中国人民解放军新疆军区成立于1949年12月，时为二级军区，隶属
西北军区建制。1955年5月升格为大军区，直属
中央军事委员会领导。
1949年12月17日，以
中国人民解放军第一兵团为基础于
迪化（今
乌鲁木齐）组建新疆军区，当时为二级
军区，隶属
中国人民解放军第一野战军暨
西北军区建制。司令员兼政治委员为
彭德怀，副司令员为
王震、
陶峙岳、赛福鼎，参谋长为
张希钦，政治部主任为
徐立清。时辖中国人民解放军第二十二兵团、迪化军区、伊犁军区、喀什军区，隶属西北军区建制。
1950年2月，新疆军区成立喀什军区、迪化军区和伊犁军区，分别由
中国人民解放军第2军、
中国人民解放军第6军和
中国人民解放军第5军兼，为三级军区。
现隶属陆军建制，管辖范围为
新疆维吾尔自治区和
西藏自治区的
阿里地区，是新疆（含西藏阿里）的军事指挥机关，同时是中国共产党新疆维吾尔自治区委员会的军事工作部门兼
新疆维吾尔自治区人民政府的兵役工作机构，受陆军和新疆维吾尔自治区党委、政府
双重领导。