1850年秋，洪秀全为发动起义，夺取政权，命各地“
拜上帝会”会众到广西桂平
金田村“团营”，编组训练，开始建军。
1851年（
太平天国辛开元年-清咸丰元年）1月11日
金田起义后，正式成军。太平军信仰上帝教，汲取和融会了中国古代农民
平均主义和
西方基督教教义中的平等思想，以推翻清朝，实现天下一家、共享太平为理想。初起时仅陆营单一兵种，2万人左右。
1852年夏建立土营。1853年建立水营。定都
天京（今南京）后，陆营编制95个军，水营9个军，土营2个军。实际能战之兵总数为10万～15万人，最盛时号称百万。太平军以天王洪秀全为最高统帅。初期，实行五军主将制度：以
杨秀清为中军主将，
萧朝贵为前军主将，
冯云山为后军主将，
韦昌辉为
右军主将，
石达开为左军主将。不久，设辅佐天王管理全军的正、又正、副、又副军师，以各主将分任，唯石达开未封军师。
1851年在永安（今蒙山）封各主将为东、西、南、北、翼五王，建立军政合一体制。声明各王俱受东王节制，杨秀清遂成为全军实际统帅。1856年天京内讧后，五军主将制实亡，天王授石达开为通军主将，指挥全军。旋因石达开带兵出走，由天王自任军师，统辖全军。
1858年恢复五军主将制，并增设掌率制，以蒙德恩任中军主将正掌率，统率全军；陈玉成为前军主将又正掌率；李秀成为后军主将副掌率；
韦志俊为右军主将；
李世贤为左军主将，洪秀全自兼军师。
1863年（太平天国癸开十三年清同治二年）7月起，以忠王李秀成为真忠军师，统率全军。太平军仿《周礼・夏官》之制，按“五人为伍，五伍为两，四两为卒，五卒为旅，五旅为师，五师为军”的制度编组。以军为基本单位，军设军帅，下辖师、旅、卒、两、伍，分设师帅、旅帅、卒长、两司马、伍长。按《
太平军目》，一军有军官（自两司马至军帅）656人，伍长2500人，圣兵（伍卒）10000人，共13156人，但实际上都不满员。军帅以上，依次设监军、
总制、将军、指挥、检点、丞相各级官职，平时居朝内分任政务，战时可分领一军或数军出征作战。除正职官兵外，各军另有经办军需、文书诸务的典官数十名及下属若干办事人员。太平军兵员多半来自农民和矿工、
会党等社会下层群众，也有不少清军降卒。阖家投奔者，壮男编入战斗部队，妇女编入
女营，儿童则分置各军各馆，称童子兵。女营编制与陆营略同，但不设师、旅。女营主要从事一般体力劳动，间或也协助守城作战。
太平军初期“裂布为旗”。克武昌后，旗帜始有统一制式，呈方形、三角形，尊卑有序，大小不等，上用黑字、红字书写官职。指挥以上旗帜另加水红色火焰边，自翼王至东王，分别用蓝、黑、红、白、绿色火焰边。后期旗帜制式、色彩多有变化。太平军军纪，初起时有简明条规五条：一遵条命；二别男行女行；三秋毫莫犯；四
公心和傩，各遵头目约束；五同心合力，不得临阵退缩。此后，又陆续颁布律令，总数达62条，涉及礼拜、扎营、操练、作战、官兵关系、军民关系诸方面。先后刊刻了《
天条书》《
太平条规》《行军总要》等有关军纪的诏书，太平军军纪趋于条文化、系统化。前期太平军军纪严明，后期日趋涣散、败坏。太平军武器装备以刀、矛、弓箭镖、钩镰等
冷兵器及
鸟枪、
抬枪等旧式火器为主，并配合一些竹制武器，后期配有少量洋枪、洋炮等新式火器。水营战船以
民船为主，制式不一，设备陈旧，后有少量自造小型战船，并夺取敌之火轮、炮艇服役。太平军供给初期实行“
圣库”制度。凡官兵家财、作战所得钱物，尽交圣库，违者严处。规定人无私财，官兵无常俸，所需钱物，视圣库盈虚，按定制发给。
1854年起，又在
太平天国统辖地区实行交粮纳税制度，作为军队粮饷的重要来源。自中期起，
圣库制度渐趋废弛。太平军的粮糗、衣物、席帐、军械、火药等军需物品，有各类军需典官负责筹措。在行军作战期间，主要通过获取清军战利品、向军力所及的民间征集；在较固定的据点和控制区，主要依靠科派，即由乡官向居民摊派索取，以及通过交易获取。太平军每日早晚须敬拜上帝，每逢礼拜日举行宗教仪式，凡有重大军事行动，常以“讲道理”形式进行教育，宣布用兵宗旨、交代作战任务、鼓励士气、申明军纪等。太平军重视部队军事训练，利用战斗间隙进行操练，定期进行“试兵”（紧急集合）。军官除精练弓、刀、枪、炮外，还要讲习《武略书》《兵要四则》等书。太平军初起时，囿于两广地区，东冲西突，并无明确战略目标。
1852年在湖南道州（今
道县）整顿后始定“专意金陵”战略方针，积极攻取。定都天京后，骄傲轻敌，多路分兵，导致北伐失败，后又以保守天京为中心任务，屡屡从各战场抽调兵力回救，战略上陷于被动，直至最后死守天京，不作他图。太平军作战注意列阵，主要阵式有
牵线阵、
螃蟹阵、
百鸟阵、
伏地阵等，阵法严密。讲究战法，经常运用围魏救赵、设伏诱敌、以舍为取、将进反退、反客为主、杀回马枪、
穴地攻城等战法，具有灵活多变的特点。后期因少量使用
洋枪、
洋炮，战术随之也有所变化。太平军先后征战于
广西、
湖南、
湖北、
江西、
安徽、
江苏、
河南、
直隶（今
河北）、
山西、
山东、
陕西、
甘肃、
福建、
浙江、
云南、
贵州、
四川、
广东18省，先后攻克城镇500多座。在与清王朝的经制兵
八旗、
绿营及
湘军、
淮军以及英法军、
洋枪队长期的战争中，运用了攻城、守城、野战、水战等多种作战样式，进行了一系列重大的战役。
1864年7月，太平天国首都天京为湘军攻陷，太平军余部在长江南北坚持斗争。江南太平军至1866年覆灭，江北太平军于1864年底与
捻军合编，继续反清作战，直至1868年覆灭。
太平军是中国农民战争史上一支组织有序、能征善战的武装队伍，它沉重地打击了清朝统治，抗击了外国侵略者，在
中国近代史上写下了英勇悲壮的一页。