起初，她与
中纳言藤原绳主结婚，生下三男二女。长女后来进入当时
桓武天皇皇太子安殿亲王的后宫，而药子也成为东宫宣旨。身为一个高级
女官，药子却与安殿亲王有不伦之恋，同时也有与
藤原葛野麻吕私通的传闻。得到这些消息的桓武天皇相当震怒，便将药子从东宫逐出。
806年，桓武天皇驾崩，安殿亲王即位为
平城天皇，再度将药子召回宫中，担任“
尚侍”一职，并将她的丈夫藤原绳主封为太宰大贰，送到九州去。集天皇宠爱于一身的药子从此开始介入政治，与其兄
藤原仲成在宫中极度专横，兄妹两人招来不少人的怨恨。到了809年，还将其亡父
藤原种继追封为太政大臣。
同年，平城天皇因生病而让位给神野亲王，即
嵯峨天皇，而他自己退位后则移居至
平城京。往后，由于药子与仲成企图让平城上皇复位，平城京与
平安京便成为两个不同的朝廷一般，政治互相对立。九月十日，嵯峨天皇在平安京逮捕仲成，并且下诏声称药子之罪状，剥夺她的官位。平城上皇与药子带兵要逃往东方，却被得到消息的嵯峨天皇派
坂上田村麻吕守候。知道大势已去的平城上皇回到平城京后剃发出家，药子则服毒自尽，其兄仲成也被杀死，这件事史称
药子之变。
延历十三年（794年）左右，也就是
桓武天皇迁都那一年，皇太子安殿亲王又迎进了一位
嫔妃。此嫔妃是
藤原种继的外孙女，母亲是藤原药子。论辈分，药子是安殿亲王的丈母娘，但按年龄来讲，安殿亲王此时约二十一二岁，药子三十出头，嫔妃大概仅有十二三岁。在此时期，先祖族谱可以回溯到神话时代、7世纪“
大化革新”第一功臣
中臣镰足的藤原家，已分裂为京家、式家、北家、南家，史称“藤原四家”。
藤原百川与藤原种继都是式家一族，种继有一儿一女，女儿正是药子。种继遭到暗杀后，儿子仲成在朝廷失去靠山，失意过日。如今，外甥女成为皇上嫔妃，妹妹也入宫服侍，这一千载难逢的机会，仲成当然不会放过。事实上，仲成就是因为妹妹药子的关系，升官为参议。
桓武天皇听闻皇太子与药子的不伦消息后，怒不可遏，将药子逐出宫廷。然而，桓武天皇驾崩（806年）后，皇太子安殿亲王即位，成为第五十一代
平城天皇时，随即将药子迎进宫内，并封她为正三品官位的“
尚侍”，也就是后宫女官之首，地位仅次于众后妃。药子的哥哥仲成，也升任为
中纳言。
平城天皇此时已三十三四岁，而药子已四十多岁了。天皇上任后第二年，药子与仲成便设下阴谋，让深得朝廷官员拥护爱戴的伊予亲王母子，死于冤狱。伊予亲王是平城天皇的异母兄弟，在三十多位兄弟姐妹中，特别卓越。药子兄妹俩怕其他贤明官员拥立伊予亲王即位，干脆先下手为强，拔去眼中钉。
安殿亲王即位后第四年，突然病倒了。《日本后纪》只记载是“风病”，后人推测可能是
自律神经失调。四月一日，没头没脑传唤了弟弟，当下便将历代天皇传国之宝“三种神器”交给二十四岁的弟弟，退位了。这位弟弟正是
嵯峨天皇。
成为上皇的
平城天皇，起初住在仲成的官邸内，日后命仲成在旧
平城京建造宫殿。第二年，便搬到平城京了。结果，原本体弱多病的上皇，竟然不药而愈。坏的是，药子见上皇身体恢复健康，又开始蠢蠢欲动，枕边细语碎碎念，要上皇复位。不到四十岁的上皇大概也有点后悔自己过早退位，竟与嵯峨天皇作对起来。更坏的是，有些官员也搬到平城京上皇宫殿了，主要是藤原式家一族。简单说来，就是有两个朝廷了。
嵯峨天皇所发下的敕令，平城上皇可以另发敕令撤销，致使朝廷乱成一团。
大同五年（810年），上皇竟然宣布迁都。意思是说，
平安京不是正统朝廷，平城京才是真正的朝廷。这道诏令，逼使向来都让哥哥一步的嵯峨天皇不得不诉诸武力，再说，朝廷内藤原三家也忍无可忍了。首先，逮捕了前来传达上皇诏令的仲成，并处以极刑。上皇和药子得知此消息后，摒弃了
平城京宫殿，动身前往东国（
关东地方），打算择日举兵。然而，嵯峨天皇的行动更快，早派兵在奈良守候，阻挡其去路。
折回平城京的上皇，只有一条路可走落发出家。药子则于三个月后，服毒自杀。这一连串事变，史称“
药子之变”。
正因为药子的存在，
平安京才奠定日后千年古都的地位，朝廷也正式与
奈良时代告别，步入平安贵族王朝时代。又因为藤原式家一族没落了，
嵯峨天皇改为重用
藤原北家，不但引发日后的摄关政治，更确立了百花缭乱的王朝女流文学根基。