孔克仁，字义夫，附籍曹县，是孔子第五十五代孙，元末任宁陵县教谕，龙凤二年（1356年）任韩宋江南等处行中书省都事，陞郎中。龙凤八年（1362年）为朱元璋讲《春秋左氏传》龙凤九年（1363年）始设立浙东提刑按察司，陞浙东按察使，后因为失职被捕，又任博士，常与朱元璋论天下形势及前代兴亡事。洪武二年（1369年）教导明太祖诸皇子及功臣子弟，又出为江州知州，官至中书省参议，坐事而死。

孔克仁，以理学名儒，任宁陵县教谕。

龙凤二年（1356年）七月一日，韩宋设立江南等处行中书省，孔克仁为都事。

龙凤八年（1362年）八月，朱元璋召宋濂以及孔克仁讲《春秋左氏传》

龙凤九年（1363年），始设立浙东提刑按察司，陞孔克仁为浙东按察使。

后来河内道按察司宋思颜，浙东按察使孔克仁、按察佥事王璹等人因为失职被捕。

龙凤十年（1364年）正月五日，朱元璋坐在白虎殿与孔克仁论天下形势说：「自从蒙元运祚衰退，连年战争，加上饥荒、瘟疫，十室九空，天厌于上，人困于下，中原豪杰智均力齐，互相仇敌，必将有变，欲并而一之势猝未能。我希望让两淮江南诸郡归附之民，各自在近城耕种，练则为兵，耕则为农，兵农兼资，进可以取，退可以守，再于两淮之间馈运可通之处，储粮等候时机。兵食既足，观时而动，以谋取中原，爱卿以为怎么样？」孔克仁回答说：「积累粮食，训练兵卒，待时而动，这是良计啊。」

四月一日，朱元璋退朝，与孔克仁论前代成败，对孔克仁说：「秦政暴虐，宠任奸臣，故而天下叛秦；汉高祖起自布衣，能以宽大驾驭着群雄，于是成为天下之主。当时天下局势不同，蒙元的纲纪与号令已废弛，故而群雄所在蜂拥而起，但都不知制定法度以严明军政，这就是他们难以成功的原因。」因而感叹很久。又说：「天下用兵，河北有孛罗帖木儿，河南有扩廓帖木儿，关中有李思齐、张良弼。然而有兵而无纪律的是河北，稍有纪律但兵不振奋的是河南，道路不通、粮饷不继的是关中。江南则唯有我和张士诚而已。张士诚多奸谋且好用间谍，而治军却尤无纪律。我凭借数十万之众，修明军政，任用将帅，伺机而动，其势有不足平的？」孔克仁点头说：「主上神武，一定能一统天下。」

四月二日，中书省臣进宗庙祭享及月朔荐新礼仪，朱元璋至白虎殿，览礼仪毕，退自殿西步至戟门，东步至戟门东，忽然悲怆流涕对宋濂、孔克仁说：「我昔日遭世艰苦，饥寒交迫，当时二亲还都在，我欲养而力不足，如今仰赖祖宗保佑，化家为国，而二亲已来不及养了，追思至此，痛何可言！」于是命并录父母忌日岁时享祀以为常。

五月十三日，朱元璋退朝，到白虎殿阅读《汉书》，宋濂和孔克仁侍奉其旁。朱元璋对二人说：「汉朝的治国之道，不能如夏、商、周三代纯粹的原因何在？」孔克仁说：「因为杂用了王道与霸道。」朱元璋说：「是谁的错误呢？」孔克仁说：「责任在于汉高祖。」朱元璋说：「汉高祖是创业之君，面临的是秦朝焚书坑儒，干戈战争之后的局势，民众憔悴以待复苏，当然不讲究礼乐之事。汉文帝是令主，正是修定礼乐，恢复三代旧制的时候，但是顾虑重重而无暇他顾，致使汉朝帝业终于如此。即便是汉文帝这种贤君，亦不作为。那么由谁来作呢？帝王之道，贵在不违时势。有时势而不作，那么谁来作？有时势而不作，与无时势而有作，都是过错。夏、商、周三代之王是有时势而能为，汉文帝实有时势而不为，周世宗则是没时势而为。」

龙凤十一年（1365年）四月十二日，朱元璋对孔克仁说：「汉高祖能从平民成为万乘之主，是因为什么？」孔克仁问答说：「由于知人善任。」朱元璋说：「如先生所说，汉高祖只是如此吗？」孔克仁回答说：「是的。」朱元璋说：「周室衰落，天下分裂，秦能统一天下而不能守住天下，陈涉起事，豪杰蜂起，项羽虚伪诡诈在南面称王，不施仁义，而且自负功成名就。汉高祖知道他的强大，忍着耻辱对他恭顺；知道他的残暴，而表现自己的宽仁，最终打败了他。到了项羽死在东城，天下传檄而定，故而不劳苦就成就了帝王之业。譬如一群狗追逐兔子，汉高祖是张网设陷阱而坐着捉到兔子的人。方今天下用兵的豪杰不止一人，都是劲敌。我守卫在江左，任用贤人，抚恤民众，伺机而动，如果仅仅依靠武力与豪杰角斗，则很难快速平定天下。」

龙凤十二年（1366年）四月十二日，朱元璋对侍臣孔克仁等人说：「壬辰之乱(1352年)，生民涂炭。中原诸将，如孛罗帖木儿拥重兵，侵犯蒙元大都（今北京），乱伦干纪，已全部灭亡。扩廓帖木儿挟持蒙元太子动兵，是身为儿子对抗父亲，而且急于报私仇，无同仇敌忾的志气，糜烂其治下的民众，终究无所成就。李思齐、张思道辈平庸，不足称道，然而窃据一方，百姓深受其害。其他如张士诚对外假借蒙元的名号，内在还是有反心，反复无常，首鼠两端。明玉珍父子占据川蜀称帝，喜于自用而无远谋。纵观他们的所作所为，他们都不能有所成就。中原纷扰，谁能拯救？我考察天时，审视人事，有可平定天下的时势。如今军西出襄樊，东西跨越淮泗，首尾相应，攻敌必胜，大事可成。伐敌制胜，贵在先有谋划，谋定而动，敌无不克。然而中原虽是不难定，但民众与物资都已凋零丧乱，千里都是废墟，定中原后，生息尚艰难，还要劳心思虑收拾局面。

洪武二年（1369年）四月五日，明太祖命博士孔克仁等教授诸子经书，功臣的子弟也一起学习。明太祖谕之曰：「人有精金，必求良冶而范之；有羙玉，必求良工而琢之。至于子弟有美质，不求明师教之，岂爱子弟不如金玉邪？盖师所以模范学者，使之成器，因其材力，各俾造就。朕诸子将有天下国家之责，功臣子弟将有职任之寄，教之之道，当以正心为本，心正则万事皆理矣。苟导之不以其正，为众欲所攻，其害不可胜言。卿等宜辅以实学，毋徒効文士记诵辞章而已。」

五月十三日，明太祖召孔克仁等赐坐，说：「昨日到锺山（今紫金山），令侍御仆从先往，当中有一小僮仆，亦前取，我记了其姓名，今日召过来给儿子们看说：『此小僮仆与你们年龄相仿，已能奔走服役，你们不可恃着年幼怠惰不学，应当朝夕勤励才行啊。』朕的意思是惟恐他们身居富贵，沉溺逸乐而已。」孔克仁回答说「陛下这席话即是《无逸》的告诫啊。」

不久后，出知江州，入为参议(正三品)，坐事而死。