奉天殿位于南京故宫南北中轴线核心位置，上承重檐庑殿顶，坐三层汉台阶之上，面阔九间，进深五间。为明代初年洪武、建文、永乐三朝举行重大典礼和接受百官朝贺之所。

明太祖朱元璋攻取集庆（南京古称）后，改集庆路为应天府。朱元璋登基为帝后，“命刘基等卜地定作新宫”，最终选定这块地当“钟阜龙蟠”、“帝王之宅”的风水宝地。相传朱元璋征发军民工匠20多万人，“迁三山填燕雀“，填燕雀湖“改筑新城”。工程始于公元1366年，历时一年建成，壮丽巍峨，盛极一时。

南京故宫由皇城与宫城两部分组成，合称皇宫。皇城在外，围护着宫城。据当今学者考证，皇城范围东起今南京机电学校与南京博物院以西一线，西至竺桥、逸仙桥以东，南到光华门，北至佛心桥一带。南北长2.5公里，东西宽2里，周长9公里，呈凸字形。皇城开有六道门：正南为洪武门，正对着都城正阳门紫禁城午朝门），东南为左掖门，西南为右掖门，东为东华门，西为西华门，正北是北安门。在皇城与宫城之间还有两道门，南为承天门，北为端门，与洪武门、午门处在同一条中轴线上。

沿着明故宫内的南北中轴线，由南向北，对皇城与宫城作一次巡礼。由皇城南端的洪武门进，到承天门中间的御道上，有五座石桥，名“外五龙桥”，桥下就是外御河。在洪武门至外五龙桥之间的御道两侧，是明朝中央官署区。御道西侧是高级军事指挥机构，包括中、左、右、前、后五军都督府，以及太常寺、通政司、锦衣卫、旗手卫、钦天监等；御道东侧是中央高级官署，包括宗人府、史部、户部、礼部、兵部、工部，以及翰书院、詹事府、太医院等。

在承天门与端门之间的御道两侧是庙社区，按照“左祖右社”的都城建造制度布局，东边设置了祭祀皇帝祖宗的太庙，西边则是祭祀神灵的社稷坛，再向北走就到了午门。进入午门，又有五座石桥，称“内五龙桥”，桥下为内御河。过了桥就是奉天门，由南向北依次建有奉天、华盖和谨身三大殿。三大殿的东侧有文华殿和文楼，西边有武英殿和武楼，统称为“前朝”五殿。奉天殿，就是人们常说的金銮殿，是朱元璋举行重大典礼和接受文武百官朝贺的地方。后来北京故宫的太和、中和、保和三殿，就是沿用南京故宫的奉天、华盖、谨身三殿规制建造的。

在三大殿之后，是皇帝与后妃生活起居的地方，名叫做“后廷”。处在中轴线位置上的是乾清、交泰、坤宁三宫，左有柔仪殿（东宫），右有春和殿（西宫），两殿相对。东北角为东六宫，西北角为西六宫。在春和殿西侧还有御花园。“前朝”与“后廷”相结合，组成“朝廷”。

整个南京故宫，殿宇重重，楼阁森森，雕梁画栋，金碧辉煌，气势恢宏，曾作为明初洪武、建文、永乐三代皇宫，长达54年之久。直到明永乐十九年（1421年），明成祖朱棣迁都北京，南京故宫才正式结束王朝皇宫的使命，但仍由皇族和重臣驻守，地位仍十分重要。

南京明故宫，曾作为洪武、建文、永乐三代帝王的皇宫长达54年之久，也是营造北京故宫的建筑蓝本。2011年10月，南京市启动“明皇宫遗址公园概念性规划设计方案国际竞赛”，并在明故宫遗址范围展开考古试掘，探寻600多年前的皇家建筑布局和相关历史遗存。

2012年10月8日，由南京市博物馆和南京博物院成立的联合考古队在考古试掘过程中，先后发现了奉天门建筑基址，以及明故宫三大殿之一奉天殿的大型夯土建筑台基，并出土了大型柱础石、磉墩、排水沟等重要建筑遗存。试掘期间，考古人员在各探沟底部均发现了青灰色的淤泥层，这一发现也印证了文献中“填燕雀湖建皇宫”的相关记载。如今南京的御道街—午朝门公园—明故宫遗址公园一线，是600多年前明故宫宫城的核心区域。

据文献记载，从午门（现午朝门）向北，位于中轴线上的皇宫建筑依次为金水桥（现内五龙桥）、奉天门、奉天殿、华盖殿、谨身殿等。由于年代久远，这些气势恢宏的皇家宫殿多已湮灭，留存下来的地面建筑只剩下午朝门和内五龙桥。

据市博考古部相关负责人介绍，此次考古试掘分为两个阶段，分别在午朝门公园和明故宫遗址公园两个区域内展开。2011年10月起，考古人员率先在午朝门公园东北侧展开“地下搜索”，最大的发现是一处由夯土与碎砖瓦层交错夯筑的明代建筑基址，此外还有6个呈对称分布的磉墩遗迹，以及用石灰作粘合剂的砖砌包墙。根据建筑基址的结构及位置，专家推测为明故宫奉天门东侧廊庑建筑的基础，这一发现首次确认了午门内第一道城门——奉天门的准确方位。据史料记载，入午门，过内五龙桥，便是奉天门，这里也是皇帝“御门听政”之所。

在建筑基址北侧，考古人员还发现了一条600多年前的皇宫“排水管道”。排水道呈东西走向，残长8米左右，宽约0.45米，由三面石板砌筑围合呈水槽状。尽管只是条“不起眼”的排水沟，但其所用石材质地坚实，砌筑手法规整考究，两侧石板上沿还特意切削出向内凹陷的斜角，可以将外部积水集中在水槽内快速排出。

奉天殿、华盖殿和谨身殿，是明故宫内著名的三大殿。其中，最南端的奉天殿，就是明太祖朱元璋当年举行重大典礼和接受文武百官朝拜的“金銮殿”。

1997年，为配合江苏大剧院工程选址，南京博物院曾在明故宫遗址公园北部进行过局部发掘，当时发现了谨身殿的建筑台基，但奉天、华盖两殿却一直无迹可寻。在此次试掘的核心区域——明故宫遗址公园内，考古人员首次发现了奉天殿的建筑台基遗址。试掘期间，考古人员发现了一处明代大型夯土建筑台基。整个台基以黄褐色的夯土夯筑而成，残存的夯土层最厚处有3.6米，结合文献记载以及遗迹方位判断，这应该是明故宫奉天殿遗址的底层台基。根据现场测定，奉天殿台基南北两端长达75.5米，明故宫三大殿中规模最为宏大的“金銮殿”由此揭开了冰山一角。

台基西侧还出土了3个体量巨大的柱础石，柱础石的外立面近似于方形，边长约1.8米，高1.35米，顶部还有圆形台面。其中一个柱础石下方，还保留有用一块块青砖砌筑的磉墩遗迹。柱础石是古代建筑中用来承受房柱压力的垫基石，同时还可以抬高柱脚与地坪隔离，起到防潮的作用；磉墩则是以砖石砌筑、用来加固柱础石的基础。考古专家介绍说，此次发现的3个柱础石体量巨大，而且方位都处于南北向的一条直线上，应该是在奉天殿台基之上的大殿主体基础。

考古人员还在探沟内出土了一件雕刻精美的龙首形散水构件。该构件造型为龙头状，龙角微微上扬，双目圆睁，龙嘴处还有用作排水的孔洞。专家表示，这一构件当年是放置于奉天殿外的高台四面，用来排出台上积水的“散水孔”，精美绝伦的雕工，让后人得以一窥明代皇家建筑构件的华丽瑰美。

关于明故宫的建造过程，民间一直有“迁三山填燕雀”的说法。据史料记载，朱元璋定都南京后下令修建宫城，他采纳了刘伯温的建议，选址在钟山的“龙头”前建造皇宫，而当时的燕雀湖（现前湖）刚好位于此地。为此，朱元璋征发军民工匠20多万人，填燕雀湖建造皇宫，明故宫也因此成为中国都城史上使用一个填湖建宫的遗址实例。此次试掘期间，考古人员在各条探沟内均发现了青灰色的淤泥层，这也印证了文献中关于“填燕雀建皇宫”的记载。

经过对各探沟内夯土层的局部解剖，午朝门公园和明故宫遗址公园内均发现有青灰色的淤泥层。这些淤泥层位于明故宫建筑遗址的夯土层下方，距离地表深度近5米，土层内多为青灰色的淤泥，与上部夯筑坚实、质地紧密的夯土层形成了鲜明的反差。专家表示，这些淤泥应该是当年填埋燕雀湖时留下的原始堆积，这一发现为印证“填燕雀建皇宫”的文献记载提供了考古实证。