1644年，满清入主中原，定都北京。在东北统治上采取有别于中原地区“行省制”的“军府制”，以军府建制统治东北。1762年（乾隆二十七年），清朝政府设置伊犁将军（全称“总统伊犁等处将军”），委派明瑞担任第一任伊犁将军，将军府设在伊犁河北岸的惠远城（今霍城县境内）。

1644年，满清入主中原，定都北京。东北是满族故乡，是皇朝的“肇邦之地”，在统治上采取有别于中原地区“行省制”的“军府制”，以军府建制统治东北。设有黑龙江将军，吉林将军和盛京将军。

清政府在乌鲁木齐设都统，都统与将军品级相当。在伊犁、塔城、喀什设参赞大臣。喀什参赞大臣全称“总理回疆事务参赞大臣”，其驻地曾一度从喀什迁往乌什和叶尔羌。清政府在新疆的军事指挥系统分为北路、南路、东路三部分。在北部的伊犁、塔城；在南路的叶尔羌（今莎车）、喀喇沙尔（焉耆）、和田、喀什、阿克苏、库车、英吉沙、乌什；在东路的吐鲁番、哈密、镇西（今巴里坤）、古城（今奇台）、库尔喀喇乌苏（今乌苏）等城，设立领队大臣、办事大臣或协办大臣。各级大臣负责统率各地驻防清军，监督管理各地政权。北路各级大臣受伊犁、塔城参赞大臣节制；南路各级大臣受喀什参赞大臣节制；东路各级大臣受乌鲁木齐都统节制。全疆各级大臣都受伊犁将军统辖。

清朝在外蒙古设立乌里雅苏台将军（定边左副将军）管辖喀尔喀蒙古（外蒙古）。

军府制在新疆的设立，对于巩固西北边防，抵抗沙俄侵略，稳定社会秩序，防止分裂割据，维护国家统一，发挥了重大作用。