上海交通大学体育系成立于1986年，为交大直属系之一。经过多年的建设，已经形成了拳操、小球、田径、大球等四个教研室，1998年建立了交大体育科研所（含图书资料室），2002年成立了“上海交大学生体质健康检测中心”和 “上海交通大学国际乒乓球交流中心”。

上海交通大学建校一百多年以来，始终重视体育教育，源远流长，薪火传承。进入21世纪，围绕建设世界一流大学的历史性目标，借鉴国内外一流大学的行进理念，坚持“健康第一”和“终身体育”的教育思想，体育课程改革创新取得丰硕成果，得到了教育部和上海市教委的高度评价，发挥了体育在人才培养中的特殊功能。

2001年获国家优秀教学成果奖，2002年获国家优秀教材奖，2004年“大学体育”被评为国家精品课程，2008年获国家级教学团队，先后3次荣获“全国群众体育先进集体”。连续5次蝉联全国高校体育“十佳校长杯”，在2006年全国学校体育工作会议上大会介绍经验，并以教育部文件专题把交大经验呈送中央政治局。体育系主任孙麒麟教授2004年被评为宝钢基金“全国优秀教师特等奖”，2006年被评为全国教学名师。2009年入选国家社科基金评委。

交大先后建立了“体育科研所”、“大学生体质健康测试中心”、“乒乓球国际交流中心”、“国家体育总局体育文化研究基地”和“大学生体育总会”，设置了“体育教育训练学”和“体育专业”硕士点，在课堂教学、群众体育、竞技运动、科学研究等方面取得全面发展，形成了“课内与课外、校内与校外、普及与提高、科研与教学训练相结合”的四个举措，形成以“课程为核心，群体为基础，竞技为亮点，科研为动力”的建设与发展新体系。

2000年被批准为硕士学位授予点，开始招收体育教育训练学专业的硕士研究生。据官网发布的信息显示，体育系有教师82名，其中教授5名，副教授33名，博士生导师2名，硕士生导师8名；具有博士学位3名，硕士学位22名，在读硕士研究生5名；在职党员38名；具有国际级裁判员3名，国家级裁判员6名；有10余人分别在国际和全国性的学术团体中担任领导职务。

体育系在教学、科研、运动竞赛、群体等方面取得一系列成果，共发表学术论文200多篇，承担国家级课题6项，出版教材和专著20余本。2001年荣获国家级优秀教学成果二等奖和上海市优秀教学成果一等奖；2004年“大学体育”课程获得国家级精品课程。

1998年以来，上海交通大学获得省市级金牌272枚，世界级金牌24枚；先后荣获中华人民共和国第四届、第五届、第六届、第七届、第八届大学生运动会最高荣誉奖“十佳校长杯”。第七届全国大运会荣获团体总分与金牌数全国第一；第八届全国大运会获团体总分全国第二。

上海交通大学体育课程传承了交大“强国强身、崇尚文化、注重体育、健康向上”的体育思想，锐意改革与创新，“大学体育”2004年被评为国家精品课程，2008年被评为国家级优秀教学团队。

课程坚持“健康第一”的教学思想，确立“学生为本”的教学理念，构建以终身体育意识和技能为内容、以学生身心健康为目标的新型教学体系，积极探索课内外相结合、教学群体竞赛科研一体化、学校与社会相融合的新型教学模式。体育教学贯穿于本科生、研究生、留学生教育的全过程，实施学生网上自主选课、选师、选时，融入完全学分制体系。

积极挖掘和开发校内、社会、自然的体育资源，形成了必修课、通选课、指定选修课、新生研讨课等多元结构和民族传统、现代竞技、时尚流行等多种类型的课程体系。课程项目由14项增加到34项，以满足学生自主选课的需求。同时，开发利用社会资源和自然资源，先后开设了“野外素质拓展技能与技巧”课程和“射击”课程，其中“野外素质拓展技能与技巧”课程2006年评为上海市精品课程。

不断探索课内外一体化运作模式，充分利用校园学生各类体育竞赛资源，开设各种项目的裁判员培训班，体现理论与实践结合的实际效果；利用校运动会大型团体操机会，把编排、排练过程与课内教学、考核紧密结合，使之成为拳操类课程专项教学过程，取得良好效果。

上海交通大学历来重视体育科研，是全国普通高校中最早建立体育科研所与设置体育硕士点单位之一。业已初步形成学历、年龄、职称和专业结构合理的、在国内普通高校体育学科领域具有一定影响的科研学术队伍。

构建科研平台，积极承担国家科研任务，承担国家社科基金项目3项，全国教育科学规划课题5项，国家体育总局课题2项，上海市社科基金项目2项，上海市体育局课题6项；连续四届获上海高校体育科研先进集体。

加大教材建设力度，主编或参编各类教材三十余本，其中《体育与健康》获2003年国家优秀教材二等奖，全国普通高等院校体育教材《实践教程》获2004年上海市优秀教材二等奖、上海交通大学一等奖，《乒乓球、网球、羽毛球》获2005年上海交通大学优秀教材特等奖，《全国普通高等院校体育示范性系列教材》（14本一套）获国家十一五规划教材。《全国普通高等院校体育示范性系列教材——乒乓球》获2008年度普通高等教育精品教材。

学术刊物上发表论文210篇，参加奥运会科学大会7人次、世界体育科学大会3人次、亚运会科学大会10人次，在第6-8连续三届全国大学生运动会科报会上分别入选9篇、16篇、13篇论文，在全国普通高校名列前茅。03、04、05年分别成功举办东亚体育科学论文报告会、第七届全国大运会科学论文报告会、第48届国际乒联科学大会。

上海交通大学是教育部确立试办高水平运动队的首批单位之一，篮球、乒乓球、游泳、田径、网球、赛艇、健美操队为高水平运动队。拥有一批优秀的教练员、裁判员和运动员队伍，运动健将30多名。遵循学校教育和体育规律，在坚持“一条龙”办队的基础上积极尝试“校体”、“校企”办队的多种模式，加强三个管理—学习、训练、生活管理，实现两个目标---冲出亚洲，走向世界。通过努力，交大运动竞赛呈现了良好的发展势头，积累了丰富的实践经验，取得了辉煌的运动成绩，确立了全国领先地位。

上海交通大学体育健儿在国际、国内重大体育赛事中，争金夺银，硕果累累，先后荣获中华人民共和国第四届、第五届、第六届、第七届、第八届大学生运动会最高荣誉奖“十佳校长杯”。第七届全国大运会荣获团体总分与金牌数全国第一；第八届全国大运会获团体总分全国第二。

上海交通大学拥有徐家汇校区体育馆；闵行校区光明体育场和南区体育馆，含有田径场，网球场、游泳池、乒乓房、健美房、足球、篮球、排球等体育场馆。总面积达136537平方米。2008年在闵行交大建成大型现代化的综合性体育馆。