顺治二年(1645年)闰六月至四年(1647年)十月，是清军攻灭南明隆武政权的作战。

顺治二年（1645年，弘光元年）闰六月，明唐王朱聿键于福州称帝，改元隆武，改福建布政司称福京，改福州行在为天兴府，改布政司为行殿，建行在太庙、社稷及唐国宗庙。升郑芝龙为平虏侯、郑鸿逵为定虏侯，封郑芝豹为澄济伯、郑彩为永胜伯。以黄道周为吏部尚书、武英殿大学士，蒋德璟为户部尚书、文渊阁大学士，朱继祚为礼部尚书、东阁大学士，曾樱为工部尚书、东阁大学士，黄鸣俊、李光春、苏观生等人为礼、兵各部左右侍郎兼东阁大学士。隆武政权辖郑芝龙、黄道周、黄斌卿等部军事力量，据闽、湘等省之部分地区。

七月，黄道周率兵1000出师江西抗清，后于婺源(今安徽婺源北)被清军诱歼。八月，隆武朝廷议战守，决计以郑芝豹为前军左都督，防守仙霞关(浙闽交界处)外170处要隘；以黄斌卿为兵马招讨总兵官，率水师屯舟山，并决定翌年春进兵，一出浙东、一出江右，以抗清军。时清廷下令剃发，引起民族矛盾激化。九十月间，活动于湖广地区的大顺农民军余部，先后与隆武朝湖南总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤锡达成盟约，联合抗清，这使虚弱的南明骤得劲助，形势为之一变。

十一月初一日，何腾蛟传檄出师，督官军马进忠、卢鼎、王允成等部，从岳州(今湖南岳阳)进攻武昌。堵胤锡随李过、一功的忠贞营进攻荆州。监军张家玉于许湾(今江西抚州东南河盱江东岸)大败清军，清军步兵5000人死伤殆尽，骑兵舍马渡河，亦溺死过半。时称“隆武朝第一战功”。忠贞营由松滋(今湖北松滋北)渡江，占领荆门(今属湖北)、夷陵，包围荆州(今湖北江陵)。在此声势下，两湖抗清义军纷起。十二月，忠贞营分出刘体纯部北伐，进占宜城(今属湖北)，火烧樊城(今湖北襄樊北)，围攻襄阳(今湖北襄樊)。随后，刘体纯部进攻光化(今湖北老河口北)、均州(今湖北均县西)、邓州(今河南邓县)，攻陷内乡(今属河南)；接着挥师西进，破竹林关入陕，于次年二三月间攻占山阳(今属陕西)、商州(今陕西商县)，试图与围攻西安的大顺军贺珍部会合。

西北清军主力定西大将军何洛会于商洛地区击败刘体纯部。在忠贞营围攻荆州、刘体纯部北伐之际，清新任湖川总督罗锦绣亲自至荆州督战，征南大将军勒克德浑同镇国将军巩阿岱、固山额真叶臣，亦率八旗精锐，于十二月十八日自江宁(今江苏南京)急赴湖广。

顺治三年(1646年，隆武二年)正月二十日，忠贞营向荆州发动总攻，2月三日，城将被攻陷时，情况骤变，由于何腾蛟已于三日前弃岳州南逃，勒克德浑统率之清军船队横渡洞庭，突至荆州城外忠贞营后方，两翼包抄。忠贞营遭毁灭性打击，刘芳亮战死，李过率部突围，田见秀降清，堵胤锡逃回常德(今属湖南)。

隆武政权在两湖抗清的同时，在江西以赣州为中心组织抗清。隆武帝改赣州为忠诚府，授守臣杨廷麟为兵部尚书、东阁大学士，命万元吉为总督，入赣协守。杨、万招集民兵2万余人，并联合农民军4万人，隆武帝先后派粤、滇援军及广西土司兵数万，支援赣州。

顺治二年（1645年）九月至次年年初，明军以赣州为基地，先后收复泰和、万安、峡江及吉安府(府治今江西吉安)，声振一时。勒克德浑所率清军主力击败忠贞营、解围荆州后，扑向江西。顺治三年三月二十四日，清军攻克吉安，万元吉退保赣州。五月，清军进逼赣州。杨廷麟自雩都(今江西于都)调4万兵至，赣州巡抚刘广胤自宁都募兵2千至，俱先后溃散。清军遂围赣州，并分兵东围广信(今江西上绕)。六月，清军从间道窥湖南湘阴，被隆武江北巡抚旷章所部2000人于潼溪(今湖南汨罗北新墙河南岸)击败，损失人、马各千余。这时，浙东地区鲁王政权所在地绍兴被清军攻破，隆武政权镇守闽浙咽喉仙霞关之郑芝龙慌忙撤兵，还安平镇(今福建晋江安海镇)，郑鸿逵逃回福建浦城。七月初十日，征南大将军勒克德浑班师回京。

参见：孔有德平湖南之战、博洛平福建之战

八月十五日，清廷命恭顺王孔有德为平南大将军，与怀顺王耿仲明、续顺公沈志祥、右翼固山额真金砺、右翼梅勒章京屯泰，率军往征湖广及两广。二十日，又命智顺王尚可喜统所部协征。其作战部署为，先定湖广，次定赣南，然后入广东，镇守一方。与此同时，平南大将军博洛于平定浙江后，挥师南下，进入福建。因郑芝龙全线撤兵，博洛率清军得以于八月间取浦城，从容进入福建。隆武帝朱聿键闻讯，自延平(今福建南平)往汀州(今福建长汀)，企图奔赣州。八月二十四日，清军由延平兵分两路，一路由博洛统率，直取福州；一路由李成栋导引，追击隆武帝。

二十八日，朱聿键被清军俘杀，隆武政权亡。九月十九日，清军至福州。十月四日，赣州被清军攻破，杨廷麟、万元吉等均自杀。