营养菌丝，又称
基内菌丝（substrate mycelium）、基质菌丝、
一级菌丝 ，主要功能是吸收
营养物质，有的可产生不同的色素，是菌种鉴定的重要依据
基内菌丝匍匐生长于营养基质表面或伸向基质内部，它们象植物的根一样，具有吸收水分和养分的功能。 放线菌
化学式 有些还能产生各种色素，把
培养基染成各种美丽的颜色。放线菌中多数种类的基内菌丝无隔膜，不断裂，如
链霉菌属和
小单孢菌属等；但有一类放线菌，如诺卡氏菌型放线菌的基内菌丝生长一定时间后形成横隔膜，继而断裂成球状或
杆状小体。气生菌丝
是基内菌丝长出培养基外并伸向空间的菌丝。在
显微镜下观察时，一般气生菌丝颜色较深，
比基内菌丝粗；而基内菌丝色浅、发亮。有些放线菌气生菌丝发达，有些则稀疏，还有的种类无气生菌丝。孢子丝
孢子丝是当气生菌丝发育到一定程度，其上分化出的可形成孢子的菌丝。
放线菌孢子丝的形态多样，有直形、波曲、钩状、螺旋状、一级轮生和二级轮生等多种，是放线菌定种的重要标志之一。孢子丝发育到一定阶段便分化为
分生孢子。在光学
显微镜下，孢子呈
圆形、
椭圆形、杆状、
圆柱状、瓜子状、梭状和半月状等，孢子的颜色十分丰富。孢子表面的纹饰因种而异，在
电子显微镜下清晰可见，有的光滑，有的褶皱状、疣状、刺状、毛发状或鳞片状，刺又有粗细、大小、长短和疏密之分。
单条管状细丝，为大多数
真菌的结构单位，一些
原核生物也有菌丝，如
放线菌。很多菌丝聚集在一起组成真菌的
营养体，即
菌丝体。菌丝一般分为两类，一为
无隔菌丝，即菌丝没有横隔壁，可视为一个单细胞，具有多个细胞核，如低等真菌中的
根霉、
毛霉、
水霉等的菌丝。另一类是
有隔菌丝，即菌丝具很多横隔壁，将其分隔成多个
细胞，每个细胞中有1个、2个或多个
细胞核。如高等真菌中的
青霉、
曲霉、
蘑菇等的菌丝。
或真菌组成其菌丝体的基本单位。放线菌的菌丝细胞纤细、无隔、分枝。真菌的菌丝较粗、有分枝，其中少数无隔、多核，如
鞭毛菌亚门和
接合菌亚门的低等真菌；多数有隔、单核或少核，如
子囊菌亚门、
半知菌亚门和
担子菌亚门的高等真菌。菌丝通过顶端生长而延伸，通过侧生而分枝。埋入基质中以吸取营养为主的菌丝称
营养菌丝，有的种类还可分化成
假根、
吸器等构造；伸展在空间的菌丝称
气生菌丝，成熟后可分化成各种形式的产孢子构造，如放线菌的
孢子丝或真菌中的
子实体。菌丝具有
无性繁殖功能，可用于接种、扩大。