雍正六年（1728年，
朝鲜英祖四年）二月初八日，金钟秀生于朝鲜首都汉城（今韩国首尔）。他出身
老论世家，曾祖父金构在
朝鲜肃宗末年官至右议政，祖父金希鲁官至户曹参判，父亲金致万虽无显官，但叔祖
金在鲁、堂叔
金致仁后来做了领议政。母亲出身
丰山洪氏，是洪锡辅之女，也是权臣
洪凤汉、
洪麟汉的堂姐、思悼世子之妻
惠庆宫洪氏的堂姑。据惠庆宫洪氏所言，洪锡辅的弟弟洪铉辅（洪凤汉、洪麟汉之父）很喜欢金钟秀的母亲，所以两家关系非常亲密。后来洪凤汉得到英祖赏识而平步青云，两家渐生裂痕，洪凤汉又时常教训金钟秀及其兄
金钟厚，从此金钟秀兄弟就对洪凤汉怀恨在心。
乾隆十五年（1750年，英祖二十六年），金钟秀考中小科（生员进士试），三年后通过庭试初试，但不久又丁父忧，其后任世子翊卫司洗马、工曹佐郎、户曹佐郎、江西县令、平市署令、安山郡守、沔川郡守等职。乾隆三十三年（1768年，英祖四十四年）三月式年文科丙科及第，但英祖特地将他擢为乙科。此后历任礼曹正郎、
司谏院正言、
弘文馆副修撰、东宫侍讲院弼善、兼司书、兼文学、弘文馆副校理、应教、修撰、刑曹参议、谷山府使等职。
其时金钟秀标榜清论，自居清流，与
金龟柱等形成“南党”，攻击
洪凤汉为首的“北党”，是所谓“攻洪十八学士”之一（一说十三学士）。洪凤汉虽然在其不断攻击下失势，但洪家将
和缓翁主和
郑厚谦母子拉过来，使洪凤汉性命无虞。乾隆三十七年（1772年，英祖四十八年）三月，吏曹判书郑存谦呈上成均馆大司成一职的拟望（候选名单），所拟“三望”赵晸、金钟秀、徐命天均系老论，本来英祖令依例圈用首望（即金钟秀），但郑厚谦通过和缓翁主告诉英祖“三望”都是老论。英祖一生致力于荡平政策，要求所有官职的拟望都必须由不同党色，听到和缓翁主的话后勃然大怒，不仅马上罢免金钟秀，还称领议政金致仁为其窝主，他们结党营私，形成了所谓“清党”“名党”的势力，要从重惩处，于是金钟秀被流放到全罗道金甲岛。翌年获得释放，又过一年叙用，但其时
洪麟汉主导的“北党”当权，金钟秀并未授予官职。
乾隆四十年（1775年，英祖五十二年）十一月，世孙
李祘突破洪麟汉、郑厚谦等的阻挠，代理听政，有意起用“南党”，包括曾经做过东宫宫官的金钟秀。翌年正月，工曹参判拟望，金钟秀虽居末望，但李祘特地落点于他，金钟秀辞谢。不久英祖去世，李祘继位，是为正祖，金钟秀开始获得重用，于乾隆四十一年（1776年，英祖五十二年）七月拜为
承政院右副承旨。其时正祖在金钟秀面前夸赞
洪国荣的保护之功，希望二人联手合作。此后金钟秀就被洪国荣倚为心腹，金钟秀甚至还拜比他小二十岁的洪国荣为义父，为他出谋划策，并参与编纂阐明正祖即位合法性的《
明义录》。金钟秀公开扬言谁反对洪国荣谁就是逆贼。据惠庆宫洪氏所说，洪麟汉之死就是金钟秀在背后教唆洪国荣促成，故“若论罪辜之十分，国荣则三四分，钟秀则六七分也”“国荣则皮肉也，钟秀则骨子也”，并将金钟秀比喻为“九尾狐”。
此后，金钟秀历任弘文馆副提学、右承旨、工曹参判、江华留守等职。乾隆四十二年（1777年，朝鲜正祖元年）任京畿道观察使、兵曹判书、吏曹判书，翌年任右参赞、平安道观察使。乾隆四十四年（1779年，正祖三年）冬回朝，任兵曹判书。后任礼曹和吏曹判书。其时李祘准备拣择嫔御以广储嗣，有意除掉洪国荣，便通过徐有防找到曾被洪国荣收为养子的金钟秀，授意他上疏揭发洪国荣曾有妨碍择嫔之言行，于是金钟秀背叛了洪国荣，于乾隆四十五年（1780年，正祖四年）二月二十六日呈上了弹劾洪国荣的袖札，洪国荣遂被流放。据说金钟秀弹劾洪国荣前一天，还到汉城郊外的洪国荣住所，与之终日游宴，翌日洪国荣待罪
义禁府后让人传话质问金钟秀，表达对他背叛的不满。
洪国荣倒台后，以前洪国荣的亲信金钟秀和
徐命善填补其空白。当时正祖想给生父思悼世子翻案，于是提倡“义理变通”，即逐渐调整英祖定下的“壬午义理”，以便将来最终翻案并追封为王。徐命善为首的一派人积极顺应正祖的“义理变通”，而金钟秀为首的一派人则反对“义理变通”，强调“义理堤防”，由此形成了
时派和
僻派，金钟秀就是僻派的领袖。其时正祖创建奎章阁，欲培养追随自己的势力，乾隆四十七年（1782年，正祖六年）工曹参议李泽征上疏批判奎章阁的种种弊端，金钟秀称赞为“名疏”，而正祖则严惩李泽征，但拒绝进一步扩大化，不再追究被怀疑为李泽征幕后主使的金钟秀。乾隆四十九年（1784年，正祖八年），僻派金夏材呈上攻击正祖的“凶书”，作为逆贼被凌迟处死。正祖希望金钟秀能声讨金夏材，但金钟秀对此反应消极，以致一度遭到削黜官职的处分。翌年二月，金钟秀告发了金夏材的侄子金斗恭及李瑮等人的谋反，被任命为判义禁府事，审理此狱，重获正祖信任。
宜嫔成氏死后，金钟秀又弹劾时派赵时伟（
和嫔尹氏的亲戚）曾不利于文孝世子之事，得到正祖支持，
特除为刑曹判书。后兼任训、禁、御三营大将及总戎使、左右捕盗大将，掌握兵权。乾隆五十四年（1789年，正祖十三年）九月拜相，授议政府右议政。翌年八月丁母忧，乾隆五十七年（1792年，正祖十六年）十月起复为判中枢府事。
在此期间，南人
蔡济恭作为时派的新领袖而崛起。乾隆五十八年（1793年，正祖十七年）五月二十五日，蔡济恭被任命为领议政，金钟秀为左议政。三天后，蔡济恭上疏为思悼世子伸冤，金钟秀遂弹劾蔡济恭忤逆英祖定下的“壬午义理”。正祖将两人都免职，改任判中枢府事。八月，正祖公开了英祖曾写下的后悔处死思悼世子的“金滕之词”，证明蔡济恭的清白，金钟秀也承认“两朝德美”（即英祖和思悼世子都是好的），并请求查看蔡济恭上疏原本。但金钟秀为了避免给外界留下“乞降于蔡济恭”的印象，所以在九月十二日继续上袖札弹劾蔡济恭不忠。在正祖责备后，金钟秀表示不敢再“固守愚见”，正祖要求他立下文字保证，被金钟秀拒绝，正祖亦不强求。
乾隆五十九年（1794年，正祖十八年）正月二十日，领议政洪乐性、领中枢府事蔡济恭等率群臣在王宫庭院请求惠庆宫劝正祖不要参拜景慕宫（思悼世子祠堂），以免其过度悲痛，并提到正祖曾在参拜显隆园（思悼世子墓）过程中悲痛到需要大臣“亲负”的地步。正月二十四日，金钟秀上疏批评群臣向惠庆宫庭请之举“多少做错”，又指责提到大臣“亲负”实属“诈饰罔上”。正祖对金钟秀固执于党争非常失望，引导群臣弹劾金钟秀。正月二十九日，金钟秀就被削夺官爵，放归田里，其后更被流放到平海郡和
南海岛，直到六月才以庆祝惠庆宫六旬大寿的名义释放。十二月荡涤叙用，仍为判中枢府事，但金钟秀请求致仕，正祖批准，授“奉朝贺”称号。此后金钟秀退出政界，隐居京畿道抱川，至嘉庆四年（1799年，正祖二十三年）正月初七日去世。
正祖表面上对金钟秀十分尊重，赐谥号“文忠”，但私下对时派
金祖淳吐露过对金钟秀的不满，称金钟秀是“其中（僻派）之黠者”，称他和他的同党“皆挟龟柱以某年（壬午）义理自居，而少不如意则
诪张胥动，无所不至，既不可以尽除，则无宁以此羁縻，或为我用也”。
朝鲜纯祖继位后，金钟秀配享正祖庙庭。但到金祖淳上台后，又于嘉庆十二年（1807年，朝鲜纯祖七年）黜享金钟秀并追夺官爵。同治五年（1866年，
朝鲜高宗三年）恢复官爵，重新配享正祖。