万历十七年，神宗下诏同时册封
三王。于孔兼与
员外郎陈泰来联名上疏，神宗并未理会。于孔兼又谏，终于被采纳。
万历二十一年考功郎中
赵南星主持
京察，将要害部门安插的私人几乎贬斥殆尽．而自己即遭削职。于孔兼上疏申救，神宗皇帝原恨他以前多言，将其贬为安吉判官。
顾宪成罢官回无锡后，修复
东林书院，于孔兼也常去讲学。
于孔兼曾在家乡金坛居住20年，著书不辍。在县城西郊筑室，其堂曰”志矩”，称其亭曰”
八卦”，他曾讲学其中。可惜其堂亭早已无存。
天启年中，朝廷起用废籍诸臣。此时，于孔兼已经去世多年。上
赠封其
光禄寺少卿，并谕祭其墓。
于孔兼，字元时，
金坛人。
万历八年进士。授九江推官。入为
礼部主事，再迁仪制郎中。疏论
都御史吴时来晚节不终，不当谥忠恪，因请谥
杨爵、
陈瓒、
孟秋。乃夺时来谥，而谥爵忠介。大学士
王家屏以争
册立求去。
孔兼上言：“陛下徇内嬖之情，而摇主鬯之器。不纳
辅臣之言，反重谏官之罚。且移怒
吏部，削籍三人。夫万国钦获罪
申时行，
饶伸获罪
王锡爵，非获罪于陛下也。辅臣于数千里外，能
遥制朝权若此，
毋乃陛下以此示恩，欲其复来共成他图耶！自陛下有近日之举，而善类寒心，
邪臣鼓掌。将来逢君必巧，豫教无期，
申生、
杨广再见于今，此宗庙之不利，非直臣等忧也。”帝得疏，怒甚。已，竟留中。
明年正月，有诏并封三王。
孔兼与
员外郎陈泰来合疏争曰：“
立嫡之训，自古有之。然历考祖宗以来，未有虚东宫之位以候嫡子者。昔陛下正位东宫，年甫六岁，
仁圣皇太后方在盛年，先皇帝曾不少待，陛下岂不省记乎？地逼则嫌生，礼殊则分定。愿收还新谕，建储、封
王一时并举，宗社幸甚。”未报。孔兼又言：“陛下坚持待嫡之说，既疑群臣谤讪，又谓朝纲倒持，遂欲坐谏者以无礼于君之罪。夫谓元子当立不容缓者，君子也。此有礼于君者，王如坚诸人是也。谓并封可行逢上意者，小人也。此无礼于君者，许梦熊一人是也。今欲以无礼之罪，而加之有礼于其君者，何以服人心，昭国法？臣又惟巫蛊之谤启于尧母；承乾之诛成于偏爱。自古乱臣，未有不窥人君之隙而逢迎以遂其奸者。始锡爵之两谕并拟，其负国误君大矣。既不能转移君心决计于初，乃以杜门求去为计。夫前无失策，一去可以成名。失而后争，争而不得，虽去不足塞责矣。人谓锡爵言无不尽，特苦陛下听断之不行。臣则云陛下悔心已萌，特忧锡爵感孚之未至。若姑云徐徐，坐视君父之过举，锡爵纵不为宗社计，独不为身名计乎？”会廷臣多谏者，其事竟寝。
亡何，考功郎中
赵南星坐
京察削籍。孔兼、泰来各疏救。帝积前恨，谪孔兼安吉判官，泰来饶平典史。孔兼投牒归。家居二十年，杜门读书，矩矱整肃，乡人称之无间言。