顺治四年(1647年，南明永历元年)二月至八月，在明清战争中，由于明军无岳州，明军没有湖南唯一的天险，大部明军从湖南逃跑。清平南大将军孔有德率汉军主力占领湖南之作战。

1645年11月1日，何腾蛟传檄出师，督官军马进忠、卢鼎、王允成等部，从岳州(今湖南岳阳)进攻武昌。督堵胤锡随李过、高一功的忠贞营进攻荆州。监军张家玉忠贞营由松滋渡江，占领荆门、夷陵，包围荆州。在此声势下，两湖抗清义军纷起。十二月，忠贞营分出刘体纯部北伐，进占宜城，火烧樊城，围攻襄阳。随后，刘体纯部进攻光化(今湖北老河口北)、均州(今湖北丹江口西)、邓州，攻陷内乡，接着挥师西进，破竹林关入陕，于次年二三月间攻占山阳、商州，试图与围攻西安的大顺军贺珍部会合。

西北清军主力定西大将军何洛会于商洛地区击败刘体纯部。在忠贞营围攻荆州、刘体纯部北伐之际，清新任湖川总督罗绣锦亲自至荆州督战，征南大将军勒克德浑同镇国将军巩阿岱、固山额真叶臣，亦率八旗精锐，于十二月十八日自江宁(今江苏南京)急赴湖广。

隆武二年(1646年)正月二十日，忠贞营向荆州发动总攻，2月三日，城将被攻陷时，情况骤变，由于何腾蛟已于三日前弃岳州南逃，勒克德浑统率之清军船队横渡洞庭，突至荆州城外忠贞营后方，两翼包抄。忠贞营遭毁灭性打击，刘芳亮战死，李过率部突围，田见秀降清，堵胤锡逃回常德。隆武二年(1646年)八月，集于隆武朝廷旗下之南明诸军，已先后为清军击败，隆武政权岌岌可危。何腾蛟得到李自成军数十万，十五日，清廷命恭顺王孔有德为平南大将军，率领怀顺王耿仲明、续顺公沈志祥、右翼固山额真金砺、右翼梅勒章京屯泰，率军往征湖广及两广，以彻底摧毁隆武政权。

参见：清灭南明隆武政权之战

二十日，又命智顺王尚可喜统所部协征。此次用兵，将以往以满蒙八旗为主而改为以汉军为主。九月，由浙江入闽的平南大将军博洛所部，灭隆武政权。

十一月，明桂王朱由榔称帝于肇庆，是为永历政权。于是湖南明军又于永历旗下，继续抗清。多尔衮命令平南大将军、多罗贝勒勒克德浑率军疾速驰援湖广。正月初十日，勒克德浑抵达武昌，派护军统领博尔惠领兵南下岳州迎击何腾蛟、章旷部，自己则统率主力直扑荆州解围。驻守岳州的马进忠、王允才、卢鼎、王进才听说满洲八旗主力过来，立即弃城而逃，岳州副将马蛟麟则留下向清军献城投降。四年二月二十五日，孔有德部攻陷长沙，次日又陷湘阴，隆武朝湖南总督何腾蛟、总兵王进才撤走。孔有德遣梅勒章京卓罗、蓝拜等追击，将王进才部击败。

清军侦知隆武朝平尚伯黄朝选拥众13万，屯于燕子窝。孔有德亲率蓝拜、屯泰等，由湘江水路进至渌口(今湖南株洲)，击破屯于北岸的南明军。乘胜追击，于四月十二日攻占衡州(今湖南衡阳)，黄朝选降后被杀。智顺王尚可喜、梅勒章京卓罗等由陆路进至渚州(今株洲)，遇南明总兵徐松节引马步兵1.3万逸去，便尾追，击败之。这时，南明总兵杨国栋乘长沙清军兵力空虚，攻进长沙。孔有德急令怀顺王耿仲明、固山额真金砺、梅勒章京卓罗等，率部由衡州走水路，疾回长沙。杨国栋率军于城外天津湖阻击清军，被击败，遂由牛皮滩撤入城内，拥兵7000，水陆迎战。

清军击败杨国栋，重占长沙。之后，孔有德以长沙为基地，留固山额真金砺等守衡州，派遣两路清军占领湖南各地。西路由孔有德与怀顺王耿仲明、梅勒章京卓罗率领，先破祁阳，杀南明总兵l员、副将1员、马步兵7000。再克宝庆(今湖南邵阳)，斩南明军3.2万。

八月，清军侦知南明永历帝朱由榔据武冈，便连夜疾进。孔有德令梅勒章京黑成功、协领渥赫纳等为前队，在武冈附近先破南明军木城，斩南明监军道1员、总兵以下将领100余员、马步兵1万，后于夕阳桥击败明安国公刘承荫所领1.8万南明军的拦截，刘承荫降。当清军进抵武冈时，朱由榔已逃离。南路清军由智顺王尚可喜、梅勒章京蓝拜率领，趋桂阳(今属湖南)。途中，侦知南明郝摇旗所部1400人，聚于翔凤铺，尚可喜令护军统领线国安、协领苏郎等，击败之。

当清军进抵桂阳，原围桂阳之南明军已撤走。尚可喜便令蓝拜等趋道州(今湖南道县)，进攻郝摇旗部，郝部逸去；又遣线国安等趋靖州，追缉永历帝朱由榔。时南明总兵萧旷、姚有性拥明军1000、土司兵2000，据守靖州。清军破城，生俘萧旷、姚有性。南明侍郎盖光英等领土司兵1.4万，进攻清营，欲夺回肖、姚，被清军击败。接着，尚可喜率部趋沅州(今湖南芷江)，闻南明张宪弼部下分立五营于黔阳(今湖南怀化与会同之间，芷江东南)，便令蓝拜等往围黔阳。

南明军7000出城迎战，被清军击败。八月间，清军至沅州，张宪弼拥兵3万，出城拒战，被击败。清军遂克沅州。二月至八月，孔有德率清军基本上平定湖南。