藤原北家是
藤原四家里后续发展最隆盛的一支。在平安时代初期，
藤原冬嗣取得
嵯峨天皇之信任；另一方面原本繁盛的藤原南家和
藤原式家分别因伊予亲王之变和
药子之变而渐次远离中央政治圈。其后借着与天皇家的姻亲关系、以及垄断庄园累积的雄厚经济实力，在
清和天皇时，
藤原良房以天皇外祖父的身份任
摄政太政大臣；良房养子
藤原基经任
摄政关白太政大臣，开始
摄关政治。
摄关政治到了
藤原道长的时代发展到极盛，他一共有三位女儿进宫为后妃，时人有“一家立三后”的叹语。然而在道长之后，继承的
藤原赖通、教通，其入宫之女儿皆未顺利产下皇子，使得皇位继承权轮到与当时北家较远的
后三条天皇身上。后三条天皇颁布限制设置庄园的命令，且自动退位，以
太上天皇的身份，绕过传统上由摄关把持的朝廷，以影响朝政；后三条之子
白河天皇进一步确立
院政的政治型态，拉拢武士来对抗藤原北家。加上后三条、白河以后，天皇后宫逐渐由北家旁支闲院流所瓜分，自此日本的政治不再由藤原北家独占。
后来进入武家政权的时代，经历
保元之乱、
平治之乱、
源平合战、
承久之乱等战乱影响，武士的地位抬头、朝廷的影响力益衰，北家也迅速远离了主要的政治舞台。
在
摄关政治初期，藤原北家掌权的重要原因是与天皇家的姻亲关系，其所谓的“嫡流”往往视谁能靠姻亲成为摄关决定，即使自身成为摄关，也有可能因子孙无法延续繁衍而被视为旁流，例如
藤原时平、
藤原实赖、
藤原道隆等均如是；相对的
藤原忠平为四男、
藤原师辅为次男、
藤原道长为五男，却因其本人或子孙在后宫与继承人的斗争上得胜，而被视为嫡流。因此形成平安时代早期“藤原北家嫡流都不是
嫡长子”的有趣情况。此外，这个时代的摄政、
关白的职位亦非常设。而在
藤原道长之后，北家开始步入衰退期。自此，摄政与关白的职位反而成为常设，并且确立了由藤原北家独占的传统。可能因为摄政与关白的重要性不如以往，藤原北家的继承状况也不若先前复杂，长男继承的情况开始增加。
在平安时代晚期，
藤原忠通的子孙分为近卫、松殿、九条三家。而后松殿家失势，近卫家分为近卫、鹰司，九条家分为一条、二条、九条。近卫、鹰司、一条、二条、九条五家合称
五摄家，自
镰仓时代至
江户时代为止，除了
丰臣秀吉、
秀次以外，摄政、关白的
职位均由这五家所出。