中山大学生物工程研究中心成立于1986年11月，她是在国家教委和
广东省人民政府的大力支持和帮助下于国内高校成立的第一个生物工程研究中心（下称“中心”），当时设有植物基因工程、微生物基因工程、昆虫生物工程和石油化工生物工程研究室。1989年10月，“植物基因工程研究室”获
世界银行贷款建成“植物基因工程国家专业实验室”；2000年8月，在“中心”和“植物基因工程国家专业实验室”的基础上，由国家教育部批准成立“
基因工程教育部重点实验室”。现主任为屈良鹄教授，副主任陈月琴教授。
“中心”以应用基础研究为主，立足华南地区以及全国重大社会需求，瞄准国际学科前沿，针对我国尤其是华南地区的重要农作物、经济作物育种、基因资源与人类重大疾病等，开展基因工程和分子医学等的基础应用技术研究。在基础研究方面定位于
非编码RNA结构、功能与基因资源，分子医学的研究；在应用基础研究方面主要围绕植物基因工程，微生物基因工程，分子药物设计等的关键理论和技术，为我国农业、生物基因工程可持续发展、食品安全和人类健康服务。
近5年，“中心”紧密围绕RNA科学与技术、作物基因资源与选育、分子医学及医药基因工程、微生物药物基因工程等研究方向承担科研项目140多项，其中科技部“973”等国家重点、重大项目6项，“863”计划项目4项，国家杰出青年基金项目1项，
国家自然科学基金重点项目4项，国家自然科学基金面上项目36项。取得了一系列创新性研究成果：发表论文250多篇，其中在《Science》、《Nature Medicine》、《Systematic Biology》、《PNAS》和《Hepatology》等国际著名刊物上发表SCI论文190篇，出版专著2部，参编3部。获专利24项。“新的snoRNA结构与功能研究”获2007年
国家自然科学奖二等奖，“黑色食品作物种质资源研究与新品种选育及产业化利用”获2008年国家科技进步奖二等奖（为第二单位）。此外，还获得广东省科学技术奖一等奖2项。
“中心”现有固定科研人员23人，其中国家杰出青年基金获得者2人，教授8人，副教授 8人，45岁以下人员占65%。“中心”先后组建了“RNA科学与技术”和“肿瘤分子生物学”两个特聘教授研究团队。科研队伍中既有从事生物化学与分子生物学、遗传学、细胞生物学、微生物学的专家，又有从事农学和医学等方面的专家，是一支充满朝气与活力的高层次科研队伍。
“中心”是生命科学学院
有害生物控制与资源利用国家重点实验室和生物化学与分子生物学国家重点学科的主要支撑基地之一。承担遗传学、生物化学与分子生物学学科的本科生和研究生的教学和人才培养任务。开设遗传学、分子生物学等主要课程。已培养硕士生、博士生和博士后300多人。
“中心”一直遵循“开放，交流、合作、发展”的原则，采取请进来和走出去相结合，与国内外同行进行广泛而有效的交流与合作。已与法国、美国、英国、德国、韩国、日本等国家，以及中国香港地区、中国台湾地区等地区的著名大学、科研机构建立了实质性的研究合作和人才培养关系。近5年来，共举办全国学术会议2次，参加国际学术会议60多人次，并多次邀请作主题报告和分组报告。已邀请或接待来访国外学者130多人次。与国外学者合作开展研究的论文“The Chlamydomonas Genome Reveals the Evolution of Key Animal and Plant Functions”“和The Neurospora Checkpoint Kinase 2: A Regulatory Link Between the Circadian and Cell Cycles”已发表在著名的Science杂志上。
“中心”现有实验室2000多平方米，温室、网室200多平方米。拥有全自动
DNA测序仪、激光扫描成像系统、全自动倒置荧光显微镜、基因芯片杂交系统、荧光定量PCR仪、实时定量核酸扩增仪、
高速冷冻离心机、电融合系统、植物生长箱、
生化分析仪、半自动测序仪、小型高压细胞破碎仪、
冷冻干燥器等仪器设备1300多件（套），总值3000多万元。另有生命科学学院可共享使用的公用设备120多件（套），价值5000多万元。“中心”实验室实行统一管理，专管公用，为高水平的研究工作提供了强有力的保障。
今后“中心”将在原有的基础上，充分利用中山大学学科齐全、人才集中、基础理论研究力量雄厚、设备精良、比邻港澳，以及地处热带、亚热带生物资源丰富的优势，继续加强“RNA科学与技术”和“肿瘤分子生物学”两个特聘教授研究团队的建设；进一步推进以农作物水稻和热带、亚热带植物为主的重要农艺性状基因的克隆、表达调控和功能分析，以及抗病虫、抗逆转基因植物的基因工程研究；加大力度推动微生物和药物基因工程产业化研究进程。力争把本“中心”建设成为国际知名、高水平的生物工程研究与人才培养的重要基地。