1927年回国后历任中山大学教授、广州商务印书馆经理、商务驻港办事处协理、商务西南办事处主任；1951年任商务香港办理处总编辑辑、广东省政协委员、暨南大学校董等职。富于藏书，留学英美期间，目睹我国古籍外流颇多，感慨至深。归国后，遂留意藏书，曾得张元济、陈叔通等指导，遂通版本学知识。先后收藏有
徐信符等人的部分旧藏，其中多地方文献。藏书楼称“忆江南馆”，著名书法家叶恭绰为其书匾额。
1939年编撰有《忆江南馆藏书目录》，徐绍棨等为其作序。解放后，他将存放在香港的藏书全部运回广州，先后两次捐献给广东中山图书馆。赠书5 000余册，有数十种是善本、精抄本，明正统本《白玉蟾集》、明嘉靖本《宋丞相崔清献公全录》、《曲江诗选》、《曲江文集》、《白沙子》、明弘治刊本《世史正纲》等，而屈大均的《翁山文抄》及原刻本《翁山诗外》、《翁山文外》、《翁山易外》则为海内外孤本。中山图书馆于1956年编有《黄荫普先生捐赠广东文献目录》及《续编》，前后3次计捐书给广东中山图书馆1 754种，5 774册。另于1980年捐赠暨南大学图书馆750册古籍。著有《广东纸币史》、《广州工人家庭研究》；目录学方面有《广东文献书目知见录》、《广东文献知见录附补篇》，编有《忆江南馆藏书目录》、《忆江南馆丛刊》等。刊印有《勤勉堂诗抄》、《黄氏忆江南馆墨缘集存》等。