北京大学分子医学研究所（Institute of Molecular Medicine, Peking University, IMM PKU）是985II期建设标志性的、向国际开放、多学科交叉的研究机构。建所之初，以心血管疾病研究为中心布局，集基础研究-技术转化-临床前研究为一体，体现“从分子到人” 一条龙的研究战略，并设立理学博士和医学/理学博士（
筹划中）培养计划。
机构介绍
分子医学研究所以国家需求为己任，开展相关基础和转化医学研究。研究方向包括中国人群
心血管疾病相关基因的分离及疾病基因组学、核酸技术研究、细胞信号转导、心肌再生与干细胞修复心肌损伤、血管生物学、神经与心血管相互作用、
代谢综合症、灵长类动物疾病模型及临床前研究、基因工程动物研究、新药物、细胞和基因治疗的临床前研究、心血管疾病的信号
调控网络及
系统生物学策略等。长期目标是阐明疾病的分子、细胞和整体水平的生理、病理机制，并将成果转化为预防、诊断、分类和治疗的策略，解决事关国计民生的重大生物医学课题。
分子医学所自成立以来聚集了一批海内外知名学者，建立了学术PI和CO-PI制度。肖瑞平教授于2010年3月辞去美国NIH终身高级研究员职位，2010年4月开始全职全时担任北京大学分子医学研究所所长。曾任美国NIH老年研究所心血管科学实验室钙信号研究室主任，资深研究员程和平教授全职全时担任钙信号研究室主任PI，并于2007年担任首席科学家，获得科技部973项目“心脏的重大基础和疾病机理研究”。
发展历程
* 2007年12月15日分子医学研究所召开973计划“重大心脏疾病分子机理和干预策略的基础研究”项目启动会，标志着此项目的相关科学研究正式开始实施。
* 2007年11月20日迎接国际实验动物管理评估及认证协会（
AAALAC）评估认证，并于2008年2月正式通过AAALAC评估，获得完全认证。
* 2007年7月5日至6日在北京大学举办中法心血管分子医学论坛。
* 2006年10月18日被誉为当代“生物学的爱因斯坦”James D. Watson教授访问分子医学研究所。
* 2006年10月8日召开Minisymposium on Cardiovascular Molecular Medicine（心血管分子医学会议）。
* 2006年9月分子医学研究所开始独立招生与管理。
* 2006年7月1日至2日举办“心血管疾病转化医学”专题研讨会。
* 2006年5月22日在青岛主办第六届全国钙信号和细胞功能研讨会。
* 2006年5月8日分子医学研究所成立学术委员会。
* 2006年1月启动与Rohce（罗氏制药公司）、MGH（美国麻省总医院）的关于
代谢综合征症的国际合作研究项目。
* 2005年10月17日至18日在北京大学举办“分子医学与生物技术”Nature Forum。
* 2004年3月北京大学分子医学研究所成立。
研究室介绍
分子医学研究所非人灵长类动物研究中心主要利用灵长类及其他大动物建立代谢及心血管疾病模型，并开展疾病机理研究及新药临床前研究。
研究方向：
为实现“从分子到人”的转化医学研究，北京大学分子医学研究所自建所之初就建立了非人灵长类动物研究中心，主要通过自然筛选和手术造模等手段建立以猴、狗等大动物为主的代谢及心血管并发症模型，为疾病机理研究和新药临床前评估提供最接近人类的疾病模型。
通过几年的努力，我们已经成功建立了恒河猴
代谢综合症（MS）、II型糖尿病（T2DM）、犬
急性心肌梗死和犬快速起搏
慢性心力衰竭等疾病模型，其中恒河猴代谢综合症模型为目前世界唯一一个有数年详细跟踪检测资料的模型。在此过程中，我们还首次在
非人灵长类动物中建立了血流介导血管舒张（FMD）、心动超声二维斑点追踪、冠状动脉血流储备（CFR）及心脏造影等无创评估心血管功能的方法。此外，我们也是全世界为数不多的几个能通过手术在动物心脏安置十多个血流、压力及位移探头，并在术后清醒动物中实时监测记录各种参数的单位之一。
利用
灵长类动物疾病模型，我们同时从蛋白、RNA、DNA等不同水平，深入地研究
代谢综合症及其心血管并发症的发病机制，为这些基本的治疗提供新靶点、新手段，为早期诊断治疗提供新
生物标志物。
作为新药临床前评估的最佳模型，我们的大动物疾病模型也充分发挥了作用。目前，我们已为通过合作研究对多个新药进行了临床前评估，其中部分已进入临床试验阶段。临床前研究的结果得到知名制药公司专家的充分肯定。
分子药理学研究室
分子药理研究室以离子通道为主要研究对象，力求揭示离子通道在心血管系统生理病理过程中的功能和作用，以及它们的调节机制。研究室主要的研究手段包括：膜电钳，细胞内钙成像测定技术，血管张力检测，离子扫描显微镜，基因表达及其敲除等
分子生物学技术。实验的研究对象主要为细胞系，原代及新鲜分离的细胞，离体及在体的组织和器官。分子药理研究室将及时转化研究成果，致力于筛选以离子通道为靶向，作用更专一，副作用更小的治疗心血管的药物。 目前的主要研究方向：（1）肺动脉高压的机制；（2）
妊娠高血压的机制及治疗；（3）CO做为第二信使对心血管的调节机制；（4）ENaC通道在心血管系统上的作用；（5）FXR受体对离子通道的调节机制及其在代谢性疾病中的生理和病理作用；（6）CO调节离子通道的分子基础；（7）缺氧感受机制。
钙信号研究室
钙信号转导研究室主要研究细胞ROS信号和钙信号转导的普遍规律和生理调节，以及某些病理条件下信号失调的细胞与分子机制，内容涵盖单分子、亚细胞器、细胞、整体水平钙及ROS信号动力学，在体分子成像以及生物信号系统复杂性研究。
主要研究方向：
线粒体生物医学: 以分子生物学、遗传学、生理学、生物物理学研究方法，从分子、细胞、组织、以及整体水平，（1）研究线粒体ROS信号及钙信号调控；（2）探讨线粒体形态改变（融合/分裂）机制及其病理生理意义；（3）结合基因组及蛋白质组学研究手段，筛选线粒体
钙离子通道及膜转运孔道相关蛋白，研究其对线粒体形态和功能的影响，并寻找针对
线粒体疾病治疗的可能药物靶点。
活性氧信号
系统生物学：利用生物物理学、系统生物学、分子生物学以及生理和病理学等手段，从线粒体ROS信号产生的分子机理、生理及病理情况下ROS信号调节、以及可能的抗氧化剂治疗等方面，全面系统地研究ROS信号产生和调控机制及其病理生理意义。包括：（1）超氧炫产生的分子机制及调节因子；（2）线粒体超氧炫的基础生理和病理功能；（3）超氧炫和重大疾病的关系；（4）从线粒体蛋白质组中筛选线粒体功能调节的新靶点；（5）新的活性氧探针和新的检测方法的研究开发。
干细胞与非编码核酸研究室
干细胞是指能够分化成为其它功能执行细胞的细胞。 它们的存在为人类治愈各种疾病（象癌症、神经退化性疾病和糖尿病等等）带来了希望。为了实现干细胞治愈疾病的潜能，我们必须了解调控干细胞的增殖/自我更新与定向分化的分子机理。 本实验室主要研究非编码核酸这一细胞中的暗物质在干细胞的增殖/自我更新与定向分化过程中的作用。目前我们的研究集中于
胚胎干细胞和
诱导多能干细胞。 通过这些研究，我们希望能够找到控制干细胞增殖/自我更新与定向分化的新的靶标和技术。
核酸技术研究室
核酸技术研究室以小核酸（siRNA）的应用基础研究为核心，兼及miRNA和ncRNA等核酸研究的前沿领域。研究范围涉及：（1）siRNA的应用基础研究：系统地探索影响siRNA进入细胞，以及其进入细胞后进入RISC复合体的各种因素。并利用这一知识，开展siRNA的高效靶向给药的系统研究；（2）siRNA的应用基础研究：新的类 siRNA结构和可用于siRNA修饰保护的新化学成分的研究；（3）miRNA的应用基础研究：研究miRNA的功能，特别是miRNA对靶基因的选择性（特异性）；（4）ncRNA的功能研究，尤其是其与蛋白质相互作用的研究；（5）siRNA药物的应用基础研究：HBV和癌症是对我国人群影响巨大的两大病种，我们就这两个病种开展相关的前临床动物研究并努力促成前临床研究。
人类群体遗传研究室
人类群体遗传学研究室的研究方向：
心血管疾病是威胁人类生命的第一杀手。常见的心血管疾病如高血压、冠心病、
心律失常、高脂血症等由遗传与环境因素共同作用所致。寻找和鉴定心血管疾病的易感基因以及研究易感基因和环境因素相互作用在心血管疾病发生中的作用及其机制，是心血管疾病的早期预警、干预、治疗以及新药物靶点发现的前提。研究手段主要包括：（1）用细胞遗传学的方法寻找中国人群染色体的异常和遗传病的关系；（2）通过以受累家系为基础的连锁分析或候选基因法寻找与家系相关的致病基因；（3）通过以群体为基础的关联分析寻找遗传病易感基因或染色体易感位点；（4）建立
转基因动物模型及
基因敲除小鼠模型以研究基因改变对疾病发病的影响。 此外，我们还将用
比较基因组学的方法，对在心脏发育中起主要作用的基因的启动子区进行跨种系比较，最后分离出在进化中高度保守区的
结合蛋白，绘出心脏发育中的信号通路。这些信号分子的遗传突变是
先天性心脏病的主要基础。绘制心脏发育的信号通路是了解先天性心脏病发病机制的重要手段和方法。
人类群体遗传室自2006年成立以来，已建立拥有数万份血样DNA的遗传资源库。该资源库包括高血压、冠心病、
心律失常、高脂血症、
马凡综合征、糖尿病等散发人群、高龄老人人群和家系的DNA样品及其相应的临床数据资料。
目前研究室已建立遗传分型技术平台：
ABI3130XL测序仪：用于
DNA测序和基于片段长度不同的基因分型。
Affymetrix TG高通量杂交仪：全基因组SNP扫描、全基因组表达图谱分析、CGH以及启动子分析等。
细胞生物物理研究室
细胞生物物理研究室主要研究
细胞分泌发生机理，细胞分泌和内吞的动力学，细胞离子通道、受体和动作电位，以及细胞分泌对神经、内分泌、心血管系统功能的贡献。我们使用膜片钳、细胞膜电容、电化学微碳纤电极、细胞内[Ca2+]i 荧光测量、共聚焦荧光FM成像、光裂解细胞内钙离子络合物等先进
生物物理技术，在单个细胞，新鲜组织薄片、或活体动物上进行电生理、电化学实时记录。我们擅长于改进已有的微电子、光 学、机械仪器技术和分析理论，设计新的方法（装置和理论），通过与国内外生物医学专家开展优势互补的互利合作，来发现重要生物医学问题的答案。
目前课题组 主要集中在以下四个方向：
（1）在单个细胞上研究离子通道，动作电位和量子化分泌的关系：
细胞在静息状态下，细胞膜是极化的，在受刺激的情况下细胞膜离子通道发生改变，即细胞膜的通透性发生改变，产生动作电位。我们用四个参数编码同一组动作电位，发现分泌受动作电位编码的调控。 这提供了是动作电位编码的信息的生物学基础。
在大鼠肾上腺
嗜铬细胞在胞吞/胞吐过程中分泌孔道的机制研究中，我们发现ATP可以通过两种途径来
抑制细胞的分泌：50%通过钙离子通道、50%通过分泌小孔。ATP会减少分泌小孔的开放时间，并用“kiss and run”的方式来进行胞吐。另外，我们还在
胶质细胞上研究分泌小孔与电压依赖性量子化分泌的关系。
离子通道做为产生动作电位的基础，也是我们 研究室研究的对象，其中钠离子通道（失活）、钙离子依赖的钾离子通道（BK、SK）以及HCN（pacemaker）通道是我们研究的重点。2004年我们发现HCN通道做为可以产生有节律的动作电位的离子通道，不仅允许钠离子、钾离子通过，而且可以让钙离子通过，产生的电流中有0.5%是由钙离子贡献的。
在DRG神经元胞体上的胞吞和胞吐。2002年，我们发现该神经元胞体上存在对Ca2+不敏感但对电压敏感的分泌信号（CIVDS）。2004年又发现由CIVDS诱导的快速胞吞（CIVDS-RE）。这些工作成为传统的Katz钙离子分泌假说的第一个证据确凿的反例。
（2）在大脑（或其它器官）薄片上研究“刺激－分泌－偶联”：
以上所述均以单各分离细胞为研究对象，我们知道培养的单细胞已经离开了它原来的生理环境，其生理表现也非正常。所以我们将课题引向了大脑（或其它器官）薄片，应用我们发展的新型微碳纤维电极，我们正在在蓝斑（LC）、海马、肾上腺等薄片上记录细胞电信号和化学分泌信号， 这时被记录的细胞仍然和其它细胞保持着联系。
（3）在活体动物大脑（或其它器官）上研究“刺激－分泌－偶联”：
组织薄片中的细胞虽然比培养的单细胞要“生理”，但它与活体内细胞相比，仍然存在很大的区别，去除不了“生理条件下或许不一样”这一疑问。所以，我们又进一步将课题引向了活体大脑（或其它器官）记录。应用我们发展的新型微碳纤维电极，我们正在哺乳类动物大脑的文状体和海马等细胞电信号和神经递质分泌的电化学信号。
（4）在心血管系统的细胞、组织和活体器官上研究神经“刺激－分泌－偶联”：
植物神经系统（交感、副交感）对心血管系统具有重要的调控（兴奋、抑制），这是动物（包括人）对环境作应急反应的必要环节。另一方面，心血管系统通过渗入到 中枢和
外周神经系统内的血管、血液和氧气控制神经的正常活动。应用我们发展的新型微碳纤维电极，我们正在哺乳类动物的心血管系统的细胞、组织和活体器官上 研究电或缺氧对外周神经“刺激－分泌－偶联”的细胞电信号和神经递质分泌的电化学信号。
实验病理研究中心
分子医学研究所实验病理研究中心是面向校内外全校乃至全社会的开放实验技术平台，拥有全套的实验病理设备和经验丰富的技术队伍。目前能够提供的病理实验技术有常规石蜡切片、冰冻切片、HE染色、特殊染色、免疫组化染色和免疫酶细胞化学染色，涉及的动物有大鼠、小鼠、犬、猴、斑马鱼等。
系统生物学研究室从
计算生物学角度对包括
心血管疾病、
代谢综合症等严重危害人类健康的复杂疾病进行系统研究。具体研究方向包括：（1）对复杂疾病的元分析和系统生物学研究；（2）分子演化，比较与
功能基因组学研究；（3）面向转化医学，基于深度测序技术研究基因组/转录组复杂性与疾病的关系；（4）生物信息学新算法与二次数据库开发。
细胞分泌与代谢研究室将致力于发展先进的成像技术和分析手段，并结合传统的电生理手段和分子生物学的方法，从分子、细胞到器官水平阐明代谢相关疾病发生过程中胰岛素分泌的时空变化以及这些变化与疾病发生和发展的关系。
主要研究方向：
细胞分泌与代谢研究室将建设国际领先的四色全内反射荧光成像平台，检测胰岛素分泌过程。然后系统地探索和建立算法平台，提取和分析胰岛素分泌过程中（海量荧光图像中）的空间、时间特性。通过软硬件结合，研究室将实现单个蛋白分子（纳米级）、蛋白复合体的超分辨率结构（～10纳米级）、如囊泡一类的细胞器（～100纳米级）、单个细胞（～10微米）和整个胰岛水平(～毫米)的纳米显微成像。应用上述发展的技术，细胞分泌与代谢研究室将在各个水平上快速、定量和高通量的检测小鼠、大鼠以及灵长类动物等不同动物胰腺胰岛素分泌的各项特征，并将这些技术应用于发病过程中胰岛素分泌特性变化的研究中，揭示胰岛素释放的变化与糖尿病发病之间的关系。另外，开发的高通量胰岛素检测的分析平台，还将为后期相关的药物筛选提供手段。
心血管发育学实验室
我们的研究方向集中在利用
哺乳动物细胞培养、斑马鱼及小鼠模型探讨
心脑血管发育及疾病发生的机理。我们的总目标是利用
分子遗传学等手段发现心脏及血管的干细胞形成及分化的分子机理。这些研究将提示新的治疗靶点以及可能为我们带来新的细胞、基因及小分子的治疗手段。
血管干细胞及发育
一个世纪前即提出hemangioblast是
内皮细胞及造血细胞的干细胞的概念，目前在小鼠
胚胎干细胞分化成的embryoid bodies及斑马鱼胚胎中发现hemangioblast。但是目前关于hemangioblast如何从brachyury+中胚层细胞分化而来以及决定hemangioblast的特异性的分子基础并不清楚。我们最近从斑马鱼克隆了一个新的lycat并克隆了他的大鼠同源基因Lycat。Lycat对于斑马鱼及embryoid bodies中血管及血液的发生是必须的。我们正在进行的研究包括通过小鼠干细胞培养、lycat敲除及转基因斑马鱼和小鼠研究lycat及下游基因在hemangioblast发育中的功能。我们通过定位克隆研究几种新血管突变体在血管发育及成熟中的作用。
斑马鱼等模式生物对于研究心脏形态发生及发育的遗传通路起了重要的作用。斑马鱼还有出奇的心脏再生能力。但目前对于心脏发育和再生的遗传和表观遗传学基础仍还很不清楚。我们利用斑马鱼的多种突变体如没有心内膜的cloche，心脏功能异常的fl02k和scotch tape等作为突破口，研究心内膜
前体细胞和心内膜－心肌间的信号传递在心脏的形态发生及功能中的作用。研究心内膜前体细胞如何形成，cloche和lycat如何影响中胚层的细胞形成心内膜前体细胞；研究Integrin等通路在
心肌细胞中如何起到机械张力感受分子的作用，研究Integrin，Scotch tape和Rad信号通路在
心脑血管发育和疾病发生中的作用，以及探索参与斑马鱼心脏再生的分子机理。
信号转导研究室
细胞信号转导研究室主要从事以下几方面的研究：
（1）beta-
肾上腺素能受体亚型在心血管系统的信号转导；
血管生物学研究室
血管生物学研究室主要研究血管细胞的重要生理功能（
细胞增殖、分泌及存活等），与重大
心脑血管疾病相关的病理改变及其分子机制。研究方法和手段包括原代培养细胞、离体血管条及基因敲除小鼠等。
研究方向：1. 血管内皮细胞、
平滑肌细胞的信号转导。研究主要各种
生物活性因子（特别是生长因子）、机械力学刺激(如牵张力、切力)等诱导的血管细胞的生物学反应（如增殖、分泌等），及其胞内信号转导途径。目前重点研究信号分子Gab、Shp2、PLCgamma1等介导的信号通路及其在生物学功能中的作用。希望通过本项研究，揭示内皮、平滑肌细胞生理功能和病理改变的分子机制，为
心脑血管相关疾病的防治找到新的靶点。
2. 肿瘤相关的血管新生以及
血管内皮细胞肿瘤形成的分子机制。使用细胞生物学，基因过表达及基因沉默等多种手法，结合运用
转基因小鼠和人类血管瘤标本，研究肿瘤相关的血管新生，血管肿瘤形成及消退的信号调控机制。希望通过本项研究，揭示肿瘤相关的血管新生及血管肿瘤形成的分子机制，为肿瘤的防治找到新的靶点。
3.
内皮细胞损伤相关的
脂质代谢紊乱（常见于肥胖症）及
胰岛素抵抗（常见于糖尿病）的细胞分子机制。脂质代谢紊乱（常见于肥胖症）及胰岛素抵抗与内皮细胞损伤密切相关。目前重点围绕与脂质代谢紊乱（常见于肥胖症）及胰岛素抵抗有关的关键分子Lipin的研究。希望通过本研究，不仅能够促进相关病理生理改变分子机制的理解，而且能够为相关疾病的防治找到新的靶点。