非等位基因就是位于同源染色体的不同位置上或非同源染色体上的基因，如：高茎基因D与红花基因C。

定义：若干非等位基因只有同时存在时才出现某一性状，其中任何一个发生突变时都会导致同一突变型性状，这些基因称为互补基因。

举例：鸡冠形状的遗传鸡冠的形状很多，除了我们常见的单冠外，还有玫瑰冠、豌豆冠和胡桃冠等，这些不同种类的鸡冠是品种特征之一。如果把豌豆冠的鸡跟玫瑰冠的鸡交配，子一代的鸡冠是胡桃冠。子一代个体间相互交配，得到子二代，它们的鸡冠有胡桃冠、豌豆冠、玫瑰冠和单冠，大体上接近9：3：3：1。

假定控制玫瑰冠的基因是R，控制豌豆冠的基因是P，而且都是显性的，那么玫瑰冠的鸡没有显性豌豆冠基因，所以基因型是ppRR，与之相反，豌豆冠的鸡没有显性玫瑰冠基因，所以基因型是PPrr。前者产生的配子全部是pR，后者产生的配子全部是Pr，这两种配子相互结合，得到的子一代是PpRr，由于P与R的互补作用，出现了胡桃冠。

子一代的公鸡和母鸡都形成PR，Pr， pR和 pr的4种配子，数目相等。根据自由组合定律，子二代应该出现4种表型，胡桃冠（P__R__），豌豆冠（P__rr），玫瑰冠（ppR__）和单冠（pprr），它们的比数为9：3：3：1。在这个例子中，P与R是互补的，形成了胡桃冠，p与r是互补的，形成了单冠，所以P与R，p与r是互补基因。

定义：影响同一性状的两个非等位基因在一起时，得以表现性状的基因称为异位显性基因或称上位基因。

举例：

隐形上位：在家兔中，灰兔与白兔杂交，子一代全是灰兔，子二代中出现灰兔9：黑兔3：白兔4的比率。看来这比率是从9：3：3：1衍生而来的，因为后面两项相加，就会得到9：3：4的比率。在子二代中，有色个体（包括灰色和黑色）与白色个体之比是3：1，而在有色个体内部，灰色个体和黑色个体之比也是3：1，所以可以假设，这里包括两对基因之差。

一对是C和c，每一个体至少有一个显性基因C存在时，才能显示出颜色来。另一对是G和g，只有当显性基因C存在时，才能显示作用。那就是说，当C存在时，基因型GG或Gg表现为灰色，gg表现为黑色；当显性基因C不存在时，即在 cc个体中，不论是 GG，Gg，还是 gg，都表现为白色。

显性上位：燕麦（Avena sativa）中，黑颖品系和黄颖品系杂交，子一代全是黑颖，子二代的分离比是：黑颖12：黄颖3：白颖1。因为黑颖与非黑颖之比是3：1，又在非黑颖内部，黄颖和白颖之比也是3：1，所以可以假定，这里包括两对基因之差：其中一对是B和b，分别控制黑颖和非黑颖，另一对是Y和y，分别控制黄颖和白颖。

只要有一个显性基因B存在，植株就表现黑颖，有没有显性基因Y都一样。如果没有显性基因B的存在，即在基因型为bb的植株中，表现为黄颖还是表现为白颖，就得看有没有Y的存在而定。有显性基因Y存在时，表现为黄颖，没有Y存在时，表现为白颖。

定义：对于同一性状的表型来讲，几个非等位基因中的每一个都只有部分的影响，这样的几个基因称为累加基因或多基因。在累加基因中每一个基因只有较小的一部分表型效应，所以又称为微效基因。相对于微效基因来讲，由单个基因决定某一性状的基因称为主效基因。

定义：本身具有或者没有任何表型效应，可是和另一突变基因同时存在便会影响另一基因的表现程度的基因。如果本身具有同一表型效应则和累加基因没有区别。

举例：家蚕有结黄茧的，有结白茧的，这也是品种特征之一。把结黄茧的中国家蚕品种跟结白茧的中国品种交配，子一代全是结黄茧的，这表示中国品种的白茧是隐性的。但把结黄茧的中国家蚕品种跟结白茧的欧洲品种交配，子一代全是结白茧的，这表明欧洲品种的白茧是显性的。

把子一代结白茧的家蚕相互杂交，子二代结白茧的与结黄茧的比率是13：3，这是一个新的比率。这种遗传方式可以用图《修饰基因例子-家蚕》说明。黄茧基因是Y，白茧基因是y。另外还有一个非等位的抑制基因I，有它存在时，可以抑制黄茧基因Y的作用，使Y不能显出作用来。根据这样的假定，黄茧品种基因型是iiYY，显性白茧的基因型是IIyy，两者之间相互杂交，子一代的基因型是IiYy，因为I对Y的抑制作用，Y的作用不能显示出来，所以子一代的表型是白茧。子一代的个体相互交配，子二代中应该 9/16是I__Y__，3/16 I__yy， 3/16是iiY__，1/16是iiyy。同样的，由于I对Y的抑制作用，所以子二代中表型比是白茧13（=9+3+1）：黄茧3。

定义：一个基因发生突变后使另一突变基因的表型效应消失而恢复野生型表型，称前一基因为后一基因的抑制基因。如果前一基因本身具有表型效应则抑制基因和异位显性基因没有区别。

定义：一个基因如果对另一个或几个基因具有阻遏作用或激活作用则称该基因为调节基因。调节基因通过对被调节的结构基因转录的控制而发挥作用。具有阻遏作用的调节基因不同于抑制基因，因为抑制基因作用于突变基因而且本身就是突变基因，调节基因则作用于野生型基因而且本身也是野生型基因。

定义：影响同一性状的基因为数较多，以致无法在杂交子代中明显地区分它们的类型，这些基因统称为微效多基因或称多基因。

定义：从理论上看，任何一个基因的作用都要受到同一细胞中其他基因的影响。除了人们正在研究的少数基因以外，其余的全部基因构成所谓的背景基因型或称残余基因型。