遗传图谱是某一物种的染色体图，显示所知的基因和/或遗传标记的相对位置，而不是在每条染色体上特殊的物理位置。由遗传重组测验结果推算出来的、在一条染色体上可以发生的突变座位的直线排列（基因位点的排列）图。

遗传图谱即遗传连锁图谱，是基因组研究中的一个重要组成部分，它是指基因组中基因以及专一的多态性标记之间相对位置的图谱。即通过两点测验和三点测验对统计的各种带型个体数进行连锁分析计算，建立连锁群。也可从第二个标记开始，测验与前一个标记是否协同分离。根据分离资料，用最大似然法估计不同标记位点间的重组率数值并转换成遗传距离，连锁的遗传标记间距离，一般用cM表示，1cM为同源染色体配对期望交换值1%的染色体长度。随着计算机技术的发展，已有多个构建遗传图谱的软件，研究者用的较多的软件主要有MapMaker及JoinMap 3.0 。

1、亲本选择差异大，子代可稳定遗传的

2、亲本的标记及差异选择

3、作图群体构建以及分子标记检测

4、连锁分析：两点测验、三点测验（软件：MAPMAKER）

5、遗传标记的染色体定位

构建遗传图谱的遗传材料是分离群体，即作图群体。按其遗传稳定性可分为两大类：一是非固定性分离群体或暂时性群体(F2、F3、F4、BC群体、三交群体)，其最主要的特点是易于在短期内构建具充足大小的作图群体。二是永久性或固定性的作图群体，DH和RIL为永久性的作图群体，它们克服了暂时性群体的不足之处，但构建这样的群体不是难度大，就是耗时长。

通过遗传重组所得到的基因在具体染色体上线性排列图称为遗传连锁图。它是通过计算连锁的遗传标志之间的重组频率，确定他们的相对距离，一般用厘摩来表示。绘制遗传连锁图的方法有很多，但是在DNA多态性技术未开发时，鉴定的连锁图很少，随着DNA多态性的开发，使得可利用的遗传标志数目迅速扩增。早期使用的多态性标志有RFLP（限制性酶切片段长度多态性）、RAPD（随机引物扩增多态性DNA）、AFLP（扩增片段长度多态性）；80年代后出现的有STR（短串联重复序列，又称微卫星）DNA遗传多态性分析和90年代发展的SNP（单个核苷酸的多态性）分析。利用遗传图谱可以对多种疾病及性状进行遗传分析与基因定位。