万历六年（1578年）二月，刑部尚书
严清札委时任刑部郎中的沈九畴等人，“将各条例及《
大明令》，《大明会典》，累朝诏赦，宗藩军政条例，漕运议单，并节年各衙门题准事例，凡有关于刑名者，均查明本律，参酌校勘，誊写三十余部，咨请各部院堂上宫及六科，公同酌议。”
万历十五年（1587年）夏，沈九畴任江西提学副使，倡导重修正学书院，得到巡抚
陈有年、庄国侦以及御史
孙旬、朱鸿漠、祝太舟的关注，下文让
南昌知府范来从民间买回地皮，由南昌知县何选、新建知县余梦鲤负责招集工匠进行重建。
《重建正学书院记》，叙述沈九畴建议重建正学书院事，记中称正学书院规模“壮于
旧贯”。