打出手。因此，即便葡萄牙-文莱同盟很快因宗教问题不欢而散，西班牙的亚洲前哨还是难有真正作为。

这个情况在1571年后迅速发生变化。由于新的马尼拉市建立，西班牙征服者们开始享用吕宋岛上的充沛资源。更多移民会定期从墨西哥赶来，充实天主教帝国的远东据点。一些归属部族也为利益改宗，成为海外殖民者阶层以下的中坚势力。

于是，在新任总督弗朗西斯科-德-桑德授意下，文莱被马尼拉当局要求停止向东部继续渗透。这样的做法，无疑会损害帝国方面的贸易收入。至于允许派神父到婆罗洲传教的建议，也被苏丹赛义夫-里哈尔给当即拒绝。相反，受到文莱支持的穆斯林海盗，继续在菲律宾南部与中部水域活跃。

既然洽谈无法解决问题，西班牙人便1578年选择诉诸武力。身为总督的弗朗西斯科，为此特意筹备了2年时间，以便从墨西哥那里获得更多兵力支持。到战争爆发前，他的远征军已包括200名本土士兵、200名来自墨西哥的混血殖民者、1500名菲律宾归化土著和300名从婆罗洲当地招募的变节者。

为了支持他们的登陆行动，还有一支总数为40艘的舰队伴随。其中既有适合近海巡逻的桨帆快船，也有旗舰圣地亚哥号这类盖伦帆船。大部分船只都配有充足的给养和弹药。

1578年4月16日，西班牙人的舰队突然离出现于婆罗洲海岸，并向宫廷送出最后一份劝说信。但赛义夫-里哈尔却不为所动，直接将总督的来信撕碎。

根据年代稍早的葡萄牙观察家记载，我们可以料定其自信源于都城科塔巴图的缜密防御。虽然大部分本地建筑是竹木结构，但城市外墙完全是由石块构筑，上面还部署了大小不等的许多火炮。几十年来，文莱苏丹都不忘从伊斯兰国家中吸纳军事人才。这些数目不等的土耳其人、埃及人和印度人，纷纷将自己掌握的火炮引入当地。这让科塔巴图成为东南亚当时强劲的军事要塞。但苏丹无论如何不会想到，弗朗西斯科在知道回应后就马上下令开火。

当时，数千人的文莱守军已经集中起50艘各类战舰回到都城协防。但这些传统的卡拉科亚桨划船，没有足够用于反击的远程火器。于是，在遭到突袭的情况下，他们连靠近还手的机会都没有获得。尤其是盖伦帆船上的大型蛇炮，只用1发弹药就能使某艘小船遭到重创。过去曾帮文莱纵横婆罗洲沿岸的海上力量，就这样被征服者们轻易摧毁。残余的小船则顺着巴兰河向上游潜逃。

稍后，同样的情况在落到了岸防部队头上。那些固定摆放的火炮，对付近距离内的攀爬者没有问题，但要挑战为大洋厮杀而设计的长程火力却是勉为其难。结果，除了少量火炮可以伤及西班牙帆船，其余武器都沦为壮声势的摆设。。因此，守军在短促而激烈的对射后也纷纷抛弃阵地。登陆部队则划着带有小型火炮的桨帆快船前进，顺利在解除威胁的帝国都城靠岸。

眼看硬拼没有希望，苏丹带着所有人离开城市。他们发挥南洋土著的光荣传统，瞬间就准备将一座死城留给西班牙人。后者首先进攻城中的大清真寺，并在赞叹其宏伟之余也不忘将之纵火焚毁。少量的留守部队在街道上负责拖延对手进度，却不可能挡住已结成方阵的欧式步兵。到4月20日时，赛义夫-里哈尔的宫殿也被征服者闯入。大量来不及带走的贵重物品被西班牙士兵劫掠一空。后者同时也缴获了大量火炮，觉得其制造精美但性能堪忧。更重要的是，文莱帝国的核心区域已被其占领。

然而，南洋地区的势力往往并不依赖于个别重要据点。只要负责指挥的那批人能成功脱身，就不愁找不到足够兵力用于反攻。文莱人很快对入侵者进行了大量小规模袭扰，让觉得已经获胜的西班牙人苦不堪言。尽管敌人苏丹就滞留在都城以北，但他们却不清楚其具体位置，也没有精力发起新的追击。包括1000名王室卫队在内许多本地武士，纷纷化整为零地轮番突袭，根本不给弗朗西斯科的手下以任何休息机会。

进入5-6月之间，更加炎热潮湿的雨季开始造成疟疾流行。在缺乏本地向导的情况下，西班牙人也无法找到足够干净的水源，从而加剧了部队中的不满情绪。鉴于如此恶劣的处境，已经有许多殖民地经验的总督决定迅速脱身。

6月26日，在搜罗到足够多的财物后，西班牙舰队起航返回马尼拉，顺便也将觉得有用的武器也一并带走。他们在进攻文莱的战争中，伤亡不多，却有不少人死于稍后的疫病流行。文莱方面的损失则要多出不少，但非常及时的策略转换，让他们没有受到过于严重的伤亡。

从表面上看，文莱人似乎笑到最后，将西班牙征服者们驱逐出去。然而，苏丹赛义夫-里哈尔在主要战事结束后数年就病逝，从而宣告了该国黄金时代的结束。继任者们自知无法承受多次这样的攻击，选择向马尼拉的西班牙总督服软。此后，那些活跃在菲律宾中南部的穆斯林团体，就不再受到文莱资助。帝国在婆罗洲的威权也受到影响，造成许多外围的藩属自动脱离，势力范围步入日益萎缩态势。

至于西班牙人，无疑用最小的代价获得了巨大收益。以马尼拉为核心的菲律宾地区，将逐步成为其在东方的最重要属地。