江南兵乱已经持续五年,大臣推荐吴当世居
江西,习知江西民俗,且其才能可以担当重任,下诏特授江西
肃政廉访使,与
江西行省参知政事火你赤、
兵部尚书黄昭,招捕江西诸郡,
便宜行事。由于朝廷兵力不足,吴当召募民兵,由
浙江入
福建。至
江西建昌境内,招安新城孙塔,擒杀李三。吴当进攻
南丰,匪首郑天瑞遁逃,郑原
自刎而死。
至正十六年(1356),吴当调
检校章迪率本部兵,与黄昭夹攻
抚州,剿杀首寇胡志学,进兵收复
崇仁、
宜黄。于是建昌、抚州两郡平定。参知政事朵歹总管抚州、建昌的军队,积年无功,嫉妒吴当屡战屡捷,功在己上,又认为
南人不宜总兵,于是传播谣言,说吴当与黄昭皆与贼寇勾结。下旨解除二人兵权,吴当任
抚州路总管,黄昭任
临江路总管,负责供给平章火你赤军。火你赤杀害吴当的从事官范淳及章迪,将士皆愤怒不平,吴当告诉大家:“上命不可违也。”而火你赤又上奏
弹劾吴当和黄昭。”吴当与黄昭皆被罢职除名。
至正十八年(1358),火你赤自
瑞州还
龙兴,吴当、黄昭皆随军不敢去。起初,吴当与黄昭平贼功劳的奏报,自
广东由
海道未达京师,而朵歹、火你赤等
公牍先至,故朝廷听取片面之词,责备吴当、黄昭,皆贬官。等到吴当、黄昭的奏报到达后,才知道两人被诬陷,诏拜吴当为
中奉大夫、
江西行省参知政事,黄昭为
湖广行省参知政事。任命未到,
陈友谅已攻陷江西诸郡。火你赤弃城而逃。吴当戴黄冠,穿着道士服,闭门不出,专心著书。陈友谅遣人征召,吴当卧床不食,以死自誓。于是将吴当连带所卧之床装到船上,送往
江州,拘留一年,终不为屈。后隐居
庐陵吉水之谷坪。