十一月，授吴淞总兵，李成栋率军攻克崇明，明朝故官
荆本彻被迫逃往海上。李成栋又目睹并参与了多铎和张存仁领导制造的“
嘉定三屠”，屠杀平民10万人。
十月，博洛以
佟养甲为署
两广总督，李成栋为署两广提督，合军进攻广东。南明唐王
朱聿键之弟
朱聿鐭占据广州，桂王
朱由榔占据肇庆，李成栋攻克惠州、潮州，缴获惠潮道官印。然后用官印，修书广州，报告一切安全，让广州不设防备。李成栋让人假扮商人，偷袭攻克广州城，擒杀朱聿鐭及明朝宗室王世子十三人。
顺治四年（1647年），朱由榔退入广西，大学士
陈子壮、尚书
张家玉仍坚持在肇庆、三水、新宁、东莞、新安一带抗清，李成栋与佟养甲依次攻克。佟养甲令李成栋进入广西，攻克梧州，并命部将
杜永和杀死乞降的南明大学士
丁魁楚于岑溪，夺其财产，招抚浔州、平乐，南明总兵李承志、
李明忠皆献城投降。
李成栋率军直指桂林，扎营北门，朱由榔派
瞿式耜坚守城池，久攻不下。这时，甘竹滩反清义士余龙联络陈子壮、张家玉攻打肇庆、广州。佟养甲在广州告急，李成栋收兵回援，击杀陈子壮、张家玉。
六月，授广东提督，加
左都督衔。李成栋与佟养甲共同平定广东，以部众争功，渐生嫌隙。佟养甲奉诏总督两广，而李成栋只提督广东，李成栋因此怀疑佟养甲故意压制自己。布政使
袁彭年暗中劝李成栋叛乱。
顺治五年（1648年）正月，反清的江西提督
金声桓修书招降李成栋。此时，赣州守将
高进库告急于广州，佟养甲令李成栋支援。袁彭年故意不发饷，而佟养甲催促甚急，于是李成栋率众反清，归附
永历帝朱由榔，将
朱由榔迎接到广东。
朱由榔授李成栋惠国公，李成栋诛杀佟养甲、巡按
刘显名、潮州总兵车任重等人，于是广东均归附大明。八月，朱由榔至肇庆，封李成栋之子
李元胤锦衣卫指挥使，
杜永和伯爵，袁彭年为
左都御史。
袁彭年勾结
刘湘客、
丁时魁、
金堡、
蒙正发在永历朝廷擅权，号称“五虎”，倚靠李元允为助力，号称“护法
韦陀”。
九月，李成栋率众十余万分兵出信丰、南安，进攻赣州，
南赣巡抚刘武元、总兵
胡有升连破李成栋数营，李成栋退守信丰。
顺治六年（1649年），清军攻克南昌，杀害同样反清复明的
金声桓，乘胜包围信丰。
副都统觉善首先攻破信丰，守军溃败，清军追击，李成栋坠马淹死。
在波澜壮阔、血肉横飞的明、清交替之际，唯独有一个人的一生历程难以用“忠”或“奸”加以定夺，更难以用“好”或“坏”来对他个人加以形容——在清廷豫亲王
多铎和兵部尚书
张存仁、大学士议政大臣
范文程等人一手制造的“扬州十日”大屠杀中，有他为清兵卖力杀戮的前驱身影。在多铎、张存仁和范文程主导的“
嘉定三屠”，由于李成栋背叛清朝，在清廷和修史中失去话语权。被诬陷为完全是由他一人屠刀上举发号施令而造成的惨剧，而扬州十日和嘉定三屠之后，李成栋没有受到清廷处罚，也意味着他对这两件惨案的持否定态度。他是击灭南明诸帝之一——隆武帝
朱聿键的“首功”之将，还是生擒
朱聿鐭的“不替”功臣，又是为清朝夺取江浙、福建、两广等广大地区的第一功臣；不可思议的是，也恰恰是忽然之间，这个人“良心发现”，摇身一变，又成为永历帝的不贰忠臣，与金声恒、王得仁一起在南中国“反正”，重新成为明朝的“忠臣义士”，而且蹈死不顾，死而后已。为报答一位红颜之死，这位曾经杀人不眨眼的三心二意的将军，最后竟能置安危于不顾，乱流趋敌，赴水而亡，被永历帝亲口谥“忠武”二字，赠太傅、宁夏王——这个人，就是臭名昭著、大名鼎鼎、难以定论的明末大人物李成栋。（大明朝的另类史 欲望膨胀时代的人性表演）
九月，上遂幸肇庆。成栋修行阙，庇官署，饬城谍，具防卫，朝廷始有章纪。上至肇庆，成栋与宾客习所以奏对，述已忠捆者备悉。及见，上温颜接之，赐坐，慰问再四。成栋俯首战栗唯唯，起，叩头趋出。客问：“公今日何无一语奏对耶？”成栋曰：“吾武人，容止声音，虽禁抑之，犹觉勃勃，更为之言说，动上听睹，将无非人臣礼乎！”
时
马吉翔交内侍夏国祥，以中旨进退九卿台省。成栋闻之，密疏上言：“恩威不出陛下而出旁门，宰相不能执票拟之权，匪人滥进，货贿公行，臣恐朝廷威福穷而阃外亦无所奉系。社稷存亡之大，非细故也，臣不敢不言，而不敢昌言以涉遥制朝权之逆迹。乞陛下留此疏于宫中，清晏则取而视之，裁恩幸，定黜陟，伸威令，臣虽死沙场，固所深愿而不恤也！”疏入，吉翔惧，稍
戢。