中国科学院南京地理与湖泊研究所位于江苏省南京市玄武区玄武湖畔，前身系1940年8月成立的中国地理研究所，1988年1月改名为中国科学院南京地理与湖泊研究所并沿用至今，是中国唯一以湖泊-流域系统为主要研究对象的中国地理研究所。

1937年，国民党国立中央研究院开始筹建地理研究所，并聘请李四光先生为国立中央研究院地理研究所筹备处主任，后因战乱及经费问题未果。

1940年8月，由中英庚款董事会会长朱家骅提议创建中国地理所，所址设在四川重庆北碚，黄国璋任所长，所内设：自然地理组、人生地理组、大地测量组、海学组，全所职工40余人。

1947年，中国地理研究所改隶属国民党教育部，所长由林超接任，同时研究所由四川重庆北碚迁至南京。

1949年，南京解放由南京市军管会文教部接管，当时所内职工仅剩9人。

1950年，移交中国科学院并成立中国科学院地理研究所筹备处，由竺可桢、黄秉维任筹备处正副主任。

1953年，中国科学院地理研究所正式成立，由黄秉维任所长。所内设地理组、大地测量组、地图组。

1957年，大地测量组独立成立测量制图研究室，1958年迁往武汉组建中国科学院武汉测量制图研究所。

1958年，国务院决定地理所迁往北京，南京留下部分同志组建南京地理研究所，当时留下的同志主要搞湖泊学，因此成立了湖泊研究室和地理室，由施成熙教授兼湖泊室主任，由任美锷任所长，周立三任副所长。

1970年7月，中科院研究所体制调整时将该所下放江苏省、归原省科技局领导，改名为“江苏省地理研究所”。

1979年6月，经科学院研究拟同意中科院与省双重领导，以中科院为主更名为“中国科学院南京地理研究所”。

1980年元月1日，该所正式重归院建制。

1988年，该所改名为中国科学院南京地理与湖泊研究所沿用至今。

截至2014年底，中国科学院南京地理与湖泊研究所共有在职职工243人。其中科技人员209人、科技支撑人员24人，包括研究员及正高级工程技术人员43人、副研究员及高级工程技术人员73人，博士生导师34名，硕士生导师37名；全所进入创新岗位233人。共有中国科学院“百人计划”入选者9人；国家杰出青年科学基金获得者4人（新增1人）。

中国科学院“百人计划”入选者：贺斌、江和龙、孔繁翔、刘元波、罗潋葱、秦伯强、沈吉、于革、张奇

国家杰出青年科学基金获得者：秦伯强、沈吉、吴庆龙、张运林

截至2014年底，中国科学院南京地理与湖泊研究所拥有30万元以上的大型仪器设备100余台/套，包括建立的一个所级公共技术分析测试中心，该中心经中国合格评定国家认可委员会（CNAS）及中国计量认证CMA资质认可，依据质量体系ISO17025的标准要求运行的综合性检验检测机构。

中国科学院南京地理与湖泊研究所所级公共技术分析测试中心主要从事水、土壤沉积物、植物样品的检测分析，包括放射性、有机、无机、物理性质等各方面。

据2016年1月研究所图书馆官网显示，中国科学院南京地理与湖泊研究所馆藏图书约11万多册，其中中西文图书4万多册，主要包括自然地理学、区域地理学、湖泊科学、全球变化、环境科学等各个方面；方志古籍4262种，共44300册（其中含各省的山志、水志、名胜志等各类专志），主要以明、清两朝为主，其中善本书有近百种以上，孤本书有十几种；期刊合订本1万多册；各种地形图63000多幅；航卫片77000多张；还订有中文期刊180种，外文原版期刊34种。

截至2014年底，中国科学院南京地理与湖泊研究所设有一个国家重点实验室、一个中国科学院重点实验室、湖泊生态与环境工程研究中心、区域发展与规划研究中心和湖泊野外观测与数据中心（含太湖湖泊生态系统国家野外观测研究站、鄱阳湖湖泊湿地观测研究站、抚仙湖高原深水湖泊研究站和湖泊-流域数据集成与模拟中心）。

国家重点实验室：湖泊与环境国家重点实验室

中国科学院重点实验室：中国科学院流域地理学重点实验室

2010年，该研究所共有在研项目140项（包括新增项目37项）。其中，主持国家重点基础研究发展计划（973）项目1项、承担课题10项（新增4项），主持中国高技术研究发展计划（863）项目1项，主持国家基础工作专项1项；国家水污染治理专项项目1项，课题4项；主持国家自然科学基金项目87项（新增24项），其中杰出青年基金2项，重点项目4项（新增2项）、面上项目50项（新增14项），青年科学基金项目31项（新增8项）；承担知识创新工程重大项目2项、重要方向项目15项（新增4项），承担国际合作项目10项（新增5项），承担重大仪器研制项目1项；承担院地合作项目1项（新增1项）。共发表论文356篇，其中SCI论文116篇、CSCD论文240篇；申请发明专利16项，获得授权专利19项，登记软件著作权12项。

2011年，该研究所共有在研项目155项（包括新增项目45项）。其中，主持国家重点基础研究发展计划（973）项目3项（新增2项）、承担课题9项（新增3项），主持国家基础工作专项重点项目1项；国家水污染治理专项项目1项，课题4项；主持国家自然科学基金项目103项（新增34项），其中杰出青年基金1项，重点项目6项（新增2项，含联合基金1项）、面上项目50项（新增15项），青年科学基金项目46项（新增17项）；承担中科院知识创新工程重大项目1项，重大项目课题3项、重要方向项目12项，承担国际合作项目11项（新增8项），承担重大仪器研制项目1项；承担院地合作项目1项。共发表论文315篇，其中SCI论文131篇（含一区和二区论文27篇），EI文章32篇，出版专著11部；申请专利36项，获得授权专利18项，其中申请和授权发明专利32项。

2012年，该研究所共有在研项目172项（包括新增项目97项）。其中，主持国家重点基础研究发展计划（973）项目2项、承担课题6项，主持国家水污染治理专项项目1项，课题3项；主持国家自然科学基金项目121项（新增38项），其中杰出青年基金2项（新增1项），重点项目6项（新增2项，含联合基金1项）、面上项目61项（新增23项），青年科学基金项目51项（新增12项）；承担中科院重要方向项目12项，承担国际合作项目6项（新增1项）；承担院地合作项目3项（新增2项）。共发表论文318篇，其中SCI论文160篇，含一区和二区高影响因子论文37篇。申请和获得授权专利52件，其中发明专利34件；新登记软件著作权9件。

2013年，该所共有在研项目398项（包括新增项目130项）。其中，承担国家重大科技专项课题4项（新增1项），主持国家重点基础研究发展计划（973）和国家重大科学研究计划项目2项、承担课题5项，主持国家高技术研究发展计划（863）项目1项（新增1项）；承担国家自然科学基金重点项目4项、面上项目52项（新增20项）、国家杰出青年科学基金项目1项（新增1项）；主持院重点部署项目1项（新增1项）；承担重点国际合作项目9项（新增3项）；承担院地合作项目3项。共发表论文330篇，其中，SCI论文185篇；TOPSCI论文27篇，出版专著5部；申请和授权专利75项，软件著作权9项。“太湖水环境的演化过程与驱动机制”获得江苏省科技进步二等奖。“湖泊底泥污染控制理论技术与应用”参与获得国家科技进步二等奖。

2014年，该研究所共有在研项目251项（包括新增项目67项）。其中，承担国家重大科技专项课题4项，主持国家重点基础研究发展计划（973）和国家重大科学研究计划项目2项、承担课题5项，主持国家科技基础性工作专项1项（新增1项）；承担国家自然科学基金重点项目6（新增3项）、面上项目57项（新增14项）、国家杰出青年科学基金项目2项；主持院重点部署项目1项；承担重点国际合作项目6项。发表论文324篇，其中，SCI论文113篇；TOPSCI论文51篇，出版专著4部；申请和授权专利90项，其中发明专利55件，软件著作权16项。

《湖泊科学》创刊于1989年，由中国科学院南京地理与湖泊研究所和中国海洋湖沼学会联合主办，主要报道湖泊（含水库）及其流域在人与自然相互作用下资源、生态、环境变化的最新研究成果，刊载与湖泊科学有关的各学科（如物理学、化学、生物学、生态学、地质学、地理学等）以及湖泊工程、流域综合管理的理论性或应用性研究论文、简报和综述。

《湖泊科学》 2006起改为双月刊，每 1、3、5、7、9、11月6日由科学出版社出版

《湖泊科学》已经被中国所有数据库（机构）列为核心期刊，并被数10家国际专业数据库收录。

根据中国科学技术信息研究所2015年9月公布的2014年度中国科技期刊引证报告（核心版），《湖泊科学》综合评价总分排名水文学、海洋科学类第一；其中，影响因子为0.937（水文学、海洋科学类第一），总被引频次达2034 次（水文学、海洋科学类第一）；如果按照中国科技期刊引证报告（扩刊版）的统计数据，《湖泊科学》2014年的影响因子和总被引频次分别为1.191 和2714 次 。

中国科学院南京地理与湖泊研究所是1981年国务院学位委员会批准的自然地理学硕士学位授予权单位之一。截至2014年底，该所设有1个一级学科博士后流动站，2个专业一级学科博士研究生培养点，4个专业二级学科博士研究生培养点，2个专业一级学科硕士研究生培养点，4个专业二级学科硕士研究生培养点以及一个全日制专业硕士学位培养点。

博士后流动站：地理学

一级学科博士研究生培养点：地理学、环境科学与工程

一级学科硕士研究生培养点：地理学、环境科学与工程

二级学科博士研究生培养点：自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、环境科学

二级学科硕士研究生培养点：自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、环境科学

专业硕士研究生学位培养点：工程硕士（环境工程、建筑与土木工程领域）

自1982年到2013年10月，中国科学院南京地理与湖泊研究所累计培养研究生近600余名（其中培养博士300多名）。

截至2014年底，中国科学院南京地理与湖泊研究所共有在学研究生182人（其中硕士生73人、博士生109人）、在站博士后16人。

2013年，该所研究生孙小祥、戴雪获“中国自然资源学会2013年学术年会青年优秀论文奖” 。

2014年，该所胡竹君博士获2014年度中国科学院优秀博士论文奖；该所2011级博士研究生朱梦圆同学、2012级博士生马明明同学获得2014年度中国科学院院长优秀奖学金。

2015年，该所2013级博士研究生刘笑菡同学获得2015年度中国科学院院长优秀奖学金；该所2013届博士曹艳敏荣获江苏省2014年度优秀博士论文奖；该所2012级博士研究生马明明同学、2013级博士研究生高金龙同学等二人荣获2015年度中国科学院“朱李月华优秀博士生”奖；该所赵雁捷硕士获国际湖沼学会PEG2015会议“优秀报告奖”。

中国科学院南京地理与湖泊研究所所徽中间的一串大写英文“NIGLAS”表示该所的英文简称，下方数字“1940”表示该研究所的建立时间；内圆中的上、下半圆中图形表示该所的主要研究对象“湖泊-流域系统”。

团结、奉献、务实、创新

所长：张甘霖

党委书记、副所长：谷孝鸿

副所长：段学军、张运林

纪委书记：　赵也明