佟养甲（？-1648年），辽东抚顺人，隶属汉军正蓝旗，祖籍满洲佟佳，明清之际官员。

佟养甲之父佟拱随族人佟养正等归附后金，隶属汉军正蓝旗。清太宗皇太极时，入直内院理事。

顺治元年（1644），随顺治帝入关。顺治二年（1645），授总兵官衔，随贝勒博洛率师南征。顺治三年（1646），下杭州，平福建。十月，加巡抚广东衔，署两广总督事。与署提督李成栋率兵定广东。

明唐王朱聿键弟朱聿鐭据广州，建立南明绍武政权。佟养甲与李成栋定惠州、潮州二府，直取广州，令前锋军悉用红帕裹首，伪装广州援兵状，以惠潮道印为文书欺骗南明守军，夺门而入，擒其诸王、世子十三人。

接着与李成栋和议，以南雄、韶州两郡连控江楚，肇庆为两粤咽喉，梧州为粤西门户，宜先抚南韶以通江右之援，定肇庆以扼两粤之吭，取梧州以固肇庆之籓，乃檄总兵叶承恩及副将李仰臣兵进南韶，李成栋兵进肇庆，皆授策剿抚，三郡悉平。

明朝阁部丁魁楚拥立明桂王朱由榔自肇庆窜梧州，佟养甲复令李成栋移兵进剿，丁魁楚等皆遁走，遂下梧州。分遣总兵徐国栋取高、雷、廉、琼四府，佟养甲自驻广州，招降海上四姓的首领郑昌。

顺治四年（1647），佟养甲加兵部尚书衔，实授总督，兼任广东巡抚。当时标营将士调遣四出，广州驻兵仅存百余人，海贼马元生、石璧、徐贵相及白旗贼黄信林芳等窥伺兵力单弱，集聚数万突犯广州，佟养甲督令官兵守陴，躬冒矢石，扼守太平门关外桥梁，鼓励乡勇力战杀贼，阵斩数百级，生擒百余人，余贼遁入海。寻偕李成栋率兵徇增城、顺德、东莞、三水、新宁诸邑，皆就剿抚。明总兵李承志、李明忠以平乐、浔州二郡兵来降，即令收定左江、右江诸路。六月，招降明赵王后裔朱由棪及其将李士琏。七月，明阁部陈子壮、尚书张家玉率万余进攻广州，指挥杨可观将以城为内应，佟养甲伺其谋，擒斩之，督兵守御，李成栋亦以兵赴剿，焚贼舟，贼遁。越六日，复来犯，又败之。

当时广州初定，监司、守令还没有及时任命，佟养甲上书请求广东布政使耿献忠为广西巡抚，接着谨慎选拔廉吏，请旨任用。又请求移大同兵五千人至两广，以增加防剿力量。其频年随征士卒增给资粮，以示优恤。凡新降将卒才勇者，或留营训练，或分驻要隘，余令归农。会部议徵顺治三年额银四分之一以给饷，佟养甲言粤省连遭寇掠，请缓至顺治四年为始。诸疏并下，部议行。先是雷、廉二郡珠池每岁例遣官开采，佟养甲以地险费繁，恐伤民力，请罢其役，得旨允。

时明桂王朱由榔据桂林，两广人心观望，有潜附朱由榔党属。孙可望入滇黔为寇者，佟养甲策遣将士进攻朱由榔疏，请造弓矢火器备战具，分遣禁旅，进剿云南、贵州。上以广西未定，而恭顺王孔有德已奉诏军湖南，防剿孙可望，特谕佟养甲悉心安辑两广，所请俟孔有德疏报再议。

顺治五年（1648）闰四月，李成栋据南雄叛，受朱由榔封爵，与江西叛镇金声桓互为声援。佟养甲移书赣州守将策应，书为李成栋所获，益恨之，乃以兵四百人劫持了佟养甲，拥至肇庆，密使其党张祥杀之。事闻，清廷赠佟养甲太子少保，荫一子入国子监，予祭葬，入祀昭忠祠及广东名宦祠。

崇祯十七年（顺治元年，1644年），清军击败李自成，占领北京。佟养甲参与了倾覆南明弘光政权、占领南京之战。随后，被清廷任命为主帅，与明朝降将李成栋一起，进军福建，摧毁南明隆武政权。

顺治三年（1646年）冬，佟养甲与李成栋奇袭广州得手，短时间内消灭了广州的南明绍武政权。缘此，佟养甲被清廷任命为两广总督，李成栋为他麾下的提督。佟养甲在广州任上对外对付广西尚有相当实力的南明永历政权，对内更须弹压遍布广东境内彼伏此起的抗清义军。

两广交界处的合浦，是珍珠著名产区，历朝地方官府均强逼疍户下海采珠进贡朝廷，千百年来，因这项苛政而丧命者不计其数。佟养甲特上奏章，呼吁废止，清廷接纳，下诏停采。

1577年，葡萄牙“租借”澳门，至1640年，因产生诸多纠纷，明朝颁谕，严禁澳门葡人再进广州贸易。佟养甲为解决战乱时期的财政困难，上奏清廷，建议恢复葡人到广州做生意的旧例。

明末政治腐败，广州城墙长久失修。在财政极度困难的条件下，佟养甲筑成东西两翼新城墙，为广州提供了安全保障。