开馆一年，就为全市编写1949－1959年建国十年史和十年大事记提供档案
资料1065卷(册)。1960－1963年间，贯彻国家《县档案馆工作暂行通则》，加强了馆内业务建设和基础工作，根据馆藏档案、资料的内容，编写了《镇江市档案馆介绍》和档案参考资料，广泛地开展档案利用工作。 1964年起，市档案馆对档案材料进行全面鉴定，划分保管期限。这时馆藏档案材料已达47个全宗、17053卷，鉴定后共有档案16870卷，其中永久1177卷，长期3096卷，短期12597卷。经过系统排列，编目上架，科学管理，达到有效利用和安全保管，工作走上正轨。 “
文化大革命”期间，档案馆被撤销，档案暂时封存。市革委会成立后，由市革委会办事组管理档案工作。1976年6月档案馆恢复。到1985年底，档案馆有库房和办公用房1257平方米，共有档案箱342套，配有文件复印机、照相机、5台去湿机等机械设备。档案馆实有人员11人。 馆藏档案有解放前的国民党时期镇江县政府的档案、官僚资本企业的档案、镇江商会档案及部分私营企业的档案；还有镇江地区的革命历史档案。解放后的档案，有
镇江市军事管制委员会档案，中共镇江市委员会及所属机构档案，
镇江市人民政府及所属各机关的档案，社会团体、民主党派、工商联档案，还有撤销机关和工业企业的档案以及原中共镇江地方委员会、镇江地区行政(专员)公署及所属机构的档案材料。以上各种馆藏档案共计141个全宗，54980卷(册)，各种资料10910册。排架总长度697米。1983－1985年，共接待查阅档案资料3155人次，提供档案资料12869卷(册)。为领导决策、机关工作、平反冤假错案、解决纠纷、落实政策、发展生产、繁荣经济、城乡建设、编史修志和科学研究等方面作出贡献。
按照档案材料的不同时期和不同区域，我馆档案分为历史档案、镇江地专机关档案、原镇江市市级机关档案、新镇江市市级机关档案和人物档案、破产企业档案、重大活动档案、改制企业档案八个全宗群，分别用“A”、“B”、“C”、“D”、“E”、“F”、“G”、“N”为代号。
根据全宗内档案的内容和形式划分为文书档案、科技档案、专门档案三类。馆藏科技档案现只有公路建设档案、科研项目档案和少数基建档案，按其工程项目内容进行分类排列。馆藏专门档案有：纪检案件档案、信访档案、右派分子档案、五反档案、
婚姻登记档案、工商登记档案、土改档案、会计档案、诉讼档案、声像档案、实物档案等分别按其分类规则进行分类、整理、排列、编目，单独存放。
镇江是民国时期江苏省政府所在地，产生了数量较多的历史档案，其中，民国、汪伪等档案在全省档案构成中占有重要的地位。馆藏历史档案中最古老的是清朝嘉庆年间茅厕基地的文契、执照、房屋地契。在政治法律领域，有反映1925年秋建立
共产主义青年团镇江支部、1927年建立中共镇江县支部、1928年建立中共镇江县委的档案资料等；有我省法院系统仅存的反映其施政活动的记录——1927至1949年间江苏省高等法院镇江分院档案。在金融商业领域，有目前全省保存数量最大的银行会计档案；有入选江苏省珍贵档案名录的镇江商会档案；还有“镇江恒顺酱醋厂”、“镇江火柴厂”，以及江苏省最早民办电力企业“镇江大照电气公司”的档案。在地理交通领域，有镇江海关1904—1937年间码头、房产、勘察水道的设计图；有侵华日军在江苏省境内绘制的军事地图。在文化民俗领域，有元朝至民国期间的各种县志、宗谱；有清末学者陈庆年（号横山乡人）编辑的《横山保石祟德窖捐牍存》；还有清朝镇江诗人冷士嵋的诗文集——《江泠阁全集》。