国民政府时期，忠烈祠的肇建源于纪念1931年九一八事变后抵抗日本侵略而殉国的将士。国民政府内政部于1933年9月13日颁布了第一个相关法令《烈士附祠办法》。1936年5月，国民政府军事委员会又制定《历次阵亡残废受伤革命军人特别优恤办法全案》，在所附的《各县设立忠烈祠办法》中正式使用“忠烈祠”一词。

中国历代对忠臣烈士即有设祠奉祀，或曰忠烈庙、忠烈祠、昭忠祠、褒忠祠等，祠名为皇帝封赐。

国民政府于全面对日本抗战之前，即有设祠奉祀烈士的规划。1936年，国民政府军事委员会公布“历次阵亡残废受伤革命军人特别优续办法全案”，其中正式提出“各县设置忠烈祠办法”。1940年由蒋中正指示，国民政府公布“抗敌殉难忠烈官民祠祀及建立纪念坊碑办法大纲”、“忠烈祠设立及保管办法”。所奉祀对象涵盖自辛亥革命以来，北伐、剿赤等抗敌烈士，然以当时情势，实以抗日牺牲官民为主要对象。

据1942年内政部统计，当时中国大陆已有六百多县市设立忠烈祠，多由旧日关帝庙、武侯祠、城隍庙等改建，附加祭祀。至于“首都忠烈祠”则因对日抗战，甚至直至国民政府迁台以前，始终无法建成。

圆山忠烈祠

1969年，改为国民革命忠烈祠。位于台北市圆山，一般习称圆山忠烈祠，或台北忠烈祠，原址为“台湾护国神社”。原依“国民革命忠烈祠入祀办法”设置、管理，该法于2001年12月废止，改依“忠烈祠祀办法”，入祀烈士经台湾防务部门造册报请台湾当局领导人明令行之。该祠奉祀殉职官兵共卅九万余人。 圆山忠烈祠邻近圆山大饭店，祠内由三军仪队担任礼兵驻守，仪队交接仪式，操枪动作大约四十分钟，成为台北特别的观光景点。1978年，台湾防务部门公布“国民革命忠烈祠入祀办法”。得入祀者除国民革命各次起义烈士外，包含讨袁、护法、东征、北伐、剿匪、讨逆、抗战及勘乱等，各次战役阵亡或殉职者。而同年，台湾当局领导人蒋中正又批示应将日据时期抗日的烈士加以列入。包含简大狮、柯铁、罗福星、莫那鲁道、花冈一郎、余清芳、罗俊、吴汤兴、姜绍祖、徐骧、林昆岗等纷纷列入。

台湾相继解除戒严、终止动员戡乱时期后，海峡两岸原本的形势有所改变，不在定位为内战状态，原本彰表为国牺牲的时代气氛已不同，忠烈祠定位逐渐转型。于是将殉职员警、消防、民防等人员，以及相关公务殉职人员也列入可以申请入祀对象。

台北市忠烈祠

位于台北市南港台北市军人公墓，1969年由当时行台湾地区行政管理机构负责人蒋经国指示成立，为军人公墓祭殿。2003年入祀中法战争清军烈士。

高雄市忠烈祠

位于高雄市寿山，为“高雄神社”改建。日据时期，寿山下原有“打狗金刀比罗神社”，先后改名为“打狗神社”、“高雄神社”，时久衰朽后，迁建于寿山山腰。1946年改为忠烈祠，初期原貌变动不大。1976年拆除重建为现貌。

基隆市忠烈祠

位于基隆市中正公园山麓，日据时期为“基隆金刀比罗神社”，后改“基隆神社”，战后改建。

台北县忠烈祠

原为中法战争沪尾之役战场，日据时期1939年建立淡水神社，战后改为忠烈祠，1968年改建为宫殿式建筑。 　桃园县忠烈祠

原为桃园神社，于1939年落成，是目前台湾保存最为完好的日式神社建筑。1946年改设为新竹县忠烈祠，举行“台湾革命先烈奉祀式”，将日据时期台湾抗日志士共77名，奉祀于内，其中多数为台湾农民组合与台湾文化协会成员。新竹县、桃园县分设后，改为桃园县忠烈祠，大致保留日据时期木构造和式建筑样貌。1985年一度计划拆除重建，经艺文界及地区居民奔走，而“文化资产保护法”又早于1982年施行，桃园县政府方才予以保留，并筹款重修，现列为第三级古迹。

苗栗县忠烈祠

位于苗栗市猫狸山公园内，猫狸山公园原为纪念罗福星的福星山公园。

台中县忠烈祠

位于丰原市，于921地震中毁坏，2003年重修落成

台中市忠烈祠

台中市忠烈祠牌楼台中市忠烈祠：前身为台中神社，属国币小社，战后，改设忠烈祠，1970年改建为北方宫殿式建筑，现归台中市孔庙忠烈祠联合管理所管理。

彰化县忠烈祠

前身为武德殿演武场，建成于1930年10月18日，战后，改设忠烈祠。1951年台湾文学之父赖和迎祀于其内，1958年因质疑其涉及台共请出忠烈祠，1983年彰化县举行“赖和九十诞辰平反纪念会”，为赖和平反又重新奉祀。另外有员林忠烈祠前身为员林神社，战后附近广辟果园，称为百果山。

云林县忠烈祠

位于斗六市湖山巖。

嘉义市忠烈祠

位于嘉义公园，1915年以桧木建嘉义神社，战后设忠烈祠，1995年火灾焚毁，2000年改建为“射日塔”，基座仍作为忠烈祠。

台南县忠烈祠

原设于新营医院旧址，由神社改建，后迁建于新化镇虎头埤

台南市忠烈祠

前身为“北白川宫能久亲王御遗迹所”，1920年起工改建为台南神社。战后改为忠烈祠，忠烈祠迁于健康路新址后，原址改为台南市立体育馆（体育馆于西元1991年7月拆除）。

高雄县忠烈祠

位于高雄长庚医院附近，高雄县劳工育乐中心及高雄县立棒球场旁。

宜兰县忠烈祠

位于员山乡，前身宜兰神社，原于1905年建于宜兰公园内，建筑日久颓败，迁建于员山。战后改建为忠烈祠。空军通信学校并占用该地附近为眷村，称为护国新村，1996年忠烈祠重建完成，眷村亦拆迁。建筑为闽南式，融合现代元素。

花莲县忠烈祠

位于美仑山，原为花莲港神社，1981年改为北方式宫殿建筑。

台东县忠烈祠

位于鲤鱼山，原为台东神社。

澎湖县忠烈祠

原建于澎湖神社旧址，后迁至澎湖县文化中心旁。

金门县忠烈祠

1953年由胡琏将军修筑太武山军人公墓、忠烈祠，2004年内政部与金门县政府共同改建完成。

通霄忠烈祠

位于苗栗通霄虎头山，原为通霄神社，建于1937年，战后改为忠烈祠，主体建筑毁于921地震，重修后，苗栗县政府列为历史建筑。

铁砧山郑成功庙

位于台中县大甲镇铁砧山。原奉祀郑成功，称国姓庙或开台圣王庙，原建于清代，1947年当地人士出资重建，1957年台中县政府将郑成功庙与忠烈祠合并设立。

国民革命忠烈祠与各县市忠烈祠祭祀对象不尽相同，各县市忠烈祠入祀烈士人数也不一，主要祭祀原籍出身、殉难或功绩彰显于当地者，整体而言涵盖下列数种：

中华民国开国革命烈士：兴中会、同盟会会员，其中以黄花岗之役牺牲烈士为代表。　抗日战争牺牲将士：如张自忠、谢晋元、高志航等人

台湾抗日、抗荷志士：抗荷志士中，郑成功、郭怀一皆在其中。抗日烈士则以苗栗事件、西来庵事件、雾社事件为代表，如莫那鲁道。

国共内战牺牲将士：如张灵甫、王生明

台海战役阵亡将士

殉难公务人员：殉难警察、消防、民防、义勇消防人员或依法执行公务，具忠烈事迹者。

殉难人民：与敌方争斗，协助军方，具忠贞事迹者。

忠烈祠入祀对象，反映国民政府对于历史诠释的观点。台湾抗日志士入祀，便几经争论，其中多涉及日据时期左翼政治运动等意识型态纠缠，比如被誉为台湾文学的“奶母”的赖和，他的牌位也因此历经入祀、撤祀又入祀。　涉及台湾白色恐怖时期的已故将领也有入祀忠烈祠，例如1947年3月间，于二二八事件负责清乡的当时七位绥靖区司令中，入祀忠烈祠的就有彭孟缉、史宏熹与史文桂等三位。此作风让人联想到战犯入祀靖国神社，因此引发一定不满。 但实际上，靖国神社除了战犯以外，在过去就一直供奉一些与当权者敌对的亡者，而忠烈祠却无此传统。有人认为，国共内战期间，牺牲的台籍国军，以及在二二八事件中消逝的台籍菁英，虽然比起大多数的入祀者跟台湾更有密切关系，不应受限于政治因素影响，未能于忠烈祠受到正式的追祀。不过持这看法的人士可能同时认为，第二次世界大战期间，当时身为大日本帝国国民的台湾人，有一些成为台籍日本兵，而其中有少数也成为战犯，而这些战犯以不入祀为宜。理由是不能崇拜残害无辜的战犯。

1990年代后，台湾忠烈祠的入祀对象已不限于殉职军人，如于台北市私立健康幼稚园游览车火烧车意外事件中牺牲的林靖娟老师；侦缉白晓燕命案殉职的员警曹立民、因防治SARS（非典型性肺炎）殉职的高雄长庚医院住院医师林永祥、台北市和平医院护理长陈静秋、护理师林佳铃、医检师蔡巧妙、工友陈吕丽玉、杨淑媜；仁济医院护士胡贵芳，及消防局替代役男郭国展等人皆入祀忠烈祠。

在所有能入忠烈祠奉祀的人员当中以郑成功最为特殊，清代治理台湾，原本压抑关于明郑的历史记忆，郑氏被视为叛逆，清末逐渐改变郑成功定位为“明室遗臣”，同意建祠祭祀。日据之后，由于郑成功具有日本血统，所建神社亦有祀奉郑成功，做为拉拢、教化台人的象征。战后，又将其视为抗荷志士、民族英雄，大力标举，部份地方将其祀奉于忠烈祠中。

圆山忠烈祠的牌坊初期，台湾许多忠烈祠仍保留日本神社大部原貌。1960年代中期，中国大陆掀起文化大革命风潮，铲除旧有文化。中国台湾地区政府遂于台湾发起中华文化复兴运动，1966年颁布“中华文化复兴运动纲要”，中国古典式样新建筑再度兴起，各地忠烈祠与孔庙即为此一时期的建筑代表。1972年日本与中国台湾地区政府断交，一时之间，台湾各级政府机关更大力排除日据时期残留建筑、象征符号，磨去日本天皇年号，相关徽志，改为“民国”年号、国徽等。许多忠烈祠纷纷改建，以钢筋水泥仿照中国北方宫殿形式建筑，覆盖青色或黄色琉璃瓦。

一般而言，忠烈祠建筑会包括牌坊、山门、前殿、正殿、纪念碑、烈士文物陈列室等主体建筑，另外还有凉亭、花园等造景。由神社改建者，部分仍可见得残存遗迹，如狛犬、石灯笼、鸟居、手水舍、社务所等，不一而足。

位于北京先农坛内，原名太岁殿，又名太岁坛，是祭祀太岁神（木星，主宰一岁农时地利之神）及春夏秋冬等自然神灵的地方，太岁神是传说中的值年之神，皇帝须每年到此祭祀，逢水旱之年或出征、凯旋时亦遣官祭祀。太岁殿建于嘉靖十一年(1532)。该殿面阔52米，进深24米，坐北朝南，黑琉璃筒瓦绿剪边，外额枋为和玺彩画，内额枋为旋子彩画，流光溢彩美丽动人。1900年八国联军侵入北京后，先农坛成为美国兵营，司令部设在太岁殿。1913年元旦，先农坛首次对外开放。1914年民国政府制订忠烈祠祭礼，设忠烈祠于太岁殿，祭祀黄花岗七十二烈士。是近代最早的忠烈祠。解放后，该建筑物所在园区被划作学校校舍。20世纪90年代对太岁殿等建筑进行大规模修葺，建成北京古代建筑博物馆。

国民党退据台湾后，于1969年在台北圆山重建忠烈祠，仍祭祀黄花岗七十二烈士。

南岳忠烈祠

南岳忠烈祠位于湖南衡阳市距南岳古镇4公里处，这里峰峦错峙，松柏掩映，溪水环抱，公路盘纤，既山重水复，亦爽垲向阳，是理想的建祠之所。整座祠宇坐北朝南，中轴线上，按前低后高地形布局，依次为牌坊、七·七纪念碑、纪念堂、纪念亭和享堂，除纪念碑、纪念亭为纯石结构外，其余皆为石墙碧瓦，单檐翘角。 烈字少一点，胜利快一点：享堂神殿，是忠烈祠最主要的建筑，位于石阶尽处，飞檐翘角，石墙碧瓦，气势宏伟。正门上是蒋介石亲笔书写的“忠烈祠”匾额，其中“烈”字下面少了一点。

据载，忠烈祠始建于1939年，“第一次南岳军事会议”期间，许多将领提到阵亡官兵多“暴尸战场”，不能掩埋，言者伤心，听者敛容，蒋介石对此异常痛心，嘱咐陈诚、薜岳主修忠烈祠。期间战事激烈，修建工作时断时续，至1943年6月全部竣工时，以身殉国的民族英烈已是不计其数，其中仅少将以上的高级将官就有35名之多。蒋介石作为抗战最高指挥官，题写匾额时，思及此情此景，将“烈”字刻意少写一点，寓以“烈士少一点，胜利快一点”之意。

古语说，“时穷节乃现，危难出英雄”，英雄辈出的时候，也正是生灵涂炭，民不聊生之时，抗战早日结束，战士解甲，铸剑为犁，应是当日四万万人民的心声吧！

长沙忠烈祠

位于岳麓山赫石坡岳王亭下方。建于民国28年(1939)，为纪念国民政府第四路军抗日阵亡将士而修。坐西向东，有花岗条石台基，平面作长方形，面阔3间，进深2间，建筑面积206平方米，花岗石柱，歇山顶

腾冲忠烈祠

位于云南腾冲县的国殇墓园内，建成于1945年7月7日，供奉抗日战争时期中国远征军第二十集团军攻克腾冲战斗中阵亡将士。

抗战爆发后，中国军民同胞在抵抗日本侵略的过程中做出巨大牺牲，为表彰为国捐躯的先烈，1938年8月，四川省政府奉行政院之规定：各县 “抗战烈士一律入祀县烈士祠。”“尚未设立忠烈祠之县份应即按照该颁办法（《各县设立忠烈祠办法》）普遍设立，将隶属各该县原籍抗战烈士一律入祠，以慰忠魂。”