太元十三年（388年）六月，乞伏益州的兄长西秦宣烈王
乞伏国仁去世，乞伏益州的另一位兄长西秦武元王
乞伏乾归继位。七月，乞伏乾归任命乞伏益州为秦州牧。
太元十九年（394年）六月，
前秦因遭
后秦攻打，前秦皇帝
苻登将他的儿子汝阴王
苻宗送往西秦作为人质，请求西秦出兵援救，并且加封乞伏乾归为梁王，将其妹东平公主嫁于乞伏乾归为梁王后。乞伏乾归派遣前军将军乞伏益州等人统领一万骑兵前去解救苻登。七月，苻登带领兵马迎接乞伏乾归的部队。后秦皇帝
姚兴从安定直扑泾阳，与苻登在马毛山南面激战。姚兴生擒苻登，并把他杀死。姚兴把苻登的部众全部解散，让他们回到家里去从事农事耕作，又把阴密的三万户居民迁到长安，把苻登的妻子
李皇后赏赐给
姚晃。乞伏益州等人得知此消息，就带领部队返回。
太元十九年（394年）十月，前秦新继位的皇帝
苻崇被乞伏乾归驱逐，去投奔陇西王
杨定。杨定留下司马邵强把守秦州，亲自统领步兵、骑兵四万（《
资治通鉴》作二万）和苻崇一起进攻乞伏乾归。乞伏乾归派乞伏益州与凉州牧乞伏轲弹、立义将军
越质诘归统领骑兵三万以抵抗。乞伏益州与杨定展开激战，在平川一带被杨定打得大败。乞伏轲弹和越质诘归带着部队向后撤退。乞伏轲弹的司马翟瑥气愤地谴责他是西秦宗室，担任统帅重任，本该竭尽全力辅佐国家，现在见乞伏益州战败便想退逃，还有何颜面去见乞伏乾归。乞伏轲弹感到惭愧便向
翟瑥道歉，于是率领骑兵挺进，与杨定军作战。乞伏益州与越质诘归也率领部队，紧紧跟上，果然把杨定的兵马打得大败，杀死杨定和苻崇，斩杀他们的部众一万七千多人。西秦于是全部占有陇西、巴西一带。
杨定死时，天水人姜乳袭击并且占领
上邽。太元二十年（395年）四月，乞伏乾归派遣乞伏益州率领骑兵六千前去讨伐姜乳。左仆射边芮、民部尚书王松寿对乞伏乾归说，乞伏益州凭借是乞伏乾归弟弟的身份，屡次立有战功，习惯于打胜仗，经常骄傲。不可以单独交给他任务，否则必定遭到惨败。乞伏乾归说乞伏益州骁勇善战，善于统领军队，众将都不如他，如果担心他独断专行，就任用得力的将领辅助他，就不会有什么忧虑。于是，任命
平北将军韦虔为长史，
散骑常侍（《资治通鉴》写作左禁将军）务和为司马。军队到了大寒岭，乞伏益州仗着军队强大而傲慢自大，不布队列阵，命令将士们解下甲衣出游打猎，纵酒狂欢，并且下令说有胆敢谈论军事的斩首。韦虔等人进谏乞伏益州说，他是因乞伏乾归弟弟缘故，才把讨伐姜乳的重任交给他，希望乞伏益州能够消灭姜乳等人，以不辜负乞伏乾归的重托。现在姜乳军已经逼近，为何要解甲畅饮，他们都替乞伏益州感到危险。乞伏益州说姜乳带着的是一群乌合之众，听到我率军前来，理应逃得远远的。如果现在和我决战，只能成为俘虏。我自然有办法揣量，你们不值得忧虑。果然姜乳趁机带兵迎头痛击，把乞伏益州部队打得大败。乞伏乾归很后悔没有听从边芮和王松寿的劝告，于是全部赦免跟随乞伏益州讨伐姜乳的士兵。
隆安二年（398年）正月，乞伏乾归派乞伏益州进攻
后凉的支阳、鹯武、允吾三座城池，并且全部攻克，俘虏一万多人而回。九月，乞伏乾归又派乞伏益州与武卫将军慕容允（《资治通鉴》作慕兀）、冠军将军翟瑁率领骑兵二万人前去讨伐
吐谷浑君主
视罴。十月，乞伏益州等与视罴在度周川交战，视罴大败，逃往白兰山据守，视罴把儿子宕岂送到西秦作人质，向西秦谢罪并请求和解。乞优乾归把宗族女子嫁给宕岂。
边芮、
王松寿：“益州以懿弟之亲，屡有战功，狃于累胜，常有骄色。”