北大附中深圳南山分校创建于2000年5月，是
北京大学、
香港科技大学和深圳市政府三方合作的
深港产学研基地的基础教育
发展项目，是
南山区教育局和
北京大学附属中学联合创办的集小学、初中、高中为一体的寄宿制国有民办学校。
2000年5月20日，北大附中深圳南山分校诞生在雄伟的南山脚下，旖旎的
珠江口左岸。它是北京大学、
香港科技大学和深圳市政府三方合作的
深港产学研基地的基础教育
发展项目，是
深圳市南山区教育局和
北京大学附属中学联合创办的集小学、初中、高中为一体的寄宿制国有民办学校，是北京
为明教育集团开办的第一所学校。开拓了“
广东省一级学校”、“广东省首届十佳民办学校”“国家首届教育科研百强校”、“广东省高中
教学水平评估优秀学校”、“南山区
教育现代化示范校”的辉煌之路，如今，在已经毕业的5届初中生，3届高中生当中，有五十多人以优异成绩先后考入英国
剑桥大学、美国图兰大学、加拿大
多伦多大学、澳大利亚
悉尼大学、日本
早稻田大学等国外
知名学府深造，有二百多人考入国内北大、
清华、
中国人大、
香港大学等
重点大学学习。在九年成功的
素质教育实践和
跨越式发展中，学校办学优势和办学成果亮点纷呈，2006年荣获“深圳市高考成绩优秀奖”政府嘉奖，历年中考成绩始终位居南山区前茅，成为南山区“教育系统先进单位”、“校园文化建设特色学校”、“
校园安全工作先进单位”。
北大附中深圳南山分校全校教职工的教育追求是“让每一位学生身心舒展地生活着，言无畏惧地尝试着，充满幻想地期待着。”举办了
国际文化节、科技节、体育
文化节、艺术节、母语节……校园节日；高尔夫社团、未名机器人社团、创客社团、京
剧社、攀岩社、足球社、街舞社团、
博雅通讯社、
未名文学社、校园电视台、
英语俱乐部、儿童书画院、戏剧表演社、朗润剧社……300多个学生社团；摄影、武术、
健美操、
乒乓球、钢琴、
古筝、书法、版画、
航模、刺绣、养蚕、手工、轮滑……近100门
选修课程；写作、辩论、演讲、主持、口语、动漫、合唱、书法、绘画、
定向越野、篮球、小发明……各种
学科竞赛。
学校现有专任教师372人，其中，本科学历以上296人，研究生学历以上的64人，
高级职称35人，
中级职称62人，
外籍教师35人。在校学生4000余人，全部实行
小班化教学。