分子生药学（Molecular pharmacognosy）是依据生药学和分子生物学的理论和方法，在分子水平上研究生药的鉴定、生产和成分的一门科学，是生药学与分子生物学交叉融合的学科。1995年由黄璐琦提出。

中药资源是中药产业和中医药事业发展的重要物质基础，具有重大利用价值和开发价值，关乎民生和社会稳定，关乎生态环境保护和新兴战略产业发展，是全球竞争中国家优势的体现，具有国家战略意义。

随着社会的发展、药材需求量不断增大，加之对合理开发利用中药资源的认识不足，使中药资源的可持续发展和利用面临巨大的压力。分子生物学和生物化学技术的不断发展，药用植物次生代谢产物生物合成途径逐渐被解析，利用生物系统整合优化在微生物体内重建药用植物次生代谢产物的生成模块，可以实现珍稀活性成分的异源高效合成，为单一成分中药以及中药提取物生产提供原料，这种生物合成途径解析以及合成生物学生产的策略在植物来源天然产物的生产中发挥了越来越重要的作用，比如著名的青蒿素、止痛的阿片类药物、紫杉醇等。“中药合成生物学已经成为分子生药学学科重点发展领域，而通过中药合成生物学策略获取药用活性成分已被国际上认为是最具潜力的资源获取方式之一，这将是中药资源可持续利用的重要途径。”

分子生药学的理论和技术已经成为解决中药领域里一些关键问题的重要工具。

自1995年“分子生药学”概念提出，已有30余所高等院校针对本科及研究生开设了分子生药学课程。从2008年新世纪全国高等中医药院校创新教材《分子生药学》出版，到2017年全国中医药行业高等教育“十三五”规划教材《分子生药学》及卫生计生委研究生规划教材《分子生药学专论》（贾景明 主编）出版，标志着分子生药学教育体系已经建成，分子生药学学科建设日渐成熟、团队建设日趋完备。

1998年，北京中医药大学率先开设了分子生药学课程。

2000年，黄璐琦主编的《分子生药学（第一版）》标志着分子生药学学科诞生，该书陆续成为复旦大学、北京大学和华西医科大学等高校的研究生教材；

2006年出版《分子生药学（第二版）》，获“2010年中华中医药学会著作奖一等奖”；

2008年，黄璐琦、肖培根共同主编的新世纪全国高等中医药院校创新教材《分子生药学》由中国中医药出版社出版；

2012 年，《分子生药学(英文版)》由Springer 出版社发行，标志分子生药学获得了国际的认可；

2015年，黄璐琦与刘昌孝院士共同主编的《分子生药学（第三版）》，该书对分子生药学成果进行了系统的梳理和总结，获“2017年中国出版政府奖”。

2016年，分子生药学20周年学术研讨会在山东召开。分子生药学是中药学领域一个极富前瞻性的分支，自1995年“分子生药学”新学科设想提出以来，已经历了20年的发展，在研究内容、技术方法、科研成果、人才队伍等方面日趋成熟，显示出巨大的活力和生命力。

经过20 多年的发展历程，分子生药学已然成为一门研究方向稳定、技术水平领先、理论思想创新、学术影响广泛、学科队伍合理的较为成熟的交叉学科。

在分子水平上研究生药的鉴定、生产和成分的一门科学，所依据的主要是生药学和分子生物学的理论和方法，是生药学的一个极富前瞻性和前景性的分支。可以说，分子生药学不仅继承传统生药学的内容和使命，更将赋予生药学新的任务和挑战。分子生药学逐渐成为中医药行业的热点。

中国中医科学院中药资源中心起草的蛇类饮片特异性PCR鉴别方法被《中国药典》2010版收载，成为首个被世界药典收载的天然药、中药分子鉴别方法。由黄璐琦、李军德主编的《中国药用动物DNA条形码研究》在2016年出版，系统梳理了分子鉴定在药用动物领域的应用。

《分子生药学（第三版）》，由黄璐琦院士、刘昌孝院士主编，2015年科学出版社发行。

2019年8月，第八届分子生药学暑期研讨会在福州召开。

2018年，全国第七届分子生药学暑期研讨会在甘肃召开。

2017年，分子生药学高等教育发展峰会暨第六届分子生药学暑期研讨会在杭州召开。

2016年，分子生药学20周年学术研讨会在山东召开。

中国中医科学院常务副院长、分子生药学创始人黄璐琦院士指出，教育是学科发展的基石，教育兴则学科兴，分子生药学的教育对于该学科的创新与发展具有举足轻重的意义。

中国中医药出版社李秀明副社长指出，分子生药学学科着眼于现代科技发展的最前沿，立足于解决中医药发展中的现实问题，具有发展的强劲动力和巨大空间。

人民卫生出版社编审张科认为，分子生药学的快速发展对于增加我国对外学术话语权，走出中医药创新之路具有重大意义。

中国知网国际出版与发行公司肖宏介绍，文献数据分析表明，以黄璐琦院士为首的专家们出版的分子生药学相关著作在国内外均产生了广泛的影响。“将分子生物学技术引入到药材的研究中来，是中药现代化发展的重大举措。”