13世纪末时基督教（实指罗马教廷）已成为欧洲最大的政治势力和经济集团，尤其是罗马教皇的权势更不可一世。到了“阿维尼翁教宗”时，西欧各国世俗政权与罗马教宗之间的权力争夺十分激烈，教廷也由罗马迁往靠近法国边境的城市阿维尼翁，教皇势力受到极大的冲击。后世的历史学家将此时的教皇称为“阿维尼翁之囚”（Prisoner of Avignon）。

罗马教廷迁至阿维尼翁始自13世纪末法国国王腓力四世与教皇卜尼法斯八世为争夺统治权及教会财产的斗争。法国国王腓力四世继位后依靠武力将许多伯爵领地并入王室，成为法国第一个专制君主。

他为了统一法国和对英国作战的需要开始向教会神职人员征税。此举严重地侵害了教皇利益，因为它势必减少教皇的收入。于是教皇卜尼法斯八世于1302年发布通谕宣称，世俗君主无权对教会及神职人员行使权力。史称《一圣教谕（A holy duarul）》这份教谕成为了法梵两国的导火索。

而腓力四世则针锋相对，索性禁止法国货币出境。随后，法王又于1301年将法国大主教以叛国罪投入监狱，两年后，腓力四世又派人攻入教皇住所，将卜尼法斯凌辱殴打一顿，致使其几周后便死去。1305年，在腓力四世的压力下，一名法国主教当上教皇，取名克雷芒五世。

由于惧怕意大利人的反对，克雷芒五世始终未去梵蒂冈，并于1309年将教廷迁至在法国控制下的意大利北部紧靠法国边境的阿维尼翁。与此同时，教皇同意法国国王有权向教会和神职人员征税，解散拥有大量财产的圣殿骑士团，并通谕承认世俗王国是由上帝直接设立的，法国人如同旧约时代的以色列人一样，是神的选民。

在此以后的70年间先后担任阿维尼翁教皇的有约翰二十二世、本笃十二世、克雷芒六世、英诺森六世、乌尔班五世和格列高利十一世。这几个人全是法国人，并且大都是在法国国王的干预下当选的。他们全都依附在国王的权势之下，并且把整个教廷和红衣主教团都置于法国的控制之下，尤其是阿维尼翁教皇大都贪婪无度，道德败坏，使这一时期成为教皇史上最黑暗的时期。因而阿维尼翁教廷被人文主义者佩特拉克斥之为“全世界的臭水沟”。但阿维尼翁教廷在扩大传教范围、兴办大学教育、制定教会法典等方面也曾有所建树。特别是被后世称为“蠢驴教皇”的本笃十二世，他不仅设置了总理执事这一对后世影响深远的教职，更不顾法王和红衣主教们的反对而设立了异端审问局这一在后世会起到重大作用的机构，可谓厥功甚伟。但基督教会在这一时期逐渐走向分裂已成为不争的事实。

1370年，格列高利十一世当选为教皇后，意大利出现社会动荡，特别是罗马城内出现的骚乱直接威胁着教皇国的生存，于是他决定率兵返回罗马以稳定局势。1377年格列高利十一世率兵从海路进入罗马，平息意大利的内乱后在圣彼得大教堂再次举行加三重冠礼。宣布自己为正统的罗马教皇。至此长达半个多世纪的阿维尼翁教皇期结束。