中国水产科学研究院黄海水产研究所是农业部所属综合性海洋水产研究机构。前身为“农林部中央水产实验所”，1946年8月筹建于上海，1947年1月正式建立。

1946年8月，在上海开始筹建农林部中央水产实验所。

1947年1月，农林部中央水产实验所成立。

1949年9月，农林部中央水产实验所迁往青岛。

1950年7月，更名为中央人民政府食品工业部水产试验所。

1951年4月，更名为中央人民政府农林部水产试验所。

1955年3月，更名为中华人民共和国农业部水产试验所。

1956年10月，更名为中华人民共和国水产部黄海水产研究所。

1961年12月，更名为中华人民共和国水产部海洋水产研究所。

1971年6月，更名为青岛海洋水产研究所。

1973年12月，更名为山东省海洋水产研究所。

1978年6月，更名为国家水产总局黄海水产研究所

1982年10月，更名为中国水产科学研究院黄海水产研究所。

2003年12月，研究所博士后科研工作站被国家人事部批准设立。

2005年3月，研究所海水养殖生物疾病控制与分子病理学实验室被正式批准成为NACA水产动物健康区域资源中心。

2007年4月，研究所科研创新实验楼通过竣工验收并交付使用。8月，黄海水产研究所“蓝色海洋食物工程中心寻山示范基地”举行揭牌仪式。

2008年，研究所申报的“山东省渔业资源与生态环境重点实验室”和“青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室”分别获得省科技厅和市科技局的批准。

2009年，研究所食品工程与营养研究室正式成立；先后举行水产遗传育种中心、青岛中国对虾良种场、青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室、院士工作站揭牌仪式。

2010年，研究所被科技部国际合作司授予海洋渔业国际科技合作基地；我研究所对虾良种繁育技术基地被国家外国专家局授予国家引进国外智力成果示范推广基地；国家海参加工技术研发分中心落户在研究所。

2011年，研究所成立中国首个碳汇渔业实验室。

2012年，研究所成立了水产基因组与细胞工程研究室。

2014年，研究所申报的“山东省海洋生物资源利用和质量安全控制工程研究中心”获省发改委认定。11月11日，由研究所牵头，联合中国海洋大学、中国科学院海洋研究所、好当家集团有限公司等50家该领域龙头企业、科研院校组成的“黄渤海区水产种业技术创新战略联盟”正式成立。

2015年，研究所申报的山东省海洋渔业生物技术与遗传育种重点实验室获山东省科技厅批复，山东省渔业资源与生态环境重点实验室通过省科技厅2015年度组织的评估。

据2017年1月研究所官网显示，研究所有在职职工419人，其中中国工程院院士4人（截至2022年1月），高级专业技术人员157人，博士生导师19人、硕士生导师82人。先后有3人获国家级有突出贡献专家称号、62人享受国务院政府特殊津贴、6人入选国家百千万人才工程、1人获山东省科学技术最高奖、4人为山东省泰山学者特聘专家、17人获农业部或山东省有突出贡献中青年专家称号、3人获青岛市科学技术最高奖，13人获青岛市专业技术拔尖人才称号；1个团队获全国专业技术人才先进集体、2个团队获山东省优秀创新团队、2个团队获中华农业科技优秀创新团队、4个团队获农业科研杰出人才及其创新团队、3个团队获水科院优秀科技创新团队称号。

中国工程院院士（专职）：赵法箴、唐启升、雷霁霖、陈松林

中华英才奖：唐启升、赵法箴、陈松林

国家百千万人才工程：陈松林、黄倢、金显仕、孔杰、马爱军

泰山学者：金显仕、陈松林、黄倢、孔杰、李健

农业科研杰出人才：金显仕、孙谧、黄倢、孔杰、赵宪勇、马爱军、张继红、叶乃好

据2017年1月研究所官网显示，研究所内设10个研究室、3个实验基地，拥有1个国家实验室、1个国家质量监督检验中心、1个农业部质量监督检测试中心、1个农业部生态环境监测中心、2个农业部重点实验室、2个山东省重点实验室、1个山东省工程研究中心、2个青岛市工程研究中心，另外建有中韩渔业联合研究中心、世界动物卫生组织参考实验室、青岛市技术转移服务机构、国家外专局对虾良种繁育引智基地、国家海洋技术转移中心专业领域分中心。

国家实验室：青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室

国家质量监督检验中心：国家水产品质量监督检验中心

农业部质量监督检测试中心：农业部水产种质与渔业环境质量监督检测试中心（青岛）

农业部生态环境监测中心：农业部黄渤海区渔业生态环境监测中心

农业部重点实验室：农业部海洋渔业可持续发展重点实验室、农业部水产品质量安全检测与评价重点实验室

山东省重点实验室：山东省渔业资源与生态环境重点实验室、山东省海洋渔业生物技术和遗传育种重点实验室

山东省工程研究中心：山东省海洋生物资源利用和质量安全控制工程研究中心

青岛市工程研究中心：青岛市水生生物疫病临床防控工程研究中心、青岛市海水养殖工程研究中心

研究所研究室：渔业资源与生态系统研究室、海水养殖生态与技术研究室、养殖生物疾病控制与分子病理学研究室、种质资源与工程育种研究室、海洋产物资源与酶工程研究室、渔业环境与生物修复研究室、水产品质量与安全研究室、鱼类养殖与设施渔业研究室、食品工程与营养研究室、水产生物技术与基因组研究室

研究所实验基地：海洋渔业科学研究中心、海水养殖引种育种中心、海水鲆鲽鱼类遗传育种中心

据2017年1月研究所官网显示，研究所网络管理中心具有网络IBM服务器、CISCO交换机、防火墙等硬件设备，采用了100M高速宽带网连接INTERNET，提供了多种访问服务及安全策略。研究所拥有高效液相色谱仪 HPLC、总有机碳分析仪 TOC、离子色谱、流式细胞仪、凝胶、一体化高通量基因分型平台、微生物反应器工作站、正置显微镜、生物分子成像、透射电镜、走航CO2等，拥有海洋渔业资源科学调查船“北斗”号、近岸渔业资源与环境调查船“黄海星”号。

据2017年1月研究所官网显示，研究所图书馆藏书10万余册。其中，中外文图书6.5万册；中外期刊1000余种，3.5万册。与世界上25个国家和地区100余个单位建立了文献交换关系，每年交换期刊约150种。拥有多种光盘数据库和网上数据库等电子资源。

2008年，研究所有11个项目获得国家自然科学基金资助，5项成果获得省部级奖励。2009年，研究所全年新上各类科研项目133项；获各级科技奖励10项次；获授权专利13项；发表各类科技论文242篇。

2010年，研究所全年新上各类科研项目134项，24项专利获得授权，发表各类科技论文293篇，5项科技成果通过了有关部门组织的科技成果鉴定。获得各级科技奖励8项次，其中，“半滑舌鳎苗种规模化繁育及健康养殖技术开发与应用”项目获2010年度国家科技进步二等奖；“中国对虾‘黄海1号’技术集成与推广”获2008-2010年度全国农牧渔业丰收奖农业技术推广合作奖等。

2011年，研究所全年新上科研项目159项，其中新上国家自然科学基金项目20项（包括重点项目1项）。发表各类核心期刊论文327篇，其中SCI收录82篇，出版专著4部；59项国家专利获得授权；13项科研成果获得奖励，其中省部级科技进步一等奖2项，2项科技成果通过山东省科技厅组织的科技成果鉴定，1项科技成果通过农学会组织的第三方评价；大菱鲆“丹法鲆”、牙鲆“鲆优1号”被全国水产原种和良种审定委员会审定为适宜推广的水产新品种。

2012年，研究所全年新上科研项目182项，其中国家自然科学基金项目13项。发表核心期刊论文390篇，其中SCI收录89篇，出版专著6部；64项国家专利获得授权；13项科研成果获得奖励，其中省部级科技进步一等奖2项，3项科技成果通过山东省科技厅组织的鉴定，海带“黄官一号”新品种通过全国水产原种和良种审定委员会审定。

2013年，组织申报各类课题220余项。新上项目165项，合同总经费8248.19万元，其中2013年新上国家自然科学基金16项。确定2014年新上国家自然科学基金18项。发表论著440篇，其中SCI 134篇，出版专著8部；获国家授权专利、软件著作权共94项，获新品种1个；制定并实施行业标准10项。

2014年，研究所组织申报各类课题240余项。新上项目159项，合同总经费6219万元，其中国家自然科学基金19项。确认2015年新上项目72项，合同经费4588万元，其中973项目1项，国家自然科学基金15项，合同经费714万元。获各级科技奖励15项次，其中“海水鲆鲽鱼类基因资源发掘及种质创制技术建立与应用” 成果获2014年度国家技术发明奖二等奖；发表论著414篇，其中SCI收录期刊论文126篇，在Nature Genetics和Genome上各发论文1篇，出版专著7部；获国家授权专利、软件著作权共88项，获新品种1个，2个新品种通过全国水产良种委员会评审；颁布实施标准20项。

2015年，研究所发表论文393篇，被SCI收录期刊论文151篇，其中在Nature子刊发表高水平研究论文2篇；出版专著7部，制定颁布实施标准12项；获国家授权专利92项（发明65项，实用新型27项），另获国家版权局登记18项；获各级各类科技奖励17项，其中国家科技进步二等奖1项（第二完成单位），中华农业科技成果奖一等奖1项，山东省技术发明一等奖1项，海洋科学技术奖一等奖、二等奖各1项，中国产学研合作创新成果二等奖2项，院科技进步一等奖1项；大菱鲆“多宝1号”、凡纳滨对虾“壬海1号”获新品种证书。研究所主持、承担科研课题417项，累计到位经费10809.2万元，留所经费8536万元；组织申报各类课题217项，新上项目138项，合同总经费7421.39万元；2016年新上国家自然科学基金项目17项，留所合同经费928万元。全年共有25个项目（课题）通过任务下达部门组织的结题验收，主要包括973课题2项，科技部国际合作项目1项，948项目5项，863计划课题1项，山东省科技发展计划项目2项，院基本科研业务费项目1项；3个项目通过科技成果评价。

据2017年1月研究所官网显示，研究所建所70年来，先后完成1300余项国家和省部级研究课题，取得300多项国家和省部级重大科研成果，获得省部级以上奖励200余项；其中国家级奖励43项，第一完成单位国家科技进步一等奖2项、二等奖5项、国家发明二等奖3项、国家自然科学三等奖1项等。

《渔业科学进展》（双月刊）（原名《海洋水产研究》，英文名Progress in Fishery Sciences），是由中华人民共和国农业部主管，中国水产科学研究院黄海水产研究所和中国水产学会共同主办的国家级学术期刊，科学出版社出版发行。

《渔业科学进展》是中文核心期刊、中国科技核心期刊、全国优秀农业期刊，被英国《动物学记录》（ZR）、《水科学与渔业文摘》（ASFA）、《剑桥科学文摘》（CSA）、《乌利希期刊指南》（UPD）和《开放获取期刊指南》（DOAJ）收录，被中国科学引文数据库（CSCD）核心库、中国学术期刊综合评价数据库、中国期刊全文数据库、中国生物学文献数据库、中国海洋文献数据库、中国学术期刊（光盘版）收录，可在万方、维普、CNKI等数据库开放获取。

《渔业科学进展》设研究论文、研究简报、研究综述等栏目，内容涵盖各类水域渔业科学研究最新成果，涉及与渔业科技有关的各学科研究进展。主要报道渔业生物学、渔业海洋学、水产增养殖学、水产种质资源与遗传育种、水生野生生物保育、渔业生物病害防治、渔业生态环境养护、渔业设施与捕捞技术、水产品综合利用与质量安全、海洋资源利用等领域的新发现、新技术和新成果。

据2017年1月研究所官网显示，研究所与上海海洋大学联合培养的2017年硕士研究生招生专业有：一级学科博士点2个、二级学科博士点2个、一级学科硕士点6个、二级学科硕士点5个、专业硕士学位点4个。与浙江海洋学院联合培养的硕士研究生招生专业有：一级学科硕士点2个、二级学科硕士点2个、专业硕士学位点1个。研究所设有博士后科研工作站。

一级学科博士点：食品科学与工程、生物学

二级学科博士点：水产养殖、渔业资源

一级学科硕士点：海洋科学、生物学、生态学、环境科学与工程、食品科学与工程、机械工程

二级学科硕士点：应用化学、临床兽医学、水产养殖、捕捞学、渔业资源

专业硕士学位点：机械工程、食品工程、渔业

一级学科硕士点：海洋科学、水产

二级学科硕士点：海洋生物学与生物海洋学、水产养殖

专业硕士学位点：农业推广

截至2008年8月，黄海水产研究所共有12名大连水产学院硕士研究生兼职导师，培养了26名硕士研究生。

据2017年1月研究所官网显示，研究所与上海海洋大学联合培养的硕士、博士研究生学制为3年，拥有在站博士后30余名。

2014年10月，中国水产科学研究院黄海水产研究所3名博士研究生、2名硕士研究生的学位论文入选上海海洋大学优秀学位论文，同时1名博士研究生、1名硕士研究生的学位论文被推荐评选上海市优秀学位论文。

2012年，研究所承办了第140场中国工程科技论坛—“中国海洋工程与科技发展战略”及“鱼类种子工程与可持续发展”科技论坛；与韩国国立水产科学院西海水产研究所签署渔业科技合作协议；共派出41个团组66人次出国进行学术交流、开展合作研究；接待10多个国家100余人次的来宾到所访问交流。

2015年，研究所共接待来自韩国、墨西哥、澳大利亚、荷兰等国家（地区）来访专家25批次，合计127人次；派出访问、交流学者20批次、36人次。

研究所所徽形似海洋上的海浪，由蓝、白色构成，与研究所的海洋水产研究特色相符。

优良传统：科学、民主、爱国、奉献

核心理念和所风：创新、求实、团结、奋进

2021年12月，中国水产科学研究院黄海水产研究所黄渤海渔业战略研究中心被农业农村部通报表扬为“中国渔政亮剑2021”系列专项执法行动成绩突出集体。

2022年3月，中国水产科学研究院黄海水产研究所海水鱼类种质资源与生物技术创新团队获“山东海洋强省建设突出贡献奖先进集体”荣誉称号。