水俣市以发生
水俣病而闻名
日本。水俣病的成因为汞中毒，患者会手足麻痹，甚至步行困难、有运动障碍、失智、听力及言语障碍；重者会发生痉挛、神经错乱，最后死亡，至今仍无有效的治疗法。于1956年左右在水俣市附近发现，经确认后依地得名；与者称第二水俣病（或称新泻水俣病）、
痛痛病、
四日市哮喘并列为
日本四大公害病。
1908年日本
窒素肥料（现已更名为窒素化学公司）设置水俣工厂以来，水俣市便依靠其开始快速发展，甚至可以说是一个企业城下町。但该工厂长期将含有的甲基汞的废水排入海中，造成海中生物受到污染，居民又因为捕食海中鱼类而造成水银中毒，全市人口中约有四分之一受害。