非洲语言主要分为五个语系，分别为：亚非语系（又称闪含语系）、尼罗-撒哈拉语系、尼日尔-刚果语系、南岛语系、印欧语系。

闪含语系

闪含语系又称“闪米特-含米特语系”、“亚非语系”、“非亚语系”、“非洲-亚洲语系”或“阿非罗-亚细亚语系”，主要分布在非洲北部和亚洲的阿拉伯半岛。

此语系在非洲最常通行的语言是阿拉伯语、索马里语、柏柏尔语、豪萨语、阿姆哈拉语、奥罗莫语。

闪含语系主要的共同特征是：

尼罗-撒哈拉语系

尼罗-撒哈拉语系分布于非洲的尼罗河沿岸，尼日尔河沿岸以及非洲中部的撒哈拉地区。此语系的语系关系未有决定性的证据，支持有此类别的语言学家不多。把桑海语列入这语系引起了质疑，有些人主张桑海语应视为独立的语系。

列入此语系的著名语言包括卡努里语（撒哈拉语族）、富尔语、桑海语族，以及属于尼罗特语族的丁卡语、卢奥语、马赛语。

尼日尔-刚果语系分布在非洲的中部和非洲南部部分地区，班图语支占大宗。斯瓦希里语（Swahili）为使用人数最多的班图语，大部分使用者在坦桑尼亚东部和肯尼亚东南部。其他主要的班图语有津巴布韦的绍纳语（Shona）、刚果的林加拉语（Lingála）、南非的祖鲁语等等。在非班图语中，富拉语、沃洛夫语、阿坎语、莫西语、约鲁巴语、伊博语在西非有相当数量的使用者。

曼德语族通常划分在尼日-刚果语系，但和尼日尔-刚果语系的语系关系相当疏离，不属于大西洋-刚果语族。常通行的曼德语族为像是班巴拉语、曼丁哥语、等。

保有自己宗教传统的多贡人（Dogon）所说的多贡诸语言，同样不属于大西洋-刚果语族。

许多尼日-刚果语系语言都是声调语言，词句顺序通常为主谓宾结构（SVO）。而南非的祖鲁语和科萨语，受到邻近的科依桑语系语言影响，而带有搭嘴音（吸气音）。

科依桑语系

科依桑语系主要分布在非洲南部及东部各国。研究科依桑民族和语言的学者，认为这分类内部缺乏有互相关连的证据，不同意有所谓的“科依桑语系”。除桑达韦语和哈扎语外，科依桑学者把其他语言分为 Tuu、Juu-ǂHoan、Kwadi-Khoe 3个语系。科依桑的各语言，以搭嘴音（吸气音）之多而闻名。

非本地语言

非洲的非本地语言语言主要属于以下4个语系：

随着欧洲殖民主义国家的入侵，大多数非洲国家皆采用非洲以外语言作为官方语言，不过如今亦有本地语言，例如斯瓦希里语被用作非洲国家的官方语言。

在非洲被广泛使用的非本地语言有阿拉伯语、法语、英语、葡萄牙语、南非语、和马达加斯加语等语言，分别属于闪含语系、印欧语系和南岛语系。

古代还有古波斯语、希腊语、拉丁语等语言，主要通行在北非、埃及等地区。

克里奥尔语

在非洲各个曾受殖民统治的国家里，都发展出多种克里奥尔语。

未分类语言

非洲的未分类语言包括：

比较鲜为人知的有Bete语、Bung语、Kujarge语、Lufu语、Mpre语、Oropom语、和Weyto语。

许多非洲国家都有官方的国家手语，譬如阿尔及利亚手语、突尼斯手语、埃塞俄比亚手语等等。亦有一些手语是限于某地区或者某村的范围内才使用，有加纳的Adamorobe手语等作为例子。

非洲语言的共同特征是使用者大部分在非洲，在语言学上并没有“泛非”语言地区的概念。因为语种语族众多，很难对非洲所有语言的特征作出笼统的描述。

语言声调

非洲语言之中的声调语言比世界其他地区多，其中有表现变调等声调语言仅有的语言特征。

非洲历史上由于贸易往来的需要，有些语言在局部地区发展为通行语。例如：柏柏尔语（北非和西非）、迪尤拉语（西非的西部）、富拉语（西非）、豪萨语（西非）、林格拉语（刚果）、斯瓦希里语（东南非）、阿姆哈拉语（埃塞俄比亚）、索马里语（非洲之角），以及阿拉伯语（北非和非洲之角）。

在殖民时代和后殖民时代，英语、法语、葡萄牙语及这些语言的克里奥尔语，成为许多非洲国家的官方语言或通行语。