耿继茂（？-1671年），辽东人，靖南王耿仲明之子，清初三藩之一。

顺治初，授子爵。顺治六年（1649），随父耿仲明征广东，耿仲明死，耿继茂代领部众，随平南王尚可喜进征，攻克南雄、韶州、广州，分兵平肇庆、罗定、高州、雷州。

顺治八年（1651）四月，顺治帝命耿继茂袭父靖南王爵。顺治九年（1652），南明桂王朱由榔部将李定国犯广西，桂林陷落，孔有德战死，耿继茂同尚可喜遣兵赴援，恢复梧州、南宁、平乐、浔州、横州。

顺治十年（1653），潮州总兵郝尚久据城叛，耿继茂同靖南将军喀喀木、丰顺总兵吴六奇进剿，围城逾月，招降贼将王立功使为内应，遂树云梯登城，殱贼无算，郝尚久投井死，潮州及饶平、揭阳、澄海、普宁诸邑悉平。

顺治十一年（1654），李定国寇扰高、雷、亷三府，进围新会。耿继茂同尚可喜及靖南将军珠玛喇击走之，李定国遁据南宁，复犯横州，耿继茂统兵由梧州至横州，击走南明军队，进剿南宁，李定国远窜。

顺治十三年（1656），赐敕纪功，岁增藩俸千两。初耿继茂与尚可喜攻下广州，怒其民久相抗，凡丁壮辄诛戮，即城中驻兵牧马，营造靖南、平南两藩府，东西相望。耿继茂尤汰侈，广征材木，采巨石于高要县之七星岩，工役无限制，复创设市井私税，民苦之。会布政使胡章自山东调广东，行至江西，闻官廨为兵马所占，具疏劾耿继茂、尚可喜纵兵不戢状，耿继茂奏辩曰：“前者我兵围广州九月，被贼炮击锋伤不知，凡几城下之日，即食肉寝皮，未足泄愤，俘絷实多，至部众初虽杂处，旋即移驻北城，未尝久占官廨。”尚可喜辩亦同。胡章坐诬罢任，逾年，高要知县杨雍建内擢给事中，疏陈广东采买滥役私税诸大害，谓一省不堪两藩，请移一藩于他省，疏下所司察议。时贵州、云南初定，经略大学士洪承畴请分驻重兵于要地，于是清廷命耿继茂镇四川，不久改镇广西，皆未及移。

顺治十七年（1660）七月，命移镇福建。时郑成功据金门岛，屡攻闽浙，耿继茂既移镇，与总督李率泰协谋征剿，屡奏捷。

康熙元年（1662），耿继茂侦知郑成功死去，其子郑锦自袭延平王，明郑内部嫌隙渐生，遵旨相机剿抚。不久即招降郑成功族兄总管郑泰，郑泰遣中军杨来嘉赴漳州献其敕印，郑成功弟郑世袭、都督郑赓、杨富、陈宗率明郑官员数百、兵众数千降。

康熙二年（1663）十月，耿继茂同李率泰督兵渡海，攻克厦门，明郑军惊溃。水师提督施琅以所募荷兰国夹板船邀击之，斩级千余，乘胜取浯屿、金门二岛。郑锦与周全斌等遁走铜山，再率明郑军突犯云霄、陆鳌诸卫，总兵王进功率兵与战，斩杀过半，破明郑于下蔡，明郑军悉堕水死。明郑将领张杰、吴盛率兵民来归。

康熙三年（1664）三月，耿继茂复与李率泰、王进功及海澄公黄梧统兵至八尺门，由海道拔铜山明郑军营，郑锦集舰数十遁台湾，其余明郑军或斩或降，获战舰军器无算。捷闻，得旨嘉奖，复加岁俸千两。

康熙十年（1671）正月，疏陈疾剧，请以长子耿精忠代理藩务得旨俞允。五月，卒，赐祭葬如例，谥忠敏。