环状RNA(circRNA)是一类特殊的非编码
RNA分子(在活体中有时也有表达),也是RNA领域最新的研究热点。
发现
在经典的
基因表达模型(
中心法则)中,由基因组所编码的基因脚本以RNA
碱基玩意:天然生成的环状RNA分子影响了基因表达。
随着测序技术的进步,使得生物学家们累积了大量的RNA序列
数据集,其中一些来自无尾巴的RNA。2012年,
斯坦福大学和霍华德休斯医学研究所的科学家们发表在《Plos One》的一项研究首次证实在
人体细胞的基因表达程序中,环形RNA分子而非线性RNA分子是一个更普遍的特征。
环状RNA在生物体细胞内极其稳定,是治疗人类疾病的热门靶点。其应用潜力非常大,为
生物医药领域开拓了全新的思路。功能较明确的环状RNA既可以作为某些
疾病诊断的
生物标志物,也可以作为某些重要疾病,尤其是
免疫性疾病和
癌症的治疗性靶点,广泛应用于
感染性疾病、
罕见病、
血液病、
肿瘤的治疗,兼具研究和应用价值。
检测与研究
环形
RNA转录早在上世纪90年代就被发现了,但是限于当时的技术和
知识水平,科研工作者并不能对其进行充分而详实的研究。最近发表在《自然·生物技术》上面的文章为我们提供了一个全新的对环形RNA进行研究的方法与认识。最近的研究已经显示,在
哺乳动物细胞中存在多种环形RNA,起作用多为对
miRNA行使功能进行调控。尽管,只有少部分的环形RNA被发现,其中的大部分还是由于RNA的错误剪接产生的,但是,通过这个新方法可以更有效的细胞内的环形RNA进行捕获与检测。同时由于环形RNA在生物体内的重要作用,因此,在可期的未来,环形RNA的研究将会变得非常重要。
影响基因表达
同时发表在《
自然》(Nature)杂志上的这两项研究,揭示出一些环状
RNA充当分子“海绵”,结合并封闭了称作
microRNAs的微小基因
调控子。此外,研究人员推测环状RNA还具有许多其他的功能。研究人员风趣地表示,这些分子构成了一个“隐秘而未知的RNA
平行宇宙”。
这一重要发现再次提醒人们:RNA并不仅仅是
DNA与编码蛋白之间的一个平凡信使。在过去的20年里,研究人员发现了大量的非常规RNA。一些长度意想不到的短,一些则长到令人感到惊讶,而另一些则颠覆常规具有阻止其他RNA链翻译
形成蛋白质的功能。
研究进展
农科院破译环状RNA调控猪产肉性状分子机制
近日,中国农业科学院北京畜牧兽医研究所“猪
基因工程与种质创新团队”和农业
基因组研究所“猪基因组设计育种创新团队”合作,历时3年,开发出环状RNA研究平台,绘制猪环状RNA时空图谱,破译环状RNA对猪产肉性状形成调控机制,并构建首个农业动物的环状
RNA数据库。该成果最近发表在国际基因组领域知名刊物《DNA research》。
唐中林研究员为该文共同
通讯作者,梁国明博士后为第一作者。
研究者从猪脂肪、心肌和肝等9种不同组织以及三个
发育阶段的
骨骼肌中,
系统鉴定5934个环状RNA,
分子特征分析表明猪环状RNA表达具有高度的时空
特异性,与
小鼠和人等物种具有较强的
保守性;30%以上的环状RNA作为miRNA的sponges对
基因表达发挥重要调控作用;发现数百条骨骼肌中特异性丰富表达以及产肉性状相关环状RNA分子。进一步的
功能分析表明:在出生后0-30天,circRNA主要调控骨骼肌的
生长发育和
肌纤维类型转换;30-240天时,circRNA主要调控骨骼肌
糖代谢和
钙离子信号。最后,研究人员构建了circRNA-miRNA-mRNA多维
调控网络和环状RNA数据库。据悉,这是农业动物首张环状RNA的时空图谱和首个数据库。
环状RNA与大脑功能存在关联
尽管上百种环状RNA(circular RNA, circRNA)在
哺乳动物大脑中大量存在,但是一个重要的问题仍未解决:它们实际上发挥着什么作用?在一项新的研究中,来自德国马克斯-德尔布吕克分子医学中心的Nikolaus Rajewsky和他的团队首次将一种circRNA与大脑功能关联在一起。
相关研究结果于2017年8月10日在线发表在Science期刊上,论文标题为“Loss of a mammalian circular RNA locus causes miRNA
deregulation and affects brain function”。
Rajewsky团队提出circRNA至少有时发挥着
基因调节的作用。作为一种较大的单链环状RNA,Cdr1as有大约1500个
核苷酸,可能发挥着像海绵那样吸收
微RNA(microRNA, miRNA)的作用。比如,它为一种被称作miR-7的microRNA提供70多个
结合位点。microRNA是较短的RNA分子,通常结合到
信使RNA(
mRNA)的
互补序列上,因而控制着细胞产生的特定蛋白数量。
在当前的这项研究中,Rajewsky团队与马克斯-德尔布吕克分子医学中心的Carmen Birchmeier实验室合作重新研究了Cdr1as。论文共同第一作者Monika Piwecka说,“这种特定的circRNA能够在
兴奋性神经元中但不在
神经胶质细胞中发现。在小鼠和人类的大脑组织中,存在两种结合到它上的microRNA:miR-7和miR-671。”
接下来,Rajewsky和他的合作者们利用
基因组编辑技术CRISPR/Cas9选择性地剔除小鼠中的一种环状RNA,即Cdr1as。在这些小鼠中,大多数microRNA的表达在4个研究的大脑区域中未被干扰。然而,miR-7下调表达,miR-671上调表达。这些变化是转录后发生的,这就与Cdr1as通常与
细胞质中的这些microRNA相互作用的观点相一致。
2022年7月,专注于国际前沿环状RNA
技术开发新型疫苗及多个新型治疗领域的圆因(北京)生物科技有限公司(以下简称圆因生物)宣布其顺利完成了超2.8亿元的A轮融资。如今,环状RNA技术已成为多家公司的开发重点。