黑龙江飞鹤乳业有限公司于2002年5月28日在黑龙江省齐齐哈尔市工商行政管理局登记成立。法定代表人孙建国，公司经营范围包括生产乳制品乳粉（全脂乳粉、调制乳粉）、液态乳（灭菌乳）等。

2023年5月21日，“十四五”国家重点研发计划“食品制造与农产品物流科技支撑”重点专项——“基于中国母乳研究的新一代婴配乳粉制造技术研究及示范”项目在黑龙江省哈尔滨市启动，该项目由飞鹤乳业牵头。

法定代表人张永久。

2025年1月7日9时，西藏日喀则市定日县发生6.8级地震，地震发生后，飞鹤乳业快速响应，第一时间与日喀则红十字基金会取得联系，了解灾区情况，并紧急调配物资为灾区群众提供营养补给。飞鹤向西藏日喀则地区受灾群众捐赠20000罐婴幼儿配方奶粉、成人奶粉等营养品，守护震区宝宝的口粮，和受灾家庭一起共渡难关。

2019年7月，荣获全国模范劳动关系和谐企业。

2019年8月12日，被中国质量协会授予“全国质量奖鼓励奖”。

“2019中国民营企业制造业500强”发布，排名第453位。

2019年9月1日，2019中国制造业企业500强榜单发布，黑龙江飞鹤乳业有限公司名列第473 位。

2019年12月16日，入选“农业产业化国家重点龙头企业名单”。

2020年9月10日，位列“2020中国制造业民营企业500强”第372位。

2020年10月，被中共黑龙江省委、黑龙江省人民政府表彰为黑龙江省抗击新冠肺炎疫情先进集体。

2020年11月，入选第六届全国文明单位名单。

2020年11月16日，荣获工信部“2020年国家技术创新示范企业”称号。

2021年4月，入选2020年全国农业产业化龙头企业100强名单。

2021年6月28日，黑龙江飞鹤乳业有限公司党委被中共中央授予“全国先进基层党组织”称号。

2021年9月，被民政部授予第十一届“中华慈善奖”。

2021年9月，黑龙江飞鹤乳业有限公司的黑龙江飞鹤乳业有限公司大数据驱动创新应用项目入选2021年大数据产业发展试点示范项目名单。

2021年11月22日，入选退役军人服务保障先进单位拟表彰对象名单。

2021年12月，入选黑龙江省企业联合会发布的2021黑龙江企业100强名单。

2022年4月，由世界品质品鉴机构Monde Selection主办的“世界食品品质评鉴大会”奖项评选结果正式出炉，飞鹤星飞帆第8次蝉联“世界食品品质评鉴大会金奖”，飞鹤也成为中国唯一一家连续8次获此殊荣的婴幼儿配方奶粉企业。

2022年5月，黑龙江飞鹤乳业有限公司生产事业部技术组荣获第24届“黑龙江省青年五四奖章”。

2022年5月，入选中央广播电视总台2021年度“品牌强国工程”融合传播经典案例。

2022年9月，入选“2022中国制造业民营企业500强”榜单，排名第335位。

2022年12月，以460亿人民币价值位列《胡润中国食品行业百强榜》第33名。

2023年2月，荣获全国就业与社会保障先进民营企业称号。