结合酶分子中则除了
多肽链组成的蛋白质，还有非蛋白成分，如金属离子、
铁卟啉或含
B族维生素的小分子
有机物。结合酶的蛋白质部分称为酶蛋白(
apoenzyme)，非蛋白质部分统称为
辅助因子(cofactor)，两者一起组成
全酶(
holoenzyme)；只有全酶才有
催化活性，如果两者分开则
酶活力消失。非蛋白质部分如铁卟啉或含B族维生素的化合物若与酶蛋白以
共价键相连的称为
辅基(prostheticgroup)，用透析或超滤等方法不能使它们与酶蛋白分开；反之两者以
非共价键相连的称为
辅酶(coenzyme)，可用上述方法把两者分开。表4-1为以金属离子作结合酶辅助因子的一些例子。表4-2列出含B族维生素的几种辅酶(基)及其参与的反应。
结合酶中的金属离子有多方面功能：它们可能是
酶活性中心的组成成分，有的可能在稳定酶
分子的构象上起作用，有的可能作为桥梁使酶与底物相连接。辅酶与辅基在
催化反应中作为氢(H+和e)或某些化学基团的载体，起传递氢或化学基团的作用。体内酶的种类很多，但酶的
辅助因子种类并不多，从表4—1中已见到几种酶均用某种相同的金属离子作为
辅助因子的例子，同样的情况亦见于辅酶与辅基，如3-磷酸甘油醛脱氢酶和
乳酸脱氢酶均以
NAD+作为辅酶。
酶催化反应的
特异性决定于酶蛋白部分，而辅酶与辅基的作用是参与具体的
反应过程中氢(H+和e)及一些特殊化学基团的运载。