顺治十年(1653),擢镶红旗汉军副都统。顺治十二年(1655),兼任
户部侍郎。
顺治十三年(1656),擢本旗
都统。同宁海大将军
伊尔德征盘踞在
浙江的
南明鲁王朱以海,由
宁波乘舟趋
定海,伪伯
阮进、伪
总兵胡自庆等率众列舰于衡水洋。清军进击敌军,柯永蓁跃入贼舰,斩胡自庆,余贼望风披靡。诸军并进,斩阮进及伪
总制陈六御等遂定
舟山。
康熙元年(1661),同靖东将军
济什哈征山东叛贼
于七,贼纠党据
栖霞县岠嵎山,乘夜劫营。柯永蓁射毙三十余人,贼窜遁,复追射毙九十五人,于七窜入海。
康熙十年(1670)三月,授
京口将军。康熙十二年(1672),以擅拨战舰与总兵李廷栋移取家口,为副都统张所养劾奏,罢任。
康熙十三年(1673),起署山东
提督。康熙十六年(1676)十二月,
文登城守兵以给饟迟延,群集县衙,鼓噪刃伤
知县吴阊启。康熙十七年(1677)五月,
左都御史宋德宜参劾柯永蓁平日克减兵粮,纵成骄悍文登兵众鼓噪,又隐匿不报,无异养痈待溃。上命吏、兵二部察议,罢任,革世职,以其弟柯永艺袭柯汝极之一等轻车都尉。