北里柴三郎（1852年10月20日～1931年6月13日），Kitasato Shibasaburo（きたさとしばさぶろう） 日本医师，著名细菌学之父、日本近代医学之父、血清学的先驱。

1852年10月20日生于日本肥后国（今熊本县）阿苏郡小国乡北里村世代相传的庄园家庭，1866年开始学习汉学。1872年入熊本市新建的医学院学习，1875年入东京大学医学院，1883年获医学博士学位，在内务省卫生局东京试验所任职。此时，东京大学副教授绪方正规从德返日，建成日本第一个细菌学实验室，北里始任其助手。1884年长崎发生霍乱，北里在显微镜下证明了致病菌──霍乱弧菌的存在。1885～1891年前往德国深造，在著名细菌学家罗伯特·科赫的指导下工作，与科赫结下深厚的师生情谊。在此期间他发表数篇在细菌学史上具有里程碑意义的论文。细菌学界当时普遍认为厌氧菌只能在与其他细菌共生的环境下生长，而不可能得到纯培养。

他发现了导致鼠疫的芽孢杆菌，并在其他疾病的研究中作出了重要的贡献。1883年从东京大学获得医学学位后，北里在公共卫生部的中央局工作。1885年，政府派他到德国柏林的罗伯特·科赫（Robert Koch）实验室学习细菌学的先进技术。1889年，北里在那里成功的培养出导致破伤风的芽孢杆菌。1890年，他和德国同事埃米尔·冯·贝林（Emil von Behring）共同研究，认为通过注射含有抗霉素的血清可以实现对破伤风的免疫。而这种抗霉素是在暴露在破伤风杆菌环境下的动物血液中产生的。同年，贝林和北里将这种免疫学的方法应用于白喉和破伤风的治疗，并发表了一篇具有里程碑意义的论文，开启了血清学这一新领域。离开柏林之前，北里还研究了科赫于1890年发现的结核菌素。由于北里的这些成就，柏林大学授予他荣誉教授称号。

1931年6月13日在群马县仲之城去世。

2019年4月9日，日本政府财务相麻生太郎正式宣布，将在2024年度的上半年更换纸币图案，推出1万日元、5000日元和1000日元新纸币，正面将分别使用涩泽荣一、津田梅子、北里柴三郎的人物肖像。

日本将于2024年7月3日开始发行新版钞票，其中1000日元纸币将使用微生物学家北里柴三郎的肖像。

1889年前后，北里撰文论述厌氧梭状芽胞杆菌培养方法，提出该菌可在含氢空气包围下的固定培养基中生长。芽胞杆菌具有强抗热性能，常压下可耐受80℃高温。他将破伤风杆菌与其他细菌的混合培养加热到80℃45～50分钟，再置于含氢空气中继续培养，由此而获得破伤风杆菌最早的纯培养菌株。北里将提取的破伤风毒素稀释,逐渐加量反复注入动物体内，证明这样可使动物获得被动免疫，免疫动物体内产生的抗毒血清可使未免疫动物对破伤风杆菌感染产生预防和治疗作用。1890年，与埃米尔·冯·贝林一起成功试验世界上最初的破伤风病菌的纯粋培养，后来北里与埃米尔·冯·贝林共同发表关于破伤风和白喉免疫的论文。

开拓了血清学这一新的科学领域，1892年回日本，在福泽谕吉等人的帮助下，创建了隶属大日本卫生会的私人传染病研究所，任所长，率先在日本开展对传染病和细菌学的研究。

1893年，为了收容结核病患者进行治疗，他建立了养生园，并任园长。1894年，在香港发生淋巴腺鼠疫期间，他奉命于5月，偕青山胤通等人赴疫区开展实地调查，并于6月与瑞士细菌学家亚历山大－恩米尔－约翰·耶尔森各自分离出了这种疾病的致病因子－鼠疫杆菌。

1897年，北里创办了北里细菌学研究所，开始从事痢疾细菌学的研究。1898年，日本细菌学家志贺洁根据他的建议，从痢疾病人的粪便中分离出了痢疾杆菌，即（志贺氏菌）。

1914年，当他的研究所改为国立研究所并移交东京帝国大学管理时，他辞去所长职务，并于1923年起为日本医师会会长，1924年被封为男爵，并成为学士院院士、贵族院议员、英国皇家学会会员，以及美国和德国一些学会的名誉会员。是《北里实验医学》杂志的主编。发表过许多细菌学方面的论文。

北里柴三郎以老板的身份在艺伎界挥金如土，与富商浅野宗一郎争夺艺伎，他与新桥的艺伎生下孩子，之后把艺伎纳为小妾。